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2012年5月30日，美国游戏娱乐网站IGN认为该游戏“杀死数十亿人从未有如此乐趣”，并予以7.0分的好评。在当年12月游戏还获得该网站2012年“最佳策略游戏奖”的提名以及“玩家选择奖”。（IGN）
2013年4月16日，美国疾病预防控制中心（CDC）的官网上发表了一篇对游戏制作人的专访文章。在这篇代表美国疾控中心官方立场的文章中，作者还感谢詹姆斯对疾控事业所做出的贡献：“《瘟疫公司》作为一种非传统宣传工具，确实可以提高公众对流行病学和疾病传播的认识，制作团队创造了一个关于公共卫生课题的引人注目的游戏世界。”（腾讯游戏）
游戏的主场景为一幅世界地图，由五大洲的不同国家和地区组成。每个国家或地区都有其自身的地理特征，按种类可以分为收入类型（富有/贫穷）、聚落形态（城市/农村）、地区气候（炎热/寒冷）和自然环境（潮湿/干旱），并且有的地区还设有国际机场或国际港口进行航空运输或水路运输，这一切会影响到病原体在游戏世界的传播扩散。
游戏中世界及其诸国有固定的健康人口数量，并且各个国家拥有运作的政府部门管控其所在地区的公共秩序和人口流动。当病原体作为瘟疫被发现且在扩散传播的过程中造成伤亡时，世界政府会不惜一切手段阻断瘟疫蔓延，包括拨款研发解药。同时，在游戏过程中还会随机发生影响瘟疫的新闻事件，增具挑战的难度。
玩家在选定好病原体开始游戏后，在世界地图上任意点选一个国家或地区即可作为开局之地，并在点击开始气泡后利用地图所给予的DNA点数在疾病界面（Disease）进化瘟疫，妥善地进化病原体的传播途径、症状表现和特殊能力，进而提升其传染性、严重性和致命性。此外，玩家还可以在全球界面（World）那里了解瘟疫在全球扩散的情况，以及病原体解药研发的进展，并且还有相关的指数报告。
游戏模式
作为一款以瘟疫为主题的策略游戏，《瘟疫公司》的游戏模式主要由初始选择难度、作弊模式、基因序列和DNA气泡系统这四个部分构成。
初始选择难度
在游戏的发布之初，它提供了简单、普通、困难三种不同的难度，而越高的难度会影响到病原体在场景地图的扩散传播，以及世界政府所采取的措施和对研发病原体解药的拨款。
游戏在2014年4月22日发布的1.8版起增加了终极困难难度，该难度会将游戏的感染者数量与病原体进化属性所需的DNA点数相挂勾，这意味着当感染的人数越多时其进化能力所需的DNA点数将会越高。特别的，该难度也加大了游戏世界对解药的投入，并设有随机性的血液检查使病原体被人为提前发现。
启动终极困难难度需要点击困难按钮下方的六边形生物危害标识。
基因序列修饰
基因序列修饰（GeneticModfication）是游戏在2012年10月24日推出1.4更新版本后，所增加的全新的研发系统。该模式允许玩家在游戏开始前为病原体注入一定的基因序列改良病原体的属性，从而为游玩提供一定的便利条件。
按照游戏的设定。玩家每次成功完成一局游戏即可解锁一个基因序列。基础病原体的基因序列组可分为DNA基因、传播基因、进化基因、突变基因、环境基因5类，每类序列各有5个基因总计25个。特殊病原体中Necroa病毒的Necroa病毒基因替换了原先基因序列中的进化基因，猩猩流感的人工基因和猩猩基因则分别替换了原先的进化基因和突变基因，而暗影瘟疫的暗影基因、血族基因和红翼基因分别替换了DNA基因、进化基因和突变基因。
作弊模式
作弊模式（Cheats）在游戏最早是作为一种特殊的病原体种类出现的，到了1.8版更新后才作为一种游玩模式出现。该模式允许玩家在游戏开始前为病原体加入某些特定的非常规特性，以体验瘟疫极速扩散的快感。但由于不是正规条件下的游戏，因而最终得分并不会在游戏排行榜上记录。
按照游戏的设定，当玩家在完成所有困难难度的病原体游戏后，便可解锁头3个作弊模式模块，而剩余的4个模块则需要玩家以终极困难的难度，完成所有的病原体游戏后才能够解锁。
启动作弊模式需要点击难度选择界面左下角的“作弊”标签。
DNA气泡系统
DNA气泡系统是游戏的主要资源系统，其可搜集的资源主要分为红色感染气泡（RedInfectbubbles）和橙色DNA气泡（OrangeDNAbubbles）两种，并且在场景地图上出现。在游戏中，每当有一个新的国家或地区被感染时，便会有红色感染气泡冒出，点击它即可获得额外的DNA点数。而在已感染的地区，则会有一定的概率出现橙色DNA气泡，它也同样会提供一定的DNA点数。
不同病原体（如寄生虫）对于红色感染气泡或橙色DNA气泡，所能产生的DNA点数也有一定的影响。特别的，基因序列当中的DNA基因可以在不同程度上额外增加气泡所能带来的DNA点数，甚至可以在击碎游戏后期出现的蓝色解药气泡（BlueCurebubbles）的情况下予以点数奖励。
极速游戏
极速游戏（SpeedRun）是游戏在2013年7月15日推出1.6更新版后，所增加的特色游玩系统。按照游戏工作室在其官方网站所作的预告介绍，该系统强调游戏天数与好友互动功能，透过分享功能以及全球排行榜的方式，与世界各地的玩家竞争不同病原体的最快通关天数。
和游戏得分的评价类似，该模式以五颗生物危害星级来评价玩具的通关天数，时间越少获得的星级评价也就越大。
剧情模式
剧情模式（Scenarios）是游戏在2013年11月25日推出1.7更新版后，所增加的特色游玩系统。该系统初始提供了15个游戏场景，并提供1个免费场景黑死病。特别的，从1.10版起还额外增加了一个免费场景圣诞老人的小助手。
剧情模式的场景可分为现实疾病（RealLifeDiseases）和平行宇宙（AlternativeUniverses）两种，前者是将现实生活乃至是以往历史中有名的病原体引入至游戏，后者则是设定一系列假想的环境条件来改变游戏世界情况，让玩家在改变条件的世界中持续挑战不同的病原体种类。
目前剧情模式一共有7个现实疾病场景和13个平行宇宙场景，是游戏中唯一必须购买才能完整解锁的项目。
游戏进度
游戏进度（GameProgress）是游戏在2014年12月16日推出1.10更新版本后，所增加的任务与成就系统，其前身为游戏的最高分数排行榜（HighScores）及成就列表（Achievements）。
在这里玩家可以可以了解当前完成的游戏进度的情况，同时还可以晓得游戏的哪些部分还没有完成。特别的，没有完成的项目会以挑战任务的形式出现在进度界面的三个任务框当中，供玩家参考选择。如若玩家不喜欢当中的一项任务，可以点击任务框右上角的刷新键以更换新挑战。而原先的成就列表及分数排行榜则分别在界面左下方及右下方的按钮中显示。
游戏完成的进度以其特有的DNA序列的形式展现，从低级到高级的头衔依次为虚弱（Weak）、强化（Enhanced）、复杂（Intricate）、精巧（Elaborate）及超神（God-like）五个等级。
自定义模式
自定义模式（CustomScenarios）是游戏在2016年4月22日推出1.12更新版后，所增加的特色游玩系统。该系统将玩家利用《瘟疫公司：进化》的场景编辑器制作，并上传于Steam创意工坊的优秀场景作品转移到移动端，让游玩移动端的玩家也能体验到电脑端场景作品的乐趣。
该模式起初由游戏工作室负责对电脑端场景作品的导入，没有开放给玩家转移的途径。同时，玩家使用该模式时必须已经购买了剧情模式，且初始条件下只提供一个场景槽和两个下载槽，如需下载更多的场景则必须支付一定的配额费用。
初期该模式共有60个外文自定义场景，在1.13.2版增加了包含中文版本在内的100个精选自定义场景，并于后续版本更新中不断追加更多精选的场景作品。
场景编辑器
场景编辑器（ScenarioCreator）是游戏在2017年4月12日推出1.14更新版后，所增加的独立应用程序。该应用允许玩家在移动设备创制自定义场景作品，和《瘟疫公司：进化》的场景编辑器一样可透过5种实验系统来创造场景的病原体，设计场景的世界观，以及其它涉及场景核心要素的定制。玩家在完成了场景作品的制作后即可在游戏本体上测试游玩，同时还可以通过社交分享或内置工具等途径共享自己的作品。
该应用是作为收费的移动应用程序单独在应用商店上架的，初始售价为2.99美元（18元人民币）。同时，玩家需要在购买并下载安装了《瘟疫公司》本体游戏后，才能进行场景作品的游玩测试。
游戏原声在2014年5月2日于其官方网站发布，并且作为《瘟疫公司：进化》的DLC内容于同年的9月10日在Steam商店上线。该原声收录本作以及《瘟疫公司：进化》游戏的配乐音轨，这其中既有经典的游戏背景音乐，也有Neurax蠕虫及Necroa病毒的主题曲。初期包含了九首歌曲，并会随着游戏的更新而追加额外的曲目。
曲目名称曲目作用出现平台作曲者
Initiation菜单主题曲《瘟疫公司》JoshuaKaplan
Evolution菜单主题曲《瘟疫公司：进化》MariusMasalar
AdverseReactionsNecroa病毒主题曲《瘟疫公司》MariusMasalar
AllInYourHeadNeurax蠕虫主题曲《瘟疫公司：进化》MariusMasalar
PlagueBlossom游戏主题曲《瘟疫公司：进化》MariusMasalar
DirectControlNeurax蠕虫主题曲《瘟疫公司》JoshuaKaplan
ZComFallsNecroa病毒主题曲《瘟疫公司：进化》MariusMasalar
PlagueBloom游戏主题曲《瘟疫公司》JoshuaKaplan
Roses特效声音
《瘟疫公司》
《瘟疫公司：进化》
JoshuaKaplan
SimianDawn猩猩流感主题曲
《瘟疫公司》
《瘟疫公司：进化》
MariusMasalar
NoxEternis暗影瘟疫主题曲
《瘟疫公司》
《瘟疫公司：进化》
MariusMasalar
