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1973年回台，执教于中国文化大学舞蹈科，手创云门舞集。同年秋，举行首次公演，后每年举行一次，已上演近百个新舞，他自编自演30多出，其中《哪咤》、《奇冤报》、《寒食》、《小鼓手》、《薪传》等，各具特色，深获好评。曾三度率团访问欧美，得到世界舞蹈权威的赞许。曾获第一届吴三连文艺奖。1975年列名台湾十五届“十大杰出青年”。1983年当选第一届“世界十大杰出青年”现任艺术学院舞蹈系主任。云门舞集创办人兼艺术总监，十四岁开始发表小说，22岁出版《蝉》，是六、七十年代文坛瞩目的作家。大学就读政大新闻系；留美期间，一面攻读学位，一面研习现代舞。1972年，自美国艾荷华大学英文系小说创作班毕业，获艺术硕士学位。
1973年，林怀民创办《云门舞集》，带动了台湾现代表演艺术的发展。根据古籍，《云门》是中国最古老的舞蹈，相传存在于五千年前的黄帝时代，舞容舞步均已失传，只留下这个美丽的舞名。1973年春天，林怀民以《云门》作为现代舞团的名称。这是台湾第一个职业舞团，也是所有华语社会的第一个现代舞团。二十多年来，云门的舞台上呈现了将近一百五十出舞作。古典文学，民间故事，台湾历史，社会现象的衍化发挥，乃至前卫观念的尝试，云门舞码丰富精良；多出舞作因受欢迎，一再搬演，而成为台湾社会两三代人的共同记忆。从台北的国家剧院，各县市文化中心到体育馆，小乡镇学校礼堂，云门在台湾定期与观众见面。近年来，每年在大都市举行的户外公演，平均每场观众高达六万。云门也经常应邀赴海外演出，是欧美歌剧院与艺术节的常客。二十多年来，舞团在欧美亚澳各洲两百多个舞台上呈现了一千多场公演，以独特的创意，精湛的舞技，获得各地观众与舞评家的热烈赞赏。
《中时晚报》说，云门是“当代台湾最重要的文化财富之一”。伦敦泰晤士报说，云门是“亚洲第一当代舞团”。法兰克福汇报认为云门是“世界一流现代舞团”。云门千禧年的海外行程包括悉尼奥林匹克艺术节，法国里昂双年舞蹈节，纽约下一波艺术节，新西兰新浪潮舞蹈艺术节，哥伦比亚波哥大艺术节，慕尼黑艺术节，柏林艺术节，香港艺术节。云门是奥林匹克艺术节所邀请的四个国际舞团之一，同时为《悉尼晨锋报》选为“最佳节目”；在里昂舞蹈节云门则获选为“最佳编导奖”。《纽约时报》首席舞评家安娜·吉辛珂夫表示，“林怀民辉煌成功地融合东西舞蹈技巧与剧场观念。”德国权威舞评家约翰·史密特赞赏，林怀民的中国题材舞作，与欧美现代舞最佳作品相互争辉。香港英文《南华早报》宣称，林怀民是亚洲的巨人、二十世纪伟大编舞家之一。《柏林晨报》认为他是亚洲最重要的编舞家。
1983年，他应邀创办台湾艺术学院舞蹈系，并出任系主任，研究所所长，现为舞蹈系研究所副教授。林怀民曾获许多奖赏，包括台湾国家文艺奖、吴三连文艺奖、世界十大杰出青年、纽约市政府文化局的“终生成就奖”，香港演艺学院荣誉院士。1999年，由于他以“倾倒众生，而又充满中国气质的现代舞，振兴台湾舞台艺术”，获颁有“亚洲诺贝尔奖”之称的麦格塞塞奖。同年，中正大学颁赠荣誉博士学位给林怀民，使他成为第一位获得荣誉博士的台湾表演艺术家。欧洲舞蹈杂志将林怀民选为“二十世纪编舞名家”。2000年国际芭蕾杂志将他列为“年度人物”。他的舞作包括：“寒食”、“白蛇传”、“薪传”、“廖添丁”、“红楼梦”、“梦土”、“春之祭礼，台北一九八四”、“小鼓手”、“我的乡愁，我的歌”、“明牌与换装”、“射日”、“九歌”、“流浪者之歌”、“家族合唱”、“水月”、“焚松”、“年轻”等六十余出。1996年，林怀民应邀赴奥国葛拉兹歌剧院，导演歌剧“罗生门”，获得热烈好评。1999年，他在柬埔寨协助当地舞者组构教案，推广濒临失传的古典舞。林怀民结集出版的文字创作包括：“蝉”、“说舞”、“擦肩而过”及译作“摩诃婆罗达”。新作《行草》,《行草》为康乐及文化事务署主办的“新视野艺术节”节目之一。首次于海外公演的《行草》是林怀民长年钻研东方动作与精神领域的成果。他发现尽管历代书法家风格各有千秋，但他们都同样以专注的精力，飞墨行“舞”，字里行间，尽是书法家运气的留痕。云门舞者吸收书法家的精“气?运力变化，呈现出抑扬顿挫的律动和明断的急缓行止。《行草》虽取材传统，但风貌却是当代。穿着黑色服装的舞者，在白色的舞台上起舞，有如宣纸上的墨迹。在巨大的白色银幕上投射的录像与幻灯，与舞蹈相契合，把王羲之、怀素、张旭等历代名家的书法，呈现在观众眼前。
2009年5月12日，林怀民在德国舞动（Movimentos）国际舞蹈节上被颁发终身成就奖，他是继法国编舞大师贝嘉（MauriceBejart）之后，该舞蹈节第二位终身成就奖得主，这无疑更加确定了林怀民国际大师的崇高地位。
评审团主席考夫曼在回答国际媒体询问时表示，评审团对林怀民得奖几乎没有异议地通过，得奖原因是林怀民的舞蹈，无论形式或内容无懈可击，舞作的美感及所呈现之思想性是独到的，没有任何西方舞蹈家可以在那种慢速度中表现那样的美，只有林怀民。
考夫曼并引述歌德“老东西新思考”的说法，赞扬林怀民从传统中汲取元素而重现文化内涵，如此的创作方向值得欧洲人借镜。
评审团一致认为，就舞蹈创新的贡献来说，林怀民的艺术地位，可与贝嘉、威廉佛塞（WilliamForsythe）、乔治巴兰钦（GeorgeBalanchine）等难得一见的艺术家相提并论。
林怀民在致词时说，“这个奖不是退休许可”，全球有五千名人士资助云门，他无法让这些云门的“股东”失望，他在晚间一千多位现场观众前，将这项最高荣誉献给台湾以及所有的云门人。他说，这奖来得恰好，因为云门去年遭祝融之灾，这笔两万欧元（约台币九十万元）刚好可以捐出来，作为云门在淡水新家的建筑费用，他邀请大家在二○一二年新家落成后，来台湾看表演。
这次舞蹈节共颁了六项奖，主持人摩尔在介绍云门演出的“狂草”精华版作品时表示，“这是令大家难以忘怀的最高潮”2013年，世界现代舞重镇“美国舞蹈节”宣布，今年度的终身成就奖，颁给云门舞集创办人林怀民。云门表示，林怀民是欧美以外地区的第一位获奖人。他将在七月中前往美国领取奖章、以及五万美元的奖金。
今年是“美国舞蹈节”八十周年，林怀民曾经在1978年担任过“驻节艺术家”，云门舞集也曾经两度前往演出。“美国舞蹈节终身成就奖”创立于1981年，表扬对现代舞有卓越贡献的编舞大师，是国际现代舞的“终极名人堂”。玛莎·格莱姆、莫斯·肯宁汉，皮娜·鲍什这些西方现代舞大师，都曾经获得这座奖项。
这是继时代杂志“亚洲英雄”、德国舞动国际舞蹈节终身成就奖、美国约翰·洛克斐勒三世奖、法国艺术文学骑士勋章之后，国际舞坛对林怀民再一次的至高赞誉。
“云门舞集”是一个台湾的现代舞蹈表演团体，也是台湾第一个职业舞团，一九七三年由林怀民创办。“云门”之名来自于中国古书《吕氏春秋》中的一句话：“黄帝时，大容作云门，大卷……”，即是黄帝时代中国舞蹈的名称。“云门舞集”的附团“云门舞集二”于一九九九年成立，艺术总监为罗曼菲。
“云门舞集”因演出许多经典的作品而享有盛誉。其中包括有《九歌》(舞剧)、《家族合唱》、《流浪者之歌》、《水月》、《竹梦》、《行草》等。“云门舞集”在大陆的演出颇受好评。
位于台北县八里的“云门舞集”练习场，是“云门舞集”重要的练舞基地，主团和二团都在这个场地练习，许多“云门舞集”的舞码和创作都在八里练舞场孕育而生。
2009年台北晴天出版社二月出版了新书《这些云门舞者》，林怀民在序言中抒写了他和云门舞者多年来亲密合作的经历。（见林怀民《这些云门舞者》）
