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扬子鳄主要分布在中国长江下游地区的湖泊、水塘和沼泽中。
扬子鳄身长1—2m，头部扁平，吻突出，四肢粗短，前肢5趾，后肢4趾，趾间有蹼爬行和游泳都很敏捷。尾长而侧扁，粗壮有力，在水里能推动身体前进，又是攻击和自卫的武器。它们的头部相对较大，鳞片上具有更多颗粒状和带状纹路，眼睛呈土色。体重约为36公斤。它们的头部相对较大，鳞片上具有更多颗粒状和带状纹路。扬子鳄鳞甲本质上与真皮鳞类似，而形成方式与鸟类羽毛的发生有相似之处。
皮肤腺有3种：背腺、泄殖腔麝腺和下颌腺。背腺仅在胚胎或幼鳄背中线左右两侧第2行鳞片下呈对称分布，以后出现不对称的退化，至成体时则呈不对称分布，因此是一种退化器官。泄殖腔麝腺和下颌腺均属全泌腺，其功能与交配和繁殖有关。扬子鳄舌腺有简单的单管腺和复杂的复管泡状腺2种类型，主要分布于舌尖及舌背中线两侧的固有层内，具滑润食物和排泄氯化钠的功能。连续低温孵化将抑制舌腺的发育或阻止舌腺的形成。成年扬子鳄味蕾集中分布于舌中部，而胚胎期，于孵化第48天才开始发生，除舌尖最前部外，其余舌表面都有不同发育阶段的味蕾，这可能也是一种退化现象。扬子鳄食管上皮为复层柱状纤毛上皮，上皮表层细胞由柱状纤毛细胞和杯状细胞组成，其发生与鸟类有类似之处。扬子鳄胃上皮，在胚胎期曾一度出现过杯状细胞，随之凋亡。胃腺有2类，贲门腺及幽门腺为单管腺（少数也有分枝），胃腺为分枝管状腺，它们均由胚胎时期的胃上皮向固有膜内陷形成。
组织化学研究表明，贲门腺和幽门腺主要由粘液细胞组成，但在腺管底部也可能具有壁细胞和主细胞；胃底腺细胞组成与哺乳类相似。相比较哺乳动物，扬子鳄小肠肠壁缺少粘膜肌层，绒毛由固有膜向肠腔突入或由上皮向固有膜内直接凹陷形成，小肠腺主要分布于十二指肠的前段，孵化第52天，小肠绒毛上皮和大肠皱襞上皮中才出现明显的杯状细胞。扬子鳄肝和胰细胞超微结构及其形成方式与鸟类基本一致。扬子鳄呼吸系统中气管和支气管的粘膜层含有纤毛细胞、粘液细胞和基细胞3种细胞，而在胚胎期，气管和支气管上皮中只能区分为亮细胞和暗细胞2种，其纤毛细胞和粘液细胞可能是在孵出后形成的。但肺上皮中纤毛细胞在孵化第46天时已明显形成。其肺上皮Ⅰ、Ⅱ两型细胞、喉的组织结构及形成过程与哺乳类较相似。作者对扬子鳄胚胎外周血液研究发现，血细胞的类型和形态可明显地分为2个时期，孵化第40天之前各型血细胞幼稚细胞所占比例大，而第40天后则幼稚细胞所占比例很小，这与其骨髓在孵化第40天之前形成相符合。扬子鳄肾脏结构与其它爬行类相似，但其近曲小管和收集管上皮细胞中不具有质膜内褶，远曲小管上皮细胞有少量质膜内褶，这与其淡水生活相吻合。
扬子鳄的组织结构特点和生理变化规律与生活习性及生活环境相适应。如发达的嗅觉、视觉和听觉与陆上捕食、营巢等行为相适应，特殊的肺小腔结构及味蕾构造又具有适应水生生活的特点，血糖浓度的季节变化与扬子鳄的冬眠期、活动期或繁殖期的周期性交替相适应。扬子鳄胚胎学研究对于探讨扬子鳄的系统进化，确认其分类地位提供了有益的启示和证据。如扬子鳄胚胎早期的胃上皮出现过杯状细胞，说明扬子鳄与较低等的两栖类动物亲缘关系甚远；鳞甲及喉腔的形成方式等又提示我们，扬子鳄与鸟类和哺乳类均有相类似之处；背腺的发生及退化过程进一步证实了扬子鳄与密河鳄具有相当近的亲缘关系，二者具有共同的祖先，但成年密河鳄仍具有两侧对称的背腺，据此推测，扬子鳄比密河鳄可能具有更高层次的分类地位，或者说密河鳄是一种比扬子鳄更为古老的鳄类。
扬子鳄白天隐居在河岸两旁洞穴中，夜间出外捕食。
扬子鳄具有高超的挖洞打穴的本领，头、尾和锐利的趾爪都是它的打洞打穴工具。它的洞穴常有几个洞口，有的在岸边滩地芦苇、竹林丛生之处，有的在池沼底部，地面I：有出入口、通气口。而且还有适应各种水位高度的侧洞口。洞穴内曲径通幽、纵横交错，恰似一座地下迷宫。也许正是这种地下迷宫帮助它们度过了严寒的大冰期和寒冷的冬天，同时也帮助它们逃避了敌害而幸存下来。
扬子鳄喜静，白天常隐居在洞穴中，夜间外出觅食。不过它有时也在白天出来活动，尤其是喜欢在洞穴附近的岸边、沙滩上晒太阳。它常紧闭双眼，爬伏不动处于半睡眠状态，给人们以行动迟钝的假象。可是，当它一旦遇到敌害或发现食物时，就会立即将粗大的尾巴用力左右甩动，迅速沉入水底躲避敌害或追捕食物。
扬子鳄的食量很大，能把吸收的营养物质大量地贮存在体内，因为它就有很强的耐饥能力，可以渡过漫长的冬眠期，因此扬子鳄可长时间不吃东西。
扬子鳄为卵生，到了6月上旬，扬子鳄在水中交配，体内受精。到了7月初左右，雌鳄开始用杂草、枯枝和泥土在合适的地方建筑圆形的巢穴供产卵，每巢约产卵10—30枝之间。卵产于草丛中，上覆杂草，母鳄则守护在一旁，靠自然温度孵化，孵化期约为60天。幼鳄9月出壳。具冬眠习性。卵为灰白色，比鸡蛋略大。卵上面覆盖着厚草，此时已是夏季最炎热的季节了，很快，部分巢材和厚草在炎热的阳光照射下腐烂发酵，并散发出热量，鳄卵正是利用这种热量和阳光的热能来进行孵化。在孵化期内母鳄经常来到巢旁守卫，大约两个多月的时间，母鳄在巢边听到仔鳄的叫声后，会马上扒开盖在仔鳄身体上面的覆草等，帮助仔鳄爬出巢穴，并把它们引到水池内。仔鳄体表有桔红色的横纹，色泽非常鲜艳，与成鳄体色有明显的不同。
扬子鳄是中国特有的物种，在人工饲养条件下较难繁殖。在配种良好的环境中和精心饲养的条件下，扬子鳄于1980年产下了中国第一批幼鳄，成为人工饲养条件下繁殖成功的先例。扬子鳄族群安静舒适地生活在保护区中，繁殖后代。在受到保护的情况下，其种群数量日益壮大。
安徽宣城建有世界上唯一的扬子鳄保护区——宣城扬子鳄国家级自然保护区。
野生扬子鳄的数量可能不足200条，其中约有40条为成年扬子鳄。
野生扬子鳄原生存在长江中下游的广大地区，由于人口稠密且近百年来发展较快，其栖息地不断被开发为耕地鱼塘等农业用地。扬子鳄的生存空间不断被压缩，直至上世纪七十年代野生扬子鳄数量以锐减至不到三百条，生存环境也被压迫至苏皖浙交界的狭小地带。扬子鳄的性情较温顺，一般不会主动攻击人。与其他动物一样，在繁殖期脾气暴躁时才会有攻击倾向，但这种攻击通常并不能对人形成实质性的伤害。
野生扬子鳄的生存环境受人为因素影响较大，特别是在繁殖期，人类活动直接对扬子鳄的产蛋造成影响。人类活动导致其产蛋地不断变迁，人类对其产卵巢窝的破坏也直接导致孵化率的下降。由于扬子鳄栖息地逐渐被辟为农田鱼塘，在农民捕鱼的过程中容易误抓扬子鳄，误抓后不能被及时放归或得不到科学养殖也会导致扬子鳄死亡；农药的使用间接的给扬子鳄的生存带来威胁，往往出现野生扬子鳄误食中毒猎物导致死亡的现象；扬子鳄的活动给农业生产带来破坏也导致了居民对它的捕杀。而民间私自进行的扬子鳄买卖对野生扬子鳄的生存构成了极大的威胁，餐饮业往往造成野生扬子鳄偷猎现象，当地居民透露前几年依旧有人收购扬子鳄。在人口密度较高的扬子鳄栖息地，这种偷猎并不难，很多野生扬子鳄就生活在农田或鱼塘周围，扬子鳄的温顺胆小也给偷猎者带来了可乘之机，借助一些简单的捕鱼工具就能捕猎扬子鳄。这也是野生扬子鳄数量一直在二百到三百条间徘徊波动的原因之一。
世界自然保护联盟（IUCN）：极危（CR）
濒危野生动植物物种国际贸易公约（CITES）：附录I级
1972年中国政府将其列为国家一级保护珍稀动物
生态价值
扬子鳄善掘洞为巢，常筑巢于水库堤坝处，常会造成水库泄漏，带来一定的危害，但对于一些板结的土壤则会起到疏松的作用，有利于植物的生长；其废弃洞穴常为其它动物所利用。扬子鳄为肉食性种类，处于食物链顶级，对于维持食物链的平衡起到重要的作用。扬子鳄以鱼、虾、软体动物及昆虫为食。
研究价值
扬子鳄是中生代时期残留下来的古老的爬行动物。据研究，鳄类的骨骼与恐龙类的骨骼有着很大的相似性，体表都被有排列整齐的鳞甲，说明鳄类与恐龙类具有一定的亲缘关系。因此，研究扬子鳄对研究恐龙类的起源与演化及中生代爬行动物时代的情况具有一定的指导作用。
