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昆山市中医医院是一家集医疗、教学、科研、康复、预防、保健为一体的现代化综合性三级乙等中医医院，医院是南京中医药大学附属医院，上海中医药大学、山东中医药大学、安徽中医药大学、扬州大学教学医院，上海中医药大学国际教育基地。医院荣获全国示范中医院、全国卫生系统创先争优活动先进集体、全国中医医院信息化建设示范单位、全国医院文化建设先进单位、中华中医药学会中医体质与治未病基地、国家中医药管理局中医药国际合作基地、江苏省中医适宜技术推广基地、江苏省中医药文化建设示范单位、江苏省中医“治未病”重点试点单位等荣誉称号，连续5次蝉联全国文明单位。
医院挂牌设立国医大师周仲瑛、夏桂成以及全国名中医徐福松、单兆伟、刘沈林昆山传承工作室。脾胃肝胆科引进上海长海医院李兆申院士消化疾病科专家团队、肾病内科引进上海瑞金医院陈楠院士肾病内科专家团队获得苏州市“临床医学专家团队”引进A类项目。郑氏妇科疗法、闵氏伤科疗法为江苏省非物质文化遗产。医院拥有取得批准文号的医院制剂102种，其中中药制剂88个品种。
医院拥有国家临床重点专科（中医专业）建设单位1个，国家中医药管理局临床重点专科1个，江苏省中医药重点学科1个，江苏省中医重点专科4个，苏州市医学重点学科1个，苏州市中医重点专科3个。
占地面积10.86万平方米，建筑面积8.54万平方米，开放床位1087张，在院职工1682名，其中高级职称287名，博士生导师1名，硕士生导师10名，南京中医药大学、上海中医药大学、山东中医药大学、扬州大学兼职教授115名，硕、博士244名，省级以上各类学会专业委员会委员228名，全国首批名老中医药专家郑绍先学术经验继承人3名，全国基层名老中医专家传承工作室指导老师1名，江苏省名中医1名，江苏省第二批老中医药专家学术经验传承工作指导老师1名，国家中医药管理局中医药外向型优秀骨干人才1名，江苏省中医药领军人才培养对象1名，江苏省“333工程”第三层次培养对象4名，江苏省“六大人才高峰”高层次人才1名，江苏省优秀中青年中医临床人才1名，苏州市姑苏重点人才1名，苏州市姑苏青年人才2名，“全国导师制”培训人员2名，昆山市卫生系统首席医师8名，昆山市医学学科带头人15名。
医院配备大型乙类设备6台，包括西门子sensation64排CT，西门子SOMATOMDefinitionFlash双源CT，西门子AVANTO1.5T核磁共振，GEMR7503.0T核磁共振，GEInnavoIGS530DSA，医科达precise直线加速器。
1979年4月，以人民医院中医科为基础，在县人民医院挂牌。
1980年4月28日，正式成立昆山县中医院，与玉山镇卫生院合署。
1983年12月，在朝阳路141号建门诊楼一栋开诊。
1985年1月9日，与玉山镇卫生院分开，迁入朝阳路141号（今189号）独立建院。
1986年5月，经苏州市卫生局、苏州市人事局编委会正式核编批准为全民所有制单位，设床位50张，员工84人。
1989年，医院引入新的机制，大胆借用企业“借鸡生蛋、负债经营”的做法，逐年改善医疗环境。
1990年，增建门诊辅助楼1000多平方米，扩大病房150张，分内、外、骨伤科三大病区。
1994年7月通过苏州市评审委的初评，10月通过江苏评审委的复审，成为我市首家二级甲等中医院。在此基础上，1995年5月又通过国家中医药管理局全国示范中医院的评审验收，成为全国第67家示范中医院。
2000年1月9日，举办十五周年院庆，南京中医药大学教学医院揭牌。
2004年4月29日，新病房大楼启用，2004年5月15日医院举办了新病房大楼落成庆典。
2005年10月，获得全国文明单位称号，并在2008年蝉联。
2008年10月，成为全国“治未病”试点单位。
2009年12月 ，顺利完成二级甲等医院复评。
2011年9月23日，医院特色门诊病房大楼奠基。
2011年8月9日，接受为期两天的三级医院评审，并于同年12月正式升级为三级乙等中医医院。
2011年12月，获得全国文明单位三连冠。
2011年，成功创建三级中医医院。
2013年，西部医疗中心奠基。
2014年4月3日，医院综合制剂大楼正式动工。
2015年1月9日，医院建院三十周年，举行医院第七届中医药科技大会、中医药发展论坛等活动。
2015年2月，获得全国文明单位四连冠。
2015年3月31日，医院南星渎院区开工奠基。
2015年9月29日，医院举行西部医疗中心打桩仪式。
2015年10月，医院当选中国县级中医院联盟轮值主席。
2017年8月，国医大师、全国名中医昆山传承工作室成立。
2017年9月，高分通过省中医药管理局三级医院复核评审。
2017年12月，获得全国文明单位五连冠。
2018年3月，昆山市中医药学会成立。
