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中岩寺又称“云中岩”。在思明区万石植物园内，因处万石莲寺与太平岩之间，因名。传说始建于明代，岁月不可考，有僧不知名号，未详所自，隐居中岩，岩栖涧饮，修定其中，鹧鸪翔飞依集。后僧不知所终，里人因号“鹧鸪岩”。后有僧人建招提于岩前，称“云中岩”。清康熙五十三年（1714），僧释果老重兴中岩。道光五年（1825），因寺宇年久倾颓，成立董事会重新修葺，因蚁患，遂中辍。十九年，堪舆家安溪驷岭林嘉缠妙手回春，以改造环境的办法根治蚁患，“措改水路，开消山杀，不数日而蚁尽消”，寺成，辟二道山门，过万石岩寺海会桥匾曰“中岩”；拾级而上，至岩前，又一山门，上题“放开眼界”。光绪四年（1878），山僧绍觉重修第一道山门，于门柱集晋人句题联云：“结庐在人境，流心叩玄扃”，徇山寺空灵意境之纪实。民国元年（1912）壬子孟秋，中岩董事邀集老年诸友成立老年会，每逢星期日，登临远眺，以娱暮年。十一年，会所倾颓，老年会捐资修筑，并添置产业，为岩寺斋粮与老年会日常经费。十三年，会泉法师倡修中岩佛堂寮舍，其皈依弟子蒋以德热烈响应，捐资襄赞。后弘一法师来厦讲律，会泉法师延住万石岩，计划修葺中岩静室供弘一法师修治律学，因厦门岛沦陷而未果。20世纪40年代初，会泉法师徒弟宏寿同时主持万石岩、中岩寺务。
清康熙五十三年（一七一四年），僧果老重兴中岩。乾隆盛世，有僧愿翁住山，能诗，与鹭岛雅士互相唱酬，一时文风甚盛。据《嘉禾名胜记》记载，「此时岩之山门题『欢喜地』三字，有石当户，镌『玉笏』两字。古榕盘屈，状者蟠龙，拾级而登，俯临绝壑。」道光五年（一八二五年），因寺宇年久倾颓，成立董事会重新修葺，因蚁患，遂中辍。道光十九年（一八三九年），，堪舆家安溪驷岭林嘉缠妙手回春，以改造环境的办法根治蚁患，「措改水路，开销山杀，不数日而蚁尽消」，寺成，辟二道山门，过万石岩寺海会桥匾曰「中岩」；拾级而上，至岩前，又一山门，上题「放开眼界」。光绪四年（一八七八年），山僧绍觉重修第一道山门，于门柱集晋人句题联云：「结庐在人境，流心叩玄扃」，洵山寺空灵意境之纪实。
一九一二年孟秋，中岩董事邀集老年诸友成立老年会，每逢星期日，登临远眺，以娱暮年。一九二二年，会所倾颓，老年会捐资修筑，并添置产业，为岩寺斋粮与老年会日常经费。一九二四年，会泉法师倡修中岩佛堂寮舍，其皈依弟子蒋以德热烈回应，捐资襄赞。后弘一法师来厦讲律，会泉法师延住万石岩，计划修葺中岩静室供弘一法师修治律学，因厦门岛沦陷而未果。二十世纪四十年代初，会泉法师徒弟宏寿同时主持万石岩、中岩寺务，住有比丘一人、菜姑两人。
解放前后，寺后草木稀疏，岩石裸露，景况萧然。后来佛宇禅房尽塌，植物园草草搭盖几间房屋。
二十世纪九十年代，中岩重兴。先是由万石岩寺筹资，由开因姑及海外华侨卜希南等赎回。一九九四年，由宏船徒弟广载捐献巨资，南普陀寺方丈妙湛和尚倡议重修，并委派向觉法师主持重修工程。
一九九五年，由开悟法师发心对寺院进行全面复兴扩建。现有大雄宝殿、地藏殿、龙华三会殿、祖堂、功德堂、综合楼、僧舍、三宝塔，总建筑面积一千二百平方米，承蒙杨宝治、王鹭洲、郭胜泉、罗尔平等护持。大雄宝殿左「玉笏」与岩之左下方「澎湖阵亡将士祠碑」，一九八四年被公布为厦门市第二批文物保护单位。
中岩寺近代以来住持有会泉、宏寿、宏船、宏念、开进、心专姑、妙湛、宏辉等。
现住有僧侣四人，居士三人，由开悟法师住持。
