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变小后的工藤新一被毛利兰询问姓名，情急之下受到《福尔摩斯探案集》的作者“阿瑟·柯南·道尔”和日本侦探小说作家“江户川乱步”名字的启发，为自己取名为“江户川柯南”。
（注：集数标注均使用原版集数，其他目录同，具体集数对照详见词条“名侦探柯南”）
配音演员：
日语版：高山南
台配版：冯友薇（TV1~99）、方雪莉（TV100~293，M1~2）、蒋笃慧（TV294至今，M3~4、7~20，鲁柯SP、鲁柯剧场版）、丘梅君（M5~6）
港配版：卢素娟（TV1~122TVB版，M1~2TVB版；已故）、周恩恩（TV294~341有线版，M1~17DVD版，鲁柯SPDVD版）、黄玉娟（鲁柯剧场版TVB版）
大陆版：李世荣（M13、15、19~20、22公映版、TV版）、郝幽玥（M13央视重译版）
真人版演员：藤崎直（单发版第2部）
真人版配音：
日语版：高山南
台配版：蒋笃慧
港配版：陆惠玲（TVB版）、周恩恩（DVD版）
工藤新一因为目击黑衣组织的交易被发现而遭毒手，被灌下APTX4869（组织研发的药物）后导致身体缩小至7岁左右。新一担心自己的事会危及周围人的安全，而在阿笠博士的帮助下隐藏真实身份，化名江户川柯南，寄住在与自己青梅竹马的女友毛利兰家中，转学至帝丹小学一年B班，与吉田步美、圆谷光彦、小岛元太成为朋友，四人组成了少年侦探团。
柯南住在小兰家中，希望借助小兰的父亲毛利小五郎侦探的身份追查组织，可是小五郎却是个“迷侦探”。柯南只得借助自己没有减退的推理天份帮助小五郎破案，但因为身体变小导致办案时不便，危险性也增加，因此阿笠博士为他发明了手表型麻醉枪和领结型变声器等道具。柯南利用这些道具“代替”小五郎（或铃木园子）进行推理，破解疑案，使得原本默默无闻的小五郎声名大噪，得到了“沉睡的小五郎”称号。与此同时，柯南也一直急切地追查组织。
宫野明美化名广田雅美，到毛利侦探事务所委托寻人，后被琴酒灭口。柯南在明美临死前赶到，明美透露她属于黑衣组织（对应动画改编为与组织无关，后来才以原创形式补上该段剧情）。
在新干线火车上，他遇到了将其灌药变小的两名组织成员，通过窃听获知他们的代号是“琴酒”和“伏特加”（但在对应动画中却被改为与组织无关，柯南得知二人代号的方式不明）。
因为小五郎参与满天堂公司的产品发布会，柯南偶遇组织成员龙舌兰。但龙舌兰旋即被误炸而死，组织的痕迹也被湮灭。
之后，柯南结识了关西的高中生侦探服部平次，并且变小的事情被平次发现。二人随后成为挚友，柯南在追查组织时经常找平次合作。
APTX4869的研发者宫野志保（代号“雪莉”）服药变小并逃离组织，寄住在阿笠博士家，化名灰原哀，和柯南一样隐藏身份转至帝丹小学一年B班，加入少年侦探团。柯南起初对灰原充满警惕，后在得知灰原为宫野明美的妹妹后开始相互信任。
一日，柯南和灰原偶然发现了琴酒的保时捷，意欲跟踪时被琴酒发现了跟踪器。但柯南依然得知组织成员皮斯克将在杯户饭店进行暗杀行动。柯南和灰原赶到，琴酒却已将发现雪莉会到杯户饭店一事告知了皮斯克。皮斯克暗杀吞口重彦成功后发现并认出灰原，将她迷昏并藏在饭店酒窖里。柯南与灰原取得联系后让她喝下白干。灰原恢复身体，从烟囱逃至饭店顶楼。遇到埋伏的琴酒和伏特加，灰原身中数枪。柯南赶到后用麻醉枪击中琴酒，同时灰原由烟囱逃回酒窖。此时白干效力已过，灰原身体变回。皮斯克在准备处决灰原时，柯南再次赶到解救了灰原，而皮斯克则因暗杀中出现了重大失误被琴酒灭口。灰原感觉当时还有其他组织成员在场，柯南也通过手帕颜色推理出当时在场的美国女星克丽丝·温亚德也是组织一员。
由于在侦探队洞窟探险事件中身中枪伤，手术后抵抗力变得比较差一些，很容易引发上呼吸道感染（感冒）。
这之后，柯南相继结识茱蒂老师、新出智明医生和詹姆斯·布莱克，而曾同乘一辆车的赤井秀一监视毛利侦探事务所，跟踪灰原。高木警官告诉柯南，警视厅毛利侦探办过的案子案卷都被偷走，这引起了柯南的紧张。柯南在基本确定克丽丝是组织成员的同时怀疑茱蒂老师是克丽丝假扮，并曾与服部平次一起去试探茱蒂老师的身份，但没有收获。
小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓。从委托人的谈话中柯南了解到他就是龙舌兰接触的对象，但板仓已身亡。最后柯南通过追查命案，获得了组织的线索——板仓的日记，了解到了黑衣组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被琴酒抓到。板仓的日记中提到黑衣组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，要使时光倒流。
柯南与小兰在路上偶遇赤井秀一，小兰的反应使柯南得知小兰曾见过赤井。
哀患感冒，送医途中遇到茱蒂，而赤井也跟踪而来。案件解决后，博士借茱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。
阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑衣组织可能正在从事让死人复活的计划。博士带柯南和哀去拜访哀父亲的生前好友、设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀父亲的事。出岛被人谋杀，柯南在破案的同时，也找到了由明美设法藏在设计所的、艾莲娜留给哀的录音带。录音带里基本是艾莲娜留给哀的叮嘱，于是柯南还没怎么听就交给了哀。但哀却从中听到了某件惊人的事。
贝尔摩得利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；知道新出医生为贝尔摩德假扮的茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但贝尔摩德将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成工藤新一赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；哀不放心柯南去，跟踪前往；兰因想了解茱蒂的真正身份躲在了茱蒂汽车的后备箱里，并在最后关头救了哀。贝尔摩德不让向兰开枪并叫她Angel。贝尔摩德后逃脱了赤井的追捕，并对柯南称自己讲不再追杀雪莉，之后向阻止其他人隐瞒了柯南和哀的事。而茱蒂也设法瞒过了兰，同时柯南听到了贝尔摩德给组织Boss“那位先生”发邮件时的按键音。自此之后，柯南得知茱蒂老师和赤井一行的FBI身份，与FBI建立了合作关系。
柯南听到山村操刑警给他奶奶发信息，开头按键音和Boss的邮件地址很像，是鸟取县。后来柯南等人去一音乐世家后，得知那个的按键声的旋律为《七个孩子》，还因此推理出Boss的邮箱地址。但灰原警告柯南，这是不可开启的潘多拉之盒。
柯南发现水无怜奈为组织成员“基尔”，之后与FBI阻止了组织暗杀土门康辉和毛利小五郎的行动。水无重伤昏迷，被FBI控制在杯户中央医院。贝尔摩德去水无出事目击者家调查，引起柯南注意。
兰的班上新转来的本堂瑛祐总给柯南不好的感觉。他在到毛利侦探事务所做客时刻意把话题引向水无怜奈，似乎希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。他四处寻找自己的姐姐——与水无长相完全相同的本堂瑛海，怀疑水无是藏起自己姐姐的坏人。
组织派楠田陆道混入杯户中央医院调查。柯南与赤井秀一共同推理出水无是CIA安排在组织中的卧底 ，得到FBI帮助的水无假装昏迷不醒，被瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无正是瑛祐的姐姐瑛海，姐弟二人的父亲伊桑·本堂也是CIA的卧底，4年前为掩护瑛海而身亡。柯南与赤井定下了送水无回组织继续做卧底的计划。楠田身份暴露并自尽，引发FBI与组织激烈的暗战，最后水无如计划回到组织。水无后为取得组织信任而“枪杀”秀一，然而这也是柯南与赤井计划中的一环 。
赤井假死后化名“冲矢昴”，由有希子帮助易容，并在柯南的允许下住进新一家。与此同时，水无急报组织派出了厉害的侦探“波本”。
戴着神秘列车戒指的灰原在事件中被迫服药暂时恢复身体，视频还被发到了网上。组织果然登上了列车，计划杀死雪莉。柯南因此请来有希子和冲矢昴一同登上列车保护灰原，并拜托怪盗基德化装成志保瞒过了组织，并且搞清了小五郎的新弟子安室透就是组织的“波本”。
神秘列车事件过后，柯南一度以为安室不会再出现，然而安室之后竟然仍留在小五郎身边，令柯南不安。柯南不断怀疑身边的安室，后来通过推理怀疑安室是日本公安卧底，大胆进行了试探，但安室并未承认。
安室来到杯户中央医院调查楠田陆道之死，与贝尔摩德一同套出了楠田在车中开枪自杀的情报，使柯南非常紧张。柯南与冲矢昴、阿笠博士和父母定下了对策。安室突袭新一家未果，被瞒过了冲矢昴就是赤井。而赤井也根据安室的绰号“零”进行调查，揭露出安室其实是日本公安警察在组织里的卧底降谷零。秀一提醒日本公安们应一致对外，不应和FBI互斗。安室最后下决定放走秀一，并且没告诉组织其他人秀一和柯南的情报。秀一之后继续化身冲矢住在新一家。与此同时，水无发来了“朗姆”出动的情报。
据灰原回忆，朗姆为组织No.2。关于朗姆外貌的传闻五花八门：例如大块头男子、像女人一样的男人、上了年纪的老人，还有这些都是其替身的说法。虽然对其外貌有多种的说法，但有一个特征的描述都是一致的：朗姆的某只眼睛在事故中受伤，所以装的是义眼。因大和敢助警部比较符合朗姆的特征，使柯南产生了一些怀疑。长野县警署搜查一课课长黑田兵卫具有独眼、身体强壮的特征，比较符合朗姆的形象，也使柯南产生了一些怀疑。
身份背景：真实身份是高中生侦探工藤新一。17岁，因服下毒药身体变小后约7岁。生日是5月4日，来源于1891年5月4日福尔摩斯和莫里亚蒂教授坠入莱辛巴赫瀑布的日期。作者青山刚昌称柯南的身高会有微妙变化，也称柯南的身高在小学一年级生中算小个子，而工藤新一的身高是174cm。体重是18.5kg ，血型不详，但与小兰相同。原来住在东京都米花町2丁目21番地，来源于福尔摩斯的住址贝克街221B（“贝克”和“米花”的日文发音相同，都为“Beika”）。现住在毛利侦探事务所，地址为东京都米花町5丁目39番地1号（动画原创设定）。在帝丹小学1年B班就读（工藤新一在7岁时为1年A班）。手机型号是索爱W21S→索爱XperiaarcSLT18i（漫画File.796、TV673起）。
相貌衣着：标准服装为蓝西装、白衬衫、灰短裤及红领结，多见于早期，后期服装逐多样化。偶尔也会戴上鸭舌帽，且偏好反戴，但相当少见。
性格特点：成熟，稳重，正义，坚强，温柔，阳光，自信，专一，执著，坚强，勇敢，睿智，善良，隐忍，偶尔耍小孩子脾气（例如：崇拜足球队输了的时候）。有正确的判断力和很强的正义感、责任感，把生命放在第一位，对于犯罪行为绝不宽容，但在罪犯遇到生命危险时也会舍身相救。虽然在推理方面表现杰出，但对于感情问题却比较迟钝，但已经对小兰告白（TV621）。不过在缩小之后得到同学步美等女孩的倾慕。
工藤优作：
你的观察力还不够哦……
好慢……
工藤有希子：
跟小小新一住在一起……我就觉得自己好像又年轻了呢。
你还真是受欢迎啊！
只要有他在奇迹也可能发生呢！这孩子的推理可是百发百中。
毛利兰：
好可爱喔！
柯南，你球踢的不错嘛！就跟新一一样！
可是，你是小学一年级的吧？想当侦探还早得很呢！
你的推理能力就跟新一一样！
从行为来看……他根本不像小学生！
一定没错！那种口气、行为和推理能力……怎么看都像是新一！
我以前就觉得你怪怪的，你果然就是新一！
我遭袭击时，柯南可是拼了命保护我呢！
柯南你这小气鬼，快告诉人家啦！
什么呀！你怎么这么白痴呀！
真是的，你每次都害我担心得要死……
那孩子不是经常注意到一些有趣的事吗？
对不起，不能陪你到最后……柯南，我相信你……
如果柯南是新一就好了……
柯南，我相信你……
好棒！来了这么一个可爱的弟弟，以后我就多了一个谈心的对象……
柯南和新一一样都特别喜欢福尔摩斯。
对了，柯南来了之后，爸爸的生意就开始好转…说不定这是柯南带来的好运哦！
从行为来看……他根本不像小学生！！这么说，那一次……以及那一次……还有最近的案子……全部……全部……都是靠柯南才破的案……简直是新一的翻版……
对呀！就跟某人一样，对音乐少根筋。
虽然他只有小学一年级，但是会去注意一些小细节，因此往往找到破案的关键！
看你一副小大人样，其实根本还是个孩子。
你老爱做危险的事情。
谢谢你哦~小大人！
那是因为你和他很像哦~那张爱逞强的推理大笨蛋的脸！
服部平次：
那家伙就是这么懦弱……
因为你的外表看来就像小孩，所以我才担心嘛！
这家伙真无耻！
白痴……你是第二……以前我曾经遇到过……一个比你聪明的多了的……侦探……
怎么样？比起某个缩小前的侦探还要帅很多吧！
我想只有你才能和我真正地一决胜负呀……
是啊……他那种不把任何人放在眼里的口气……简直就和……和你一模一样！不过，因为你看上去比较可爱……所以比他还好一些！
你这家伙还是这么冷漠……
阿笠博士：
是新一亲戚的小孩呀！难怪长得这么像小时候的新一！
你这小孩真可疑！
真是的！简直就跟小孩没什么两样……
灰原哀：
你还真体贴。
真是个越来越有吸引力的对象。
江户川没那么容易被击垮的。
那家伙我才看不上眼的。
你还真平静……
笨蛋！
怎么每次都是马后炮……
虽然某人是有点多管闲事！
在你的词典里也没有啊，不可能三个字。
你还真不是一般的矮啊。
某个演技出众的人。
我对他很相信。作为搭档。
江户川并不是那种会让你担心的没用家伙。
被正义感所驱使，不考虑任何后果的追求事实的真相，为不让任何人受到伤害，自己背负一切。你这种像少年一样的天真性格，我有着刻骨之深的兴趣。但你知道吗，你这种正义的浩然之气让她（指毛利兰）和我，还有你自己，带来了这种孤独与危险，工藤。
你还是不知道……什么都不知道。不过我也并不希望你知道。
你很会扮小孩嘛。
你不是告诉过我……不要逃避吗？你不是叫我不要逃避自己的命运吗……而且你还说你会保护我对不对？
小孩子一个。
不能放弃哦，工藤，如果找不到福尔摩斯，对我们而言，你就是我们的福尔摩斯，没有什么事是福尔摩斯办不到的，对吧？
你也是个没口福的呢。
名侦探一遇到足球，就变成一个不折不扣的少年了。
这和某人每天只会不厌其烦地寻找血淋淋的推理情节的兴趣相比，要好得多了。
能爬那么高的，也只有江户川和猴子先生了。
推理能力是遗传爸爸的，使用变声蝴蝶结时的演技以及爱出风头和过度自信都是遗传妈妈的。
你还是一如既往的坚强。
追求真相的你。
明明是个音痴，怎么你耳朵还是那么灵啊。
把担心藏在自己心里。
他其实很狡猾，利用了机械的力量！
看上去很擅长分辨这种东西的江户川。
毛利小五郎：
又是这小鬼……
不知为什么，这小孩一在场，我的案子就办的特别顺利……
真是的！这样跟弃犬不是没两样吗？我真想见见你的爸妈！
当我的推理遇到瓶颈时……他的一句话总是给我很大的启示……这家伙绝不是等闲之辈……他到底是什么来头？
这个臭小子……
哪儿的话！有这么可爱的孩子住我家，我也感到万分荣幸！（TV43，对工藤有希子所扮的柯南的“妈妈”江户川文代）
柯南神明大人~~~~求求你救救兰吧~~~~（M6中小五郎害怕小兰被诺亚方舟破坏大脑，希望柯南赶快通过游戏）
想不到这个臭小子也有讨人喜欢的时候~~
铃木园子：
好——可爱哟！
简直是音痴！
他果然还是这么不可思议！
你还是这么不可爱！
这小子老是很臭屁！
真是个不可思议的孩子！
那小鬼的确是非常机灵，感觉也蛮敏锐，很神就对了。不过真要我说呢……只是个狂妄的小鬼头罢了。
吉田步美：
柯南太大意会出事的……
太厉害了！柯南！你真是神童耶！
柯南的头脑真好！反应又机灵！
因为柯南在我身边保护着我呢！
我们注定要结合在一起呢！
他好像要去很远的地方，不再回来了……
才不是呢！柯南本来就是个音痴嘛……
老奶奶的智囊袋又一次发挥作用了！
虽然很可爱，可是有点撒娇的感觉……
圆谷光彦：
你真聪明！
我真羡慕你啊！
他什么事都知道，真的很厉害，而且他的动手能力也比平常人强。
好、好厉害啊……
小岛元太：
你是平凡的人……
怪盗基德：
你不是普通的小朋友。
你根本没有梦想……
妃英理：
小弟弟你的记性真好。很不错哟！
你刚才不是很生龙活虎的吗！
这孩子倒挺能干的！
茱蒂·斯泰琳：
Coolkid，你简直就像鸵鸟一样啊。思维成熟得像个大人，隐藏在小小的身体里，就以为别人看不出来了。
詹姆斯·布莱克：
那个时候真多亏有了你呢！
你真的很聪明，我们FBI也想向你招手呢。
真厉害呀！非正式成员……不，或许我应该称你为福尔摩斯。
了不起呀——CoolGuy！
贝尔摩德：
对，就是他。他那时能给我那么大的震撼，也许，能够贯穿组织胸膛的……就是他也说不定……是我期盼了很久的……银色子弹。
根本不需要两发，银色子弹一发就够了。
安室透：
那个孩子……是非同一般的男人哦。
大和敢助：
这小鬼让人觉得恐怖呢。
诸伏高明：
那位少年用仿佛看穿了一切似的沉着又清澈的眼神，静静地，却又沉重地开始诉说案件的真相。没错，就好像那位名军师——诸葛孔明一样。
山村操：
柯南啊，说实话是不是应该找个人给你驱驱邪啊。肯定有什么不吉利的东西附在你身上了！
高山南：
这么跩啊！
米原樱子：
你和大家在一起的时候，明明就像个普通的孩子，思考时却完全像个侦探！
