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1990年，穆里尼奥开始在葡萄牙阿马多拉足球俱乐部以及塞图巴尔足球俱乐部担任助理教教，由于精通八国语言，1992年穆里尼奥在波尔图俱乐部担任博比·罗布森的翻译，1996年又跟随罗布森前往西班牙巴塞罗那队，兼任助教，在博比-罗布森离开巴萨后，穆里尼奥继续担任新帅范加尔的助教直到范加尔下课，在巴萨期间，穆里尼奥学习了大量足球知识和先进战术理念，为日后的教练生涯打下了坚实的基础。
2000年9月，穆里尼奥正式成为主教练，接替海因克斯担任葡萄牙豪门本菲卡足球俱乐部主教练一职，但仅仅执教本菲卡9场联赛后，穆帅便与新任主席和董事会不和而辞职。随后穆里尼奥接手小球会利亚拿足球俱乐部的教鞭，并帮助该队历史性的获得联赛第五名的成绩。
波尔图发迹：巨龙腾飞
最强黑马：2004年，穆里尼奥夺得欧冠冠军
2002年1月23日，穆里尼奥担任波尔图足球俱乐部主教练，第一赛季，穆里尼奥就带领波尔图夺得葡萄牙足球超级联赛冠军、葡萄牙杯冠军和欧洲联盟杯冠军。
第二年波尔图蝉联联赛冠军，2003/2004赛季欧洲冠军联赛，八分之一决赛，穆里尼奥带领波尔图两回合3-2战胜曼联晋级，半决赛两回合波尔图1-0战胜拉科鲁尼亚挺近决赛，2004年5月27日欧冠决赛，波尔图3-0完胜摩纳哥队夺得冠军，也是波尔图俱乐部历史上第二座欧冠冠军。
英伦切尔西：铁血蓝军
颠覆秩序：2005年，穆里尼奥捧起英超奖杯
2004年6月2日，穆里尼奥正式就任英超球队切尔西足球俱乐部主教练。当时英超联赛中以曼联和阿森纳两队最为强势，穆里尼奥一上任就扭转局面，2004/05赛季，首场联赛切尔西即以1:0战胜曼联，更在当季带领切尔西赢得英超冠军，这也是切尔西时隔50年再度赢得联赛冠军，成功打破由曼联和阿森纳长时间垄断英超的局面，并以38战29胜8和1负得95分及全季只失15球，创出英格兰顶级联赛冠军的最高得分纪录，及英格兰顶级联赛失球最少记录。该赛季欧冠半决赛切尔西0-1不敌利物浦，遗憾止步决赛。
2005/06赛季，穆里尼奥更率领切尔西在联赛首两个月就抛离其他英超对手，第37轮切尔西主场3:0完胜曼联，从而提前提前两轮夺得英超冠军，穆里尼奥完成了英超两连冠，超越温格从未在英超卫冕冠军的历史，穆里尼奥也当选英超赛季最佳教练，自此英国各界常以他与曼联主教练弗格森相比。在欧冠赛场八分之一决赛，切尔西两回合2-3不敌巴塞罗那，无缘八强。
2006/07赛季，穆里尼奥带领切尔西于足总杯决赛中以1:0击败曼联夺得冠军，夺得赴英执教以来首个足总杯冠军。欧冠赛场半决赛切尔西两回合1-1战平利物浦，点球大战惜败，穆里尼奥带领的蓝军再次无缘欧冠决赛。
2007年9月19日，欧冠小组赛切尔西1-1战平罗森博格队，成为穆里尼奥下课的导火线，20号切尔西官方正式宣布与穆里尼奥和平解约。
穆里尼奥在2004年至2007年，3年内为切尔西带来了2座英超冠军、1座足总杯冠军和2座联赛杯冠军以及1座社区盾杯冠军。
大国际时代：欧洲之巅
君临天下：2010年，穆里尼奥加冕三冠王
2008年6月2日，穆里尼奥经过近一年的休整后，正式取代曼奇尼成为意甲豪门国际米兰新主帅，双方签约三年合同年薪900万欧元，穆里尼奥成为意甲历史上最高薪及当时意甲唯一一位外籍教练。
2008/09赛季，穆里尼奥很快带领国米在意大利超级杯决赛中点球战胜罗马夺得第一个冠军。并夺得俱乐部历史上第17个意甲联赛冠军。
2009/10赛季，穆里尼奥带领国际米兰蝉联意甲联赛冠军，并夺得意大利杯冠军。欧冠赛场穆里尼奥带领的国米大放异彩，八分之一决赛以总比分3:1击败安切洛蒂的带领下前雇主英超冠军切尔西，四分之一决赛两回合总比分2-0击退俄超莫斯科中央陆军，半决赛面对卫冕冠军巴塞罗那，穆里尼奥首回合在主场3:1逆转取胜，第二回在诺坎普体育场于大部份时间只剩十人应战的情况下，成功以总比数3:2淘汰巴萨，带领国米时隔38年再次晋级欧洲冠军联赛决赛，在2010年5月22日的欧冠决赛中，国米以2:0击败拜仁慕尼黑夺得冠军，国米成为意大利有史以来的首支三冠王球队。穆里尼奥也当选意大利足协评选意甲赛季最佳教练。赛季结束后穆里尼奥功成身退，告别了国际米兰。
皇家马德里：银河舰长
击败梦三：2012年，穆里尼奥赢得西甲冠军
2010年5月29日，皇家马德里足球俱乐部官方宣布穆里尼奥成为球队新主帅。2010/11赛季，穆里尼奥执教皇马的第一个赛季，球队在各条战线被巴塞罗那全面压制，联赛屈居亚军，欧洲冠军联赛半决赛同样负于巴萨被淘汰，但皇马在西班牙国王杯决赛中皇马1:0战胜巴萨了夺得了一个弥足珍贵冠军。
2011/12赛季，皇马尽管在国王杯1/4决赛被巴塞罗那淘汰，欧冠半决赛互射点惜败于于拜仁慕尼黑，但是球队在联赛中表现出色，迅速占据积分榜头名，并逐渐拉开与第二名巴塞罗那的积分差距，2012年5月2日，穆里尼奥带领皇家马德里提前两轮夺得了2011/12赛季西甲联赛的冠军，同年夺得西班牙超级杯冠军后，穆里尼奥创纪录的完成了葡萄牙、英国、意大利、西班牙四国本土赛事的“大满贯”霸业（即顶级联赛、本土杯赛及国内超级杯冠军）。
2012/13赛季，穆里尼奥因更衣室和竞技状态等原因与队长卡西利亚斯不和，把后者贬到替补席上，再加上队内的西班牙和葡萄牙球员分化，令球队出现内部分裂。皇马在联赛争夺和国王杯决赛中分别败给巴塞罗那和马德里竞技，夺得亚军，欧冠赛场则在半决赛败给多特蒙德，赛季四大皆空，2013年5月21日，皇家马德里官方宣布结束与穆里尼奥的合约，赛季结束后离任。
重返切尔西：再续蓝缘
2013年6月3日，切尔西足球俱乐部官方宣布穆里尼奥重回切尔西担任球队的主教练，双方签约4年。
2013/14赛季，穆里尼奥带领切尔西最终获得英超联赛第三名，在足总杯赛场八分之一决赛切尔西0-2不敌曼城遭淘汰，欧冠赛场四分之一决赛首回合切尔西客场1-3负于巴黎圣日耳曼，第二回穆里尼奥带领切尔西2-0战胜对手，逆转晋级四强。半决赛中切尔西两回合1-3不敌马竞，最终无缘决赛。
14-15赛季，穆里尼奥再次带领切尔西收获了英超联赛冠军和联赛杯冠军的双冠王荣誉，这也让俱乐部老板阿布拉莫维奇感到满意。
2015年8月8日，切尔西官方网站宣布与主教练穆里尼奥完成续约，新合同将到2019年6月。在完成续约之后，穆里尼奥的年薪将高达750万英镑，而这份合同的总价值高达3000万英镑。
2015年12月17日晚，切尔西官方宣布正式解雇主帅穆里尼奥，这也是他第二次从切尔西下课。15-16赛季，切尔西联赛开局不佳，前16轮比赛，仅仅取得了4胜3平9负的战绩，排名第16位，距离降级区只有1分，距离榜首的莱斯特城有多达20分的差距，不但卫冕无望，晋级前四也希望渺茫，糟糕的战绩最终导致穆里尼奥下课。
三大满贯：2017年，穆里尼奥率队夺得欧洲联盟杯冠军
2016年5月27日，曼联俱乐部官方正式宣布葡萄牙主教练何塞-穆里尼奥将入主老特拉福德，他继大卫·莫耶斯与路易斯·范加尔之后成为弗格森爵士退休后曼联所任命的第三任主教练。
2016年7月16日，在曼联2:0击败维冈竞技的热身赛中，这是穆里尼奥在曼联执教的首场比赛。8月7日，穆里尼奥带领曼联在新温布利球场战胜莱斯特城夺得了英格兰社区盾杯冠军。11月，穆里尼奥因“不当言论”和“过激行为”先后遭到英足总两次禁赛和罚款的处罚。2017年2月27日，穆里尼奥率领曼联在英格兰联赛杯决赛中3:2击败南安普顿夺得冠军。3月19日，穆里尼奥在联赛中带领曼联3:1击败米德尔斯堡，这场胜利使得曼联俱乐部成为英超历史上第一个夺得600场胜利的球队。5月21日，穆里尼奥率领曼联在欧洲联盟杯决赛中2比0战胜阿贾克斯夺得冠军。
▪2018瓦斯科达伽马奖（最佳开拓奖）（获奖）
▪2017英格兰联赛杯冠军（获奖）
▪2017欧洲联盟杯冠军（获奖）
▪2017FIFA年度最佳主帅（提名）
▪2016英格兰社区盾杯冠军（获奖）
▪2015英格兰联赛杯冠军（获奖）
▪2015英格兰足球超级联赛冠军（获奖）
▪2012西班牙足球甲级联赛冠军（获奖）
▪2012西班牙超级杯冠军（获奖）
▪2011西班牙国王杯冠军（获奖）
▪2010欧洲冠军联赛冠军（获奖）
▪2010意大利杯冠军（获奖）
▪2010意大利足球甲级联赛冠军（获奖）
▪2009意大利足球甲级联赛冠军（获奖）
▪2008意大利超级杯冠军（获奖）
▪2007英格兰联赛杯冠军（获奖）
▪2007英格兰足总杯冠军（获奖）
▪2006英格兰足球超级联赛冠军（获奖）
▪2005英格兰社区盾杯冠军（获奖）
▪2005英格兰联赛杯冠军（获奖）
▪2005英格兰足球超级联赛冠军（获奖）
▪2004葡萄牙超级杯冠军（获奖）
▪2004欧洲冠军联赛冠军（获奖）
▪2004葡萄牙足球超级联赛冠军（获奖）
▪2003葡萄牙杯冠军（获奖）
▪2003葡萄牙足球超级联赛冠军（获奖）
▪2003欧洲联盟杯冠军（获奖）
▪2012IFFHS年度世界最佳教练（获奖）
▪2012西甲赛季最佳教练（获奖）
▪2011西甲赛季最佳教练（获奖）
▪2010意大利足球年度最佳教练（金座椅奖）（获奖）
▪2010国际足联金球奖年度最佳教练（获奖）
▪2010英格兰联赛教练协会名人堂（获奖）
▪2010IFFHS年度世界最佳教练（获奖）
▪2010欧足联年度最佳教练（获奖）
▪2010意甲奥斯卡最佳教练（获奖）
▪2009意甲奥斯卡最佳教练（获奖）
▪2006英格兰教练协会年度最佳教练（获奖）
▪2006英超官方赛季最佳教练（获奖）
▪2005英超官方赛季最佳教练（获奖）
▪2005IFFHS年度世界最佳教练（获奖）
▪2005英国BBC年度最佳教练（获奖）
▪2005欧足联年度最佳教练（获奖）
▪2004IFFHS年度世界最佳教练（获奖）
▪2004欧足联年度最佳教练（获奖）
▪2004葡超赛季最佳教练（获奖）
▪2003欧足联年度最佳教练（获奖）
▪2003葡超赛季最佳教练（获奖）
