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中国人民解放军海军指挥学院是海军最高学府，担负培养海军中高级指挥人才任务。学院地处人杰地灵的古都南京市区，营院环境优美，交通便利；师资力量大，教学设施先进。学院自86年开办研究生教育以来，2020年已拥有10个硕士学位授权专业，3个博士学位授权专业，具有组织硕士研究生入学单独考试权，主要担负培养海军中高级指挥干部、海军军以上机关参谋及军事学硕士、博士研究生的任务，学院坐落在南京市，占地面积48万多平方米。中国人民解放军海军指挥学院设有训练部、政治部、院务部、科研部和战役指挥系、战术指挥系、政治指挥系、后勤指挥系、研究生管理大队、战役训练班。
中国人民解放军海军指挥学院建有图书馆、海军战役战术中心实验室、教育技术中心、研究生教育中心以及海军战役专业教室、海军合同战术专业教室、海军航空兵战术专业教室、东南沿海军情专修室、海军现代装备专修室、中国海军史馆等教学设施。其中图书馆面积3000平方米，藏书42.5万册，形成了以海军战略、战役、战术及海军军事、政治、后勤指挥为特色的馆藏体系，实现了计算机管理的校园文献信息自动查询。海军战役战术中心实验室是全军重点建设实验室，其模拟训练系统使用计算机及其它辅助设备模拟海军战役进程和作战指挥环境，使受训人员能够在近似实战条件下进行多级对抗演练。系统在海战行动量化分析上取得的突破，使我国成为世界上少数几个拥有海军战役层次模拟训练系统的国家之一。
2006年学院招收硕士、博士研究生约90名。培养能担负部队指挥工作、军队各级领导机关参谋工作和军事学教学科研工作的高级专门人才。硕士招生专业有10个，其中军事思想、军事历史、军事战略学、军事运筹学、军队政治工作学专业面向全军招生；军种战役学、合同战术学、兵种战术学、作战指挥学、军事后勤学专业面向海军招生。博士招生专业有3个，其中军事战略学、军种战役学专业面向全军招生，合同战术学专业面向海军招生。欢迎部队干部报考。2005年硕士生招生情况：实际参加入学考试的考生有93名，经体检、考生与导师双向选择、专业复试等程序，最后共有69名同志被录取为我院2005级硕士研究生。
为解决边防、青岛、舰潜艇及飞行部队干部子女入学难的问题，海军部分院校开办干部子女班。学生入学后无军籍，不享受军人待遇，不转户口，只转党团组织关系。全日制教学，学完教学计划规定课程，经考核合格后颁发军校普通本科学历证书，符合学位授予条件者授予学士学位。证书不上国家教育网，由海军统一管理，并在学生毕业后提供查询信息。学员毕业后，不包分配，面向人才市场，自主择业。同时，为改善学生的学历结构，拓宽就业发展途径，学院与电子科技大学合作，联合培养学生，学生入学院学习时须同时报名参加电子科技大学网络教育学院同步学习，学员毕业考核合格后，在取得海军指挥学院毕业文凭的同时，获得国家承认、在国家教育网电子注册的，由电子科技大学颁发的在本校网络教育学院学习的大学本科毕业证书和学位证书，并由电子科技大学开具就业所需的《普通高等学校毕业生就业协议书》和《报到证》。
中国人民解放军海军指挥学院的前身是刘伯承元帅任院长的中国人民解放军军事学院海军系，创立于1952年5月16日。1957年10月8日，海军系扩建为海军军事学院。1960年10月1日，学院改称为海军学院。1973年，中央军委决定在原海军学院院址组建海军军政干部学校。1978年1月，海军军政干部学校恢复为海军学院。1986年6月9日，改称海军指挥学院2020年。学院成立以来，一直受到党和国家领导人的亲切关怀，毛泽东、刘少奇、朱德、董必武、陈毅、叶剑英等老一辈无产阶级革命家都曾接见过学院干部、学员或来院视察工作。1991年5月20日，前中共中央总书记、军委主席江泽民亲笔为学院题写了院名。