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李时珍，明武宗正德十三年农历五月二十六日（1518年7月3日）生于湖北蕲春县蕲州镇东长街之瓦屑坝。
其祖父是草药医生，父亲李言闻是当时名医，曾任太医院例目。当时民间医生地位低下，生活艰苦，其父不愿李时珍再学医药。李时珍14岁时随父到黄州府应试，中秀才而归，李时珍出身于医生世家，自幼热爱医学，并不热衷于科举，其后曾三次赴武昌应试，均不第，故决心弃儒学医，钻研医学。23岁随其父学医，医名日盛。
明世宗嘉靖三十年（1551年），李时珍33岁时，因治好了富顺王朱厚焜儿子的病而医名大显，被武昌的楚王朱英裣聘为王府的“奉祠正”，兼管良医所事务。明嘉靖三十五年（1556年）李时珍又被推荐到太医院工作。授“太医院判”职务。三年后，又被推荐上京任太医院判。任职一年，便辞职回乡。
关于李时珍这一段在太医院工作的经历，史学界有诸多争论，有人认为李时珍曾出任太医院院判（正六品），但也有人认为他只是担当御医（正八品）。无论其职位高低，李时珍被荐于朝是不可否认的事实。太医院的工作经历，有可能给他的一生带来了重大影响，为编写《本草纲目》打下基础。这期间，李时珍积极地从事药物研究工作，经常出入于太医院的药房及御药库，认真仔细地比较、鉴别各地的药材，搜集了大量的资料，同时还有机会饱览了王府和皇家珍藏的丰富典籍，包括《本草品汇精要》。与此同时从宫廷中获得了当时有关民间的大量本草相关信息，并看到了许多平时难以见到的药物标本，开阔了眼界，丰富知识。
东璧堂是李时珍于明世宗嘉靖三十七年（1558年）从太医院还乡后创立的堂号，辞官返乡后坐堂行医，致力于对药物的考察研究，在此期间，以自己的字——东璧为堂号，创立了东璧堂。
李时珍在数十年行医以及阅读古典医籍的过程中，发现古代本草书中存在着不少错误，决心重新编纂一部本草书籍。明世宗嘉靖三十一年（1552年），李时珍着手开始编写《本草纲目》，以《证类本草》为蓝本，参考了800多部书籍，其间，从嘉靖四十四年（1565年）起，多次离家外出考察，足迹遍及湖广、江西、直隶许多名山大川，弄清了许多疑难问题。
在编写《本草纲目》的过程中，最使李时珍头痛的就是由于药名混杂，往往弄不清药物的形状和生长的情况。过去的本草书，虽然作了反复的解释，但是由于有些作者没有深入实际进行调查研究，而是在书本上抄来抄去，所以越解释越糊涂，而且矛盾百出，使人莫衷一是。例如药物远志，南北朝著名医药学家陶弘景说它是小草，象麻黄，但颜色青，开白花，宋代马志却认为它象大青，并责备陶弘景根本不认识远志。又如狗脊一药，有的说它象萆薢，有的说它象拔葜，有的又说它象贯众，说法很不一致。在他父亲的启示下，李时珍认识到，“读万卷书”固然需要，但“行万里路”更不可少。于是，他既“搜罗百氏”，又“采访四方”，深入实际进行调查。
经过27年的长期努力，于明神宗万历六年（1578年）完成《本草纲目》初稿，时年61岁。以后又经过10年三次修改，前后共计40年。万历二十一年（公元1593年）去世。万历二十五年（1596年），也就是李时珍逝世后的第三年，《本草纲目》在金陵（今南京）正式刊行。
李时珍借用朱熹的《通鉴纲目》之名，定书名为《本草纲目》。嘉靖三十一年（1552年），着手编写，至明万历六年（1578年）三易其稿始成，前后历时27年。因编著时间长，规模庞大，《纲目》一书，乃父乃子及弟子庞鹿门均参与编写，次子建元为书绘图，可谓以李时珍为主的一本集体著作。
《本草纲目》凡16部、52卷，约190万字。全书收纳诸家本草所收药物1518种，在前人基础上增收药物374种，合1892种，其中植物1195种；共辑录古代药学家和民间单方11096则；书前附药物形态图1100余幅。这部伟大的著作，吸收了历代本草著作的精华，尽可能的纠正了以前的错误，补充了不足，并有很多重要发现和突破。是到16世纪为止中国最系统、最完整、最科学的一部医药学著作。
李时珍打破了自《神农本草经》以来，沿袭了一千多年的上、中、下三品分类法，把药物分为水、火、土、金石、草、谷、莱、果、木、器服、虫、鳞、介、禽、兽、人共16部，包括60类。每药标正名为纲，纲之下列目，纲目清晰。书中还系统地记述了各种药物的知识。包括校正、释名、集解、正误、修治、气味、主治、发明、附录、附方等项，从药物的历史、形态到功能、方剂等，叙述甚详，丰富了本草学的知识。
根据马元俊先生的研究，李时珍在植物学方面所创造的人为分类方法，是一种按照实用与形态等相似的植物，将其归之于各类，并按层次逐级分类的科方法。李时珍将一千多种植物，据其经济用途与体态、习性和内含物的不同，先把大同类物质向上归为五部（即草、目、菜、果、谷为纲），部下又分成30类（如草部9类、木部6类、菜、果部各7类、谷5类是为目），再向下分成若干种。不仅提示了植物之间的亲缘关系，而且还统一了许多植物的命名方法。
《本草纲目》不仅为中国药物学的发展作出了重大贡献，而且对世界医药学、植物学、动物学、矿物学、化学的发展也产生了深远的影响。先后被译成日、法、德、英、拉丁、俄、朝鲜等十余种文字在国外出版。书中首创了按药物自然属性逐级分类的纲目体系，这种分类方法是现代生物分类学的重要方法之一，比现代植物分类学创始人林奈的《自然系统》早了一个半世纪，被誉为“东方医药巨典”。2011年5月，金陵版《本草纲目》入选世界记忆名录。
李时珍感其时代的中医脉学存有缺憾甚至谬误繁多，便依其父李月池所著《四诊发明》及历史上其他多家脉论精华，于1564年（明嘉靖四十三年）编著成《脉诀》，即《濒湖脉学》。
《濒湖脉学》为李时珍晚年所著，以号命书，是为“濒湖脉学”。《濒湖脉学》语言简明，论脉清澈，不但把临床复杂脉象总结归纳成基本的27种脉象，而且还把主要内容，即脉象、相类脉鉴别、脉象主病，皆以韵文歌括形式撰述，便宜诵记，因此上其书流传深广，历来受医家推崇。《濒湖脉学》对中医基础理论研究和临床实践具有重大的指导意义，为中医典范之作。
《奇经八脉考》，约撰于1577年，1卷。本书考证历代文献，对奇经循行和主病，详加说明，且附已见。
李时珍临证，推崇张元素，重辨病证，立法严谨，用药得当。治疗时，或化裁古方，或自组新方，或用民间单验方，多有良效。李时珍的学术思想和研究方法很有特色，他在新的历史条件下，以自己的实践经验为基础，改善了古代科学方法，积累了科学研究的新经验。李时珍成功地运用了观察和实验、比较和分类、分析和综合、批判继承和历史考证方法。
①观察和试验是本草药研究的基本方法。李时珍对药物采用亲自采集、仔细观察，以得其真的方法，获得很大成功。分类是科学研究的重要任务，分类使药物研究体系化，关键还是如何确立分类的标准。李时珍打破本草学沿用已久的上中下三品分类法，建立了三界十六部分类法，使分类体系更为科学化。此外，他还在陶弘景主治药分类法基础上，建立了更完善的百病主治药分类法，创立了药物归经分类法。
②李时珍为弄清每味药物，提出释名、集解、辨疑、正误、修治、气味、主治、发明、附方八项任务，这八项不是每味药全有，有的五项、六项不等。实际上是对每味药既作出系统分析，又进行了全面综合，而在分析基础上，又作了高度概括和综合。
③批判继承和调查研究是李时珍研究的重要方法。他研究每味药，总是先参考诸家本草，考核诸家异同，用自己观察试验结果，加以参证：《本草经》中只载枸杞之名，未言明药用部位；《名医别录》指出根大寒，子微寒；《药性论》谓枸杞甘平、子、叶皆同，《本草衍义》说枸杞是梗皮，李时珍说：“窃谓枸杞：苗、叶，味苦甘而气凉；根，味淡气寒；子，味甘气平，气味既殊，则功用当别。此后人发前人未到之处也”。李时珍经过研究，在批判继承的基础上，推陈出新，“发前人未到之处”，这种精神，贯穿于他的全部研究活动中。
④李时珍躬亲实践，广泛向劳动人民学习，注意调查研究，是他又一重要研究方法。莶一药，众说纷坛，有谓似酸浆，有说为苍耳，有曰即地菘；李时珍经过广泛征询，聚诸草谛视，得出莶即猪膏母之确论，他从京师还，见车夫用旋复花治跌打损伤，遂肯定其益气续筋，补劳损之功。邻家小儿食积，偶取羊食之，归而大吐愈，李时珍因此首载此品种入本草。他从猎户口中知虎骨强志壮神之功能；从菜农处明确芸苔即油菜，从工人处学得防止采矿中毒之法，山人、渔翁、农夫、皮匠、猎户，都是他的老师，使他从调查研究中获益非浅。
⑤历史考证方法是李时珍常用的科学方法。通过文献考柬，《本草纲目》中记载了来自天竺、大食、南洋、胡人、蕃人及由梵文、佛经中得到的医药知识。经过历史考证，指出“按《本经》胡麻亦名巨胜，《抱朴子》云，巨胜一名胡麻，以黄麻于及大藜子伪为胡麻，误而又误矣，不可不辨”。
李时珍主张人定胜天，通过以上研究方法取得的成果，使他更加坚定了这一信念，认为药性不是固定的，可用人工方法改造其自然性能。药性下沉者，用酒引之使其升；升浮者以咸寒药引之使降，李时珍昭示迷信神仙说之误，批判服食飞升举之谬，服金银，为赖水谷血肉之躯所不堪，“求仙而丧生，可谓愚也矣”。居住水中，步履水上，是邪说；服食成仙“误食之罪，通乎天下”，药物“治病可也，服食不可也”。
明代著名文学家王世贞《本草纲目·序》：性理之精蕴，格物之通典，帝王之秘籍，臣民之重宝。
《四库全书总目提要》称之为《神农本草经》：集本草者无过于此。
英国著名生物学家达尔文（《本草纲目》）：中国古代百科全书。
英国著名中国科技史专家李约瑟在《中国科学技术史》中写道：16世纪中国有两大天然药物学著作，一是世纪初的《本草品汇精要》，一是世纪末的《本草纲目》，两者都非常伟大。
