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中国中医科学院眼科医院始建于1994年，隶属于中国中医科学院，是国家中医药管理局在京直属医院之一，是一所承担医疗、科研、教学任务，具有专科特色的“三级甲等中医医院”。是世界中医药学会联合会、中华中医药学会、北京市中医药学会、北京市中西医结合学会等眼科专业委员会挂靠单位；中医眼科是国家卫生部重点专科建设单位，是国家中医药管理局“十五”、“十一五”重点专科（专病）建设单位，其中眼底病、眼表疾病、糖尿病视网膜病变、青光眼神经眼科是国家中医药管理局“十二五”重点专科建设项目。2007年成为国家中医药管理局“十一五”重点专科眼科协作组牵头单位、北京市中医眼科特色诊疗中心项目建设单位、国家中医药管理局及北京市中医管理局“治未病”临床基地、国家中医药管理局中医优势学科继续教育基地、北京市中医管理局薪火传承“3+3”工程唐由之名医工作室建设单位、世界卫生组织传统医学眼科疾病诊疗方案的编制单位、北京市医保定点单位。眼功能实验室为国家中医药管理局三级实验室。医院科研、医疗、教学综合能力在全国中医眼科领域处于先进水平。
医院的发展目标是：建成一所具有临床、科研和教学三位一体，在国内领先，在国际具有影响力的，以中医、中西结合眼科为主体，眼科相关学科同步发展的，拥有800张床位的三级甲等中医医院。坚持“大专科、小综合”办院方向，努力创建国家中医临床研究基地；努力构建学习型、创新型、和谐型医院。
医院门诊设有眼科、口腔科、内科、针灸科、骨科、急诊内科等科室，住院部设有五个眼科病区，一个内科病区，开放病床300张。新开设“国际眼科会诊中心”，荟萃约40名北京及国外知名眼科研究所专家，为疑难眼病患者进行会诊；还开设了“京西国医馆”，聘请50名左右的北京知名中医专家，为患者提供包括心血管内科、消化内科、呼吸内科、肾内科、神经内科、内分泌科、风湿免疫科、肿瘤科、外科、妇科、儿科、骨科、耳鼻喉科、皮肤科等各专科常见病及疑难病种诊疗在内的一流的多学科中医特色诊疗服务，提升了医院区域服务能力水平，使更为广大的患者受益；正式启用内科病区，新内科病区拥有病房16间，床位28张，拥有多名副高职称以上医师，可开展心脑血管、呼吸系统、消化系统、内分泌系统疾病等内科常见疾病诊治。目前，眼科医院已经发展成为中医特色鲜明、技术力量雄厚、设备先进、服务优良、中西医并举，成效显著，在国内外享有较高声誉的一所中医、中西医结合三级眼科专科医院。
