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九院总占地面积109亩（南部61亩、北部48亩），总建筑面积21.2万平方米（南部14.7万平方米、北部6.5万平方米）。总核定床位数1800张（南部1000张、北部800张），实际开放床位1819张（南部1019张、北部800张）。口腔综合椅位326张，临床科室61个，医技科室10个。全院职工4592人。
九院是上海交通大学口腔医学院、上海交通大学九院临床医学院教学基地，拥有27个教研室。医院以提高教学质量为核心，加强临床医学教育，积极推进教学改革。医学院先后获得国家精品课程3项、国家级优秀教学团队1个，国家级双语教学示范课程1项。大学生创新性实验项目国家级11项。担任全国高等院校口腔医学专业本科规划教材主编6人次。获得全国高等医药院校优秀教材奖3项，人民卫生出版社课件教学建设-医学大讲堂主讲名师1项，人民卫生出版社课件教材建设4项。口腔医学还获得上海市高水平特色建设项目、上海市本科教育高地第三和第四期建设项目、085工程项目和上海高校学科发展五年行动计划“高峰学科”建设资助。
医院重视精神文明建设和医院文化建设，医院荣获全国医院（卫生）文化建设先进单位、全国城市医院思想政治工作先进集体，连续荣获上海市文明单位“十二连冠”以及上海市拥军优属先进单位等，并有多人荣获全国党建工作和市、局精神文明建设优秀组织者荣誉称号。口腔颌面外科荣获全国总工会授予的“全国五一劳动奖状”、全国首届“工人先锋号”、上海市“工人先锋号”荣誉称号，口腔综合科荣获“全国青年文明号”，口腔病理科获“上海市五一巾帼奖”、上海市巾帼文明岗荣誉称号。
“十二五”以来九院学科建设水平不断发展。医院现拥有3个上海市临床医学中心（口腔临床、整复外科、关节外科）和2个上海市临床医疗质量控制中心（口腔医学、医学美容）。口腔临床医学、整复外科与组织工程学、外科学（骨科）现为国家重点学科，心血管内科为国家重点学科组员单位（牵头单位瑞金医院）；口腔基础医学现为国家重点培育学科。骨科、口腔颌面外科、牙体牙髓科、牙周科、口腔修复科、眼科、整复外科、口腔正畸科、口腔黏膜科、耳鼻咽喉-头颈外科为国家临床重点专科。口腔医学、整复外科学、骨科学为教育部“十二五”“211工程”重点建设学科。口腔黏膜病科列为国家中医药管理局重点专科。血管外科为全国外周血管介入诊疗培训基地和上海交通大学医学院血管病诊治中心。组织工程学为上海市“重中之重“学科，口腔颌面外科为上海市重点学科（优势学科），口腔修复生物材料学为上海市重点学科（特色学科），口腔基础医学和眼科学为上海市第三期重点学科。修复重建外科入选上海市“重中之重”临床医学中心，眼科为上海市“重中之重”临床重点学科，骨科为上海市教委重点学科。眼科、麻醉科、泌尿外科、内分泌科为上海交通大学医学院重点学科。神经内科为上海市脑卒中预防与救治中心单位，普外科为上海交通大学医学院疝与腹壁外科疾病诊治中心。
九院现拥有4位中国工程院院士：著名整复外科专家张涤生教授、口腔颌面外科专家邱蔚六教授、骨科专家戴尅戎教授、口腔颌面头颈肿瘤专家张志愿教授。
2007-2015年间，医院立项科研项目1000余项，科研总经费3.8亿元。其中国家自然科学基金418项（其中国家杰青3项，重点项目5项，重大研究计划培育项目1项、重大国际合作1项、科技部863项目1项）。获国家级奖项4项（国家科技发明二等奖1项、国家科技进步二等奖3项），省部级奖项44项（其中一等奖10项），上海市卫生系统银蛇奖一等奖1项、上海市医学奖3项（其中一等奖1项）。中国科学技术信息研究所公布的“2015年度中国科技论文统计结果”中显示，上海九院发表SCI论文392篇，全国医疗机构排名第20位，其中表现不俗SCI论文152篇，全国排名第24位。2015年度共申请专利23项，授权专利15项。
上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院（以下简称“九院”），2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，九院改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院（以下简称“九院”）。2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院（前身宝钢医院，属三级综合性医院）资源整合，南北院区，统一布局，统一管理，上海第三人民医院第一冠名为“上海交通大学医学院附属第九人民医院（北院）”，第二冠名为“上海交通大学医学院附属第三人民医院”。2015年10月，上海市机构编制委员会批复市教委同意上海交通大学医学院附属第三人民医院整建制并入上海交通大学医学院附属第九人民医院。
