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1986年9月，新疆维吾尔自治区政府就批准建立了“阿尔金山野骆驼自然保护区”（省级）。
1995-2001年间，中国政府和联合国环境规划署（UNEP）联合组成科学考察队，先后6次进入阿尔金山——罗布泊地区。
2000年5月，新疆维吾尔自治区人民政府批准将保护区更名扩大为“阿尔金山——罗布泊野骆驼自然保护区”。
2003年6月，经国务院批准，保护区升级为国家级自然保护区。该保护区的建设是我国履行生物多样性公约的具体体现。
罗布泊野骆驼国家级自然保护区地处温带、暖温带荒漠地带，气候干旱、植被稀疏，自然条件十分严酷。在恶劣的自然环境中，仍有多种独特的珍稀荒漠动、植物物种分布，这些生物不仅具有特殊的基因类型，同时又是罗布泊地区脆弱的生态系统的重要组成部分。除了野骆驼之为还有塔里木兔、野马、天鹅、丛林猫生存。
新疆罗布泊野骆驼国家级自然保护区位于东径89°00′--93°30′,北纬38°42′～42°34′，地域包括罗布泊北部面积广阔的戛顺戈壁及南湖戈壁，库鲁克塔格东段，东部的阿奇克谷地，东南部的库姆塔格沙漠和南部的阿尔金山北麓，西临举世闻名的罗布泊楼兰古城。
保护区位于新疆东南部，塔里木盆地东部。地势最低洼处罗布泊湖盆中心海拔780米。保护区北部为南天山山脉库鲁克塔格及向东延伸的残蚀丘陵和具准平原地貌的的戛顺戈壁，其南北宽约200km，东西长约350km，除大面积为较平坦且植被稀疏、地表裸露的丘间戈壁低地外，零散分布有相对高度仅数10～50余米的低山残蚀丘陵；在其东南部至库姆塔格沙漠南端，有一条自北向南长80km，宽仅1～7km的沙垅带，成为自然保护区东南界的天然屏障。东部阿奇克谷地是一构造地堑，南北宽8～30km，东西长约200km，西窄东宽，与罗布泊湖盆相连。谷地中零散分布有雅尔丹地貌土墩，但在东端离玉门关约50km附近，则形成面积很大的“龙”城，似遗弃的繁华古城，景色十分壮观。
海拔高度780米的罗布泊干涸湖盆中心是新疆南部塔里木盆地的最低点；北部为南天山山脉库鲁克塔格及向东延伸的残蚀丘陵和丘间低地形成的戛顺戈壁；阿奇克谷地位于罗布泊东部，为一东部狭窄西部宽阔的喇叭形构造地堑，谷地中分布有雅尔丹地貌；南部的库姆塔格沙漠同塔克拉玛干相接，黄沙滚滚，风尘肆虐，环境条件十分严酷，为保护区东南部形成一条天然屏障，西面则是举世闻名的罗布泊楼兰古城。
罗布泊湖盆北部和东部分布有多处雅尔丹风蚀地貌，由于多年来水力切割、风力侵蚀而成，其形象万千，景色独异；区域内由地质变迁而形成的大面积色彩斑斓的风蚀残丘及罗布泊古湖盆和地面盐壳景观，具有极大的科学文化价值和旅游价值。
保护区属极其恶劣的温带和暖温带大陆性气候：冬季严寒，夏季酷热，干旱少雨，风沙强烈，日夜温差大，环境水份少，年蒸发量在降水量的300倍以上，是目前世界上干燥度最高的干旱荒漠生态环境之一。
古罗布泊由塔里木河和孔雀河河水注入而形成，因近代河流上游人类经济活动的影响，进入罗布泊的水量逐年减少。目前盆地内无地表水，湖心区域植被已干枯死亡；仅在保护区北部和南部地区分布有少量荒漠盐泉，水质矿化度极高。
在保护区内，因气候炎热干燥，降水量极少，也无常年地表径流形成，水源十分缺乏。罗布泊已于70年代初干涸成为形似椭园形大耳朵状的湖盆，湖盆周边淀积着30～50㎝厚的坚硬盐壳。罗布泊南部局部地带分布有盐化沼泽地，植被较为茂密，是罗布泊南部野骆驼冬季的主要栖息地。
罗布泊地区的地带性土壤类型为棕漠土和山地棕漠土，在沙漠地带分布着流动风沙土，低洼地分布有零散的龟裂土，湖周低地及盐泉附近分布有盐土。阿奇克谷地及盐泉旁分布有盐化草甸土和沼泽盐土，罗布泊古湖盆及周围小湖盆中分布有2m至数米厚的岩盐层。在阿尔金山和库鲁克塔格克2000m以上的高海拔区分布有山地棕钙土。在戛顺戈壁的广大低山丘陵以及阿尔金山北麓的部分低海拔丘陵带，则多植被稀疏的裸岩带。
保护区内的地带性土壤为棕漠土和山地棕漠土,在盆地内低洼地域零散分布有龟裂土；湖盆周围盐泉附近分布盐土和盐化草甸土；库姆塔格沙漠的流动沙丘为风沙土，罗布泊湖盆及周围小湖盆中分布有2米至数米厚的岩盐层；戛顺戈壁的广大低山丘陵及阿尔金山北麓的部分低海拔丘陵带多为寸草不生的裸岩。
新疆罗布泊地区虽然为典型的干旱荒漠区，生态系统的结构和功能极其脆弱，但其地域范围辽阔，环境因素多变，生态类型多样，区域内分布有戈壁、丘陵、盐沼、山地、沙漠、裸地等多种生态环境。多样的生境孕育着不同的生物在其中生活、栖息和繁殖；各类生物种群虽然数量稀少，种类贫乏，但各自代表着其对特殊生境的适应能力。保护区内分布有野生植物19科69种，共11个植物群系类型；野生脊椎动物30科50种以上。
行政区域涉及吐鲁番地区、哈密地区和巴音郭楞蒙古自治州。保护区总面积7.8万平方千米，呈横凹字形，其中实验区面积3.3万平方公里，缓冲区面积2.00万平方公里，核心区面积2.5万平方公里，是国内规划面积最大的干旱荒漠类自然保护区。
罗布泊野骆驼国家级自然保护区涉及新疆维吾尔自治区吐鲁番地区、哈密地区与巴音郭楞蒙古自治州的10个县镇，北为托克逊县、吐鲁番市、鄯善县、哈密市，西部为尉犁县及若羌县，南部以阿尔金山脉为界与青海省相邻，东部与甘肃省阿克塞哈萨克自治县、敦煌市接壤。
罗布泊保护中心保护对象——野骆驼的学名叫野双峰驼（Bactrian），在地球上最恶劣的气候条件下艰难生存的珍奇动物。野双峰驼在我国《国家重点保护野生动物名录》中被列为一级保护动物。
保护区分布有中国二级保护植物裸果木和三级保护植物胡杨、梭梭、白梭梭、肉苁蓉及当地特有种塔克拉玛干柽柳和塔克拉玛干沙拐枣等珍稀荒漠植被；保护区内散布的数十处盐泉周围植被生长茂盛、景观奇异独特，是荒漠型野生动物赖以生存的食物源。
在罗布泊湖盆北部山地和临近区域，分布着我国一类保护动物雪豹、北山羊、藏野驴及二类保护动物草原斑猫、棕熊、鹅喉羚、盘羊、岩羊、马鹿、猞猁、兔狲、塔里木兔等兽类，在荒漠地带亦有兀鹫、金雕、草原雕、猎隼、红隼等多种猛禽活动，它们是干旱荒漠生态系统的重要组成部分。
罗布泊地区的动物地理区系属古北界、中亚亚界、蒙新区、西部荒漠亚区、东疆省塔里木盆地省。区域内分布的脊椎动物有30科78种以上。保护区除有我国一级保护动物野骆驼外，还分布有中国一级保护动物雪豹、藏野驴、北山羊、胡兀鹫及及二级保护动物藏马熊、草原斑猫、猞猁、鹅喉羚、岩羊、盘羊、塔里木兔和兀鹫、秃鹫、红隼、藏雪鸡等多种猛禽。这些动物大部分生活在十分严酷的荒漠生态环境中，生物多样性组成简单。保护区的动物大部分为食草动物，，有时仅靠一种或少数几种植物来维持生存。这些动物大部分生活在十分严酷的荒漠生态环境中，生物多样性组成简单。植物和动物之间的生态平衡关系，特别是单一食性的动物，可能因某种植物的受损而后导致该物种濒危与灭绝。
罗布泊野骆驼国家级自然保护区为干旱荒漠区，植物类型都为荒漠植被。在中国植物地理区划中，罗布泊分布区属亚非荒漠区、亚洲中部荒漠亚区、新疆东部荒漠省、中央戈壁荒漠省和塔里木荒漠省，共包括戛顺戈壁州、罗布泊州、若羌州和阿尔金山4个植被州。分布区内的主要植物区系由19科69种植物组成。
该区域分布有我国二级保护植物裸果木；三级保护植物胡扬、塔克拉玛干柽柳、塔克拉玛干沙拐枣、梭梭、白梭梭、肉苁蓉等。因此在生物多样性保护中具有重大科学价值。保护区内散布的数十处盐泉周围植被生长茂盛、景观奇异独特，是荒漠型野生动物赖以生存的食物源。
由于分布区的地理位置、地形及土壤的差异，所生长的植物种类也有不同。罗布泊北部戛顺戈壁植被的组成主要为盐生草、盐穗木、骆驼刺、芦苇、琵琶柴、膜果麻黄、沙拐枣、白刺、泡泡刺和假苇拂子茅，绝大部分地区的植被盖绝大部分地区的植被盖度为0%～10%，分散的盐泉周围生长着盐穗木一盐节木群丛或芦苇、红柳等，在局部地区的植被盖度可达60%。
罗布泊野骆驼国家级自然保护区根据国际自然保护联盟2004年的估计，全球约有950只野骆驼，其中大约有650只分布在中国，350只分布在蒙古南部的荒漠。2004年，野骆驼已经成为2004年国际自然保护联盟红色名录中的极危物种之一。
IUGN物种存活委员会的戴维·马伦博士2004年在一次国际研讨会上曾经说道：普氏原羚、野骆驼和麋鹿是中国最濒危的三种草食动物，这三种濒危动物在中国的保护与复兴具有国际意义，将为世界野生动物保护提供可参照的经验。
该保护区存在制约它发展的六大问题：保护区建设与保护资金投入严重不足。缺乏应有的建设资金投入和保护区基础研究、监测经费。
2003年现行的保护区管理体制不顺。保护区管理中心是保护区的一级管理机构，而下设的哈密、吐鲁番和巴音郭楞蒙古自治州管理站作为保护区的二级管理机构。
2003年保护区管理中心人员首先从数量上不能满足，人员编制太少，再加上工作环境危险，科技人员无法开展正常的基础研究工作。
2003年保护区与地方经济发展的矛盾。由于保护区内蕴藏着丰富的钾盐、金、铁、铜等矿产资源，随着西部大开发政策的实施，保护区内各类矿业开发活动日趋增多，对野骆驼及其生存环境带来较大压力。
2003年保护区管理部门执法权利受限、独立执法能力不强。没有能够在实际行动中赋予环保执法人员足够的法律权限，而且环保执法宣传力度也不够，执法队伍力量不强，在遇到问题时，不能够进行独立执法，通常只有在公安的配合下才能达到执法目的。
从2003年开始，管理中心在保护区内先后启动实施了生态恢复项目一期工程和二期工程，在保护区的北面和东面打出深度在100米－300米的水井5眼，在水井周围恢复了1000亩荒漠草场；挖深修整自然盐泉7眼，对野骆驼及其栖息环境的监测也由以前的一季度一次改为一月一次；建设8个蓄水池，并通过自流井涌水形成天然小水面，供野骆驼饮水，自流灌溉草场。与此同时，还在泉水点和蓄水池附近撒播1吨左右的抗盐碱、耐干旱的草种，如柽柳、骆驼刺、芦苇等，使野骆驼活动区间扩大，为野生动物提供了食源和水源。
保护区管理中心根据《中华人民共和国自然保护区条例》《新疆维吾尔自治区自然保护区管理条例》等法律、法规规定，对进入保护区人员、车辆实行《保护区通行许可证》管理。通过检查站卡对进入保护区的单位和人员进行有效控制，对进出保护区的各个通道实行有效管理。
依据《自然保护区管理条例》，制定并出台了《罗布泊野骆驼国家级自然保护区管理条例》，并以自治区人民政府令的形式予以发布。同时，还编制了保护区建设规划，确立了保护区建设目标和任务。
