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20XX年，唐纳德·摩登为了掌握世界霸权而花费了数年时间准备，终于付诸实现了军事政变。
摩登元帅所率领的叛军，仅用了170小时就控制了世界各地的主要城市。
虽然正统军遭到叛军奇袭而被一瞬间击溃，但是其幸存的士兵们组成了抵抗军，谋求重组兵力的同时也在寻找讨伐摩登元帅的机会。
某日，随着爆炸声响起，元帅叛军找到并对抵抗军的秘密工厂发动了突袭。还没做好充足准备的抵抗军无法抵挡叛军之势，导致数辆实验阶段的新型万能战车“METALSLUG”落入了敌人之手。
已经到了刻不容缓的地步。
正规军特殊工作部队，“游隼”（简称PF）开始行动。
“将部队编制为小型队伍，针对元帅叛逆军队的据点进行定点打击破坏，从而夺回高度机密武器‘METALSLUG’。若无计可施的情况下，就直接破坏掉。”
这一不允许失败的任务交给了马尔克和塔马两人，二人讨伐元帅的战斗自此正式开始。
游戏登场且可选择角色为两名，马尔克为1P玩家专用角色，塔马为2P玩家专用角色。角色不存在性能上的差异，仅在细节动作上存在各自的特点。
游戏中玩家将遭遇叛军士兵，每个士兵都搭配其相适应的武器，并且在过程中会遭遇武装单位：坦克、飞机、装甲运兵车等。在大部分时候，玩家未正面遭遇士兵时会看见他们的休闲活动：日光浴、玩游戏、烤食物、彼此间闲聊等场景。
武器装备
玩家的默认武器为半自动手枪。手枪拥有无限的弹药，但缺乏强大火力或高射速。当特殊武器弹药耗尽时，玩家将重新使用手枪。如果玩家在连续发射大量子弹后站着不动，角色将看起来像是重新装填手枪，但实际仅为一种动作。
通过拾取武器包可以获得特殊武器。特殊武器比手枪威力更大，但仅可通过拾取获得且弹药有限。拾取同一武器包将增加武器的弹药供应，而角色死亡时则会丢失相应的特殊武器。
子弹量
重机枪
（H补给）
200
射速极快，其威力比手枪威力更强。
火箭发射器
（R补给）
30
能发射具有强大攻击能力的小型慢速火箭的武器。
霰弹枪
（S补给）
30
威力大射程短，能穿透障碍物给敌人造成伤害。
喷火枪
（F补给）
30
对大量步兵造成火焰伤害，但射速有限且射击速度较慢。
手榴弹
10
对敌人造成一次性巨大伤害。
载具
随着游戏进程，玩家能乘坐由正规军开发的载具“SV-001‘METALSLUG’”。
作为正规军率先研发的高机动力及小型化战车除了火力强悍以外，可进行蹲下跳高的行动，还有一击必杀的舍命攻击，属于性能优秀的高机动性兵器。
《合金弹头》采用Q版像素风格画面，其共有六个关卡，主题包括森林、驻守城市、雪山峡谷、峡谷和军事基地，其中的多个场景可以进行破坏并出现额外的隐藏道具。
为抵达完成关卡，玩家必须不断射击敌人。在每个关卡的末尾，必须面对一个不同于普通敌人的BOSS，需要通过多次射击才能打败它。在关卡过程中玩家会发现武器升级包和载具战车以帮助玩家进行更加快速的攻击。
主角可以使用军刀或踢进行近战攻击。直接接触敌人大部分情况下不会直接死亡，但敌人也会进行相应的肉搏攻击。此外，玩家还会遭遇战俘。当释放战俘后，将会给予随机物品或武器的奖励。直至玩家结束当前关卡后，将会根据释放的战俘获得分数奖励，并且会显示每个释放战俘的名字。如果玩家在关卡结束前死亡，则被释放的战俘数量将会删除重置。
《合金弹头》的亮相可谓相当出色，其滑稽搞笑的场面及精细的手绘场景是最大特色，而丰富多彩的战斗场景，尤其是BOSS战的部分让这款游戏特色十足，使其在貌似已了无新意的横版动作射击游戏中脱颖而出。（游侠网评）
诞生于1996年的《合金弹头》由于使用了NeoGeoMVS的强大机能，很快就给人们留下了惊艳的印象。四方向跳跃射击、火力品种全面的武器、大威力抛物线手雷再加上近身速度极快的匕首攻击，让两位兰博式主角深入人心。此外，外形别具一格的Boss，以及每关必定出场的载具超级战车“MetalSlug”更让本作成了令人眼前一亮的明星作品。凡是见过这款游戏的人无不对这部Q版小坦克着迷。（游民星空评）