榜单搜索
鹿目圆原本是一名普通的初中学生，过着平凡的日子，在仿佛完美超人的母亲的反衬下，圆认为自己什么优点也没有而感到极度自卑。因为拥有破天荒强大的魔法少女资质而被丘比选中，在陷入一连串的事件后，丘比不断引诱其签下契约。在见到身为魔法少女的巴麻美为了城市的居民而消灭魔女的英姿后，圆开始渴望成为魔法少女后能够改变平庸的自己，但一直犹豫于应该许下什么愿望。
鹿目圆和美树沙耶香跟着巴麻美前去讨伐魔女时，再次受到麻美的邀请。她想要圆成为自己的伙伴，让自己不再孤独。受到前辈的鼓舞，渴望改变自己的圆越来越期待成为魔法少女。
但是随后麻美遭到魔女残忍杀害，巨大的打击下，她很快失去了订下契约的勇气。同样为魔法少女的黑发转学生晓美焰也对圆直言，一再警告她不要签订契约，否则会失去一切。此后，无论丘比如何诱惑圆跟其签约，每当想起巴麻美的惨死以及晓美焰的警告，她都没有答应签订契约。虽然她没有魔法少女的力量而是作为「旁观者」的角色，但也绝对不会放任自己的朋友于危险境地而无动于衷。圆时常会以「当事人」的立场努力帮助成为魔法少女的沙耶香，但有时候也会因此将自己置身于危险之中。
当她们得知成为魔法少女后就意味着付出了灵魂的代价，生命不再属于自己而是取决于灵魂宝石的状态，沙耶香崩溃了。渴望帮助沙耶香的圆屡次想要和丘比签订契约，均被晓美焰强行阻止。在这一来一往的过程中，鹿目圆悲痛地目睹了沙耶香和佐仓杏子的死去，也从丘比那里得知了人类作为魔法少女与丘比一同走过的历史。
以晓美焰视角展开的最初的时间线，鹿目圆一开始就成为了魔法少女，她的性格也变得开朗、勇敢、自信，是最初懦弱胆小的晓美焰最依赖的人。然而，最终圆和麻美远远不敌强大的魔女之夜。麻美死后，晓美焰希望和圆一起逃走，离开这个恐怖的地方。但对圆来说，作为魔法少女代表了「正义」，比起碌碌无为的人生、平庸无用的以前的自己，为了保护众人的一线希望而战死是荣耀的、绝不会后悔的。圆战死后，焰许下拯救圆的愿望而成为了魔法少女，获得了在某个特定时间段内控制时间的能力。
第二周目的轮回中，圆、焰、麻美组成三人小队，但最终仍然不敌魔女之夜，圆战死后灵魂宝石突然破裂，变身成为了最强大的「救济魔女」。第三周目的轮回中，沙耶香和杏子也成为了魔法少女，众人组成五人小队和魔女展开战斗。沙耶香绝望而魔女化后，内心脆弱的巴麻美精神崩溃，主动攻击杀死了杏子，在要杀死晓美焰之前，鹿目圆抢先击杀了巴麻美，而后崩溃大哭。对圆而言，魔法少女代表着「正义」，但魔法少女们却纷纷绝望得自相残杀，这令圆对魔法少女的悲哀命运感到了由衷的痛恨。
后来圆和焰两人共同面对魔女之夜，没有任何意外的双双倒地，近乎死亡。焰已放弃希望，她只等待和圆一起成为魔女并肆虐这个世界。但圆仍然没有放弃，她用仅存的悲叹之种净化了焰的灵魂宝石，对焰哭着说出「你能去救救那个还没被丘比欺骗的笨蛋的我吗」，并请求晓美焰杀死自己而避免魔女化。直到最后一刻，圆仍然在寻找着一丝胜利的希望，并将之寄托于可以时空旅行的焰的身上。
因亲手杀死圆而悲痛欲绝的焰多次（接近100次）前往平行世界中，虽然因为多次的轮回而使得圆和焰之间有着千丝万缕的因缘，但鹿目圆本身对此没有丝毫的记忆，只在梦中见过某几次轮回的片段。由于魔法少女的魔力资质是由其牵涉的因果所决定，这使得因为晓美焰不断进行时空旅行，而牵涉大量因果的圆在魔力资质上越来越突出。这其中一部分原因在于焰「进行时空旅行以拯救圆」的行动，使得在其出院后一个月内所有因果都集中在圆身上，最后反而演变成为「这个事件是因为圆而存在」的因果关系。强装冷漠的晓美焰终于隐藏不住内心的感情，抱着圆痛哭起来。
据丘比所言，圆是不合理且最强的存在，在订下契约之后无论许下什么愿望都能够实现。但被丘比刻意隐瞒不提的是，在堕落成魔女后也会因这股力量成为毁灭世界的存在。在焰最初的某次轮回中，尽管圆在成为魔法少女后能强大到一击消灭魔女之夜，但是在堕落成为「救济魔女」后仅需10天就可以毁灭整个地球，这股毁灭性力量会随着轮回次数叠加而成倍增长。得知魔法少女真相后的圆，一方面了解到焰在过去曾无数次地试图拯救她，另一方面看到了历史上许多魔法少女的痛苦经历，终于找到了自己真正的愿望。
晓美焰准备充裕后与魔女之夜做出殊死一搏，却仍然远远不敌。绝望的焰为了不再增加圆身上的因果而即将放弃时，圆和丘比出现在她面前。抱持着「怀抱希望本身绝不会是个错误」的想法，圆向错愕的丘比许下了「所有的宇宙、过去和未来、所有的魔女，在诞生前由我亲手消灭」的伟大愿望，这改变了魔法少女必定变成魔女的绝望命运。
尽管一度变身成为魔法少女的样貌，一击消灭了魔女之夜，并且回收了无数平行世界、时间线中即将变成魔女的魔法少女们的灵魂宝石。但因为超越现有秩序的愿望所造成的宇宙重组，使得圆自身的存在消失，进而成为了一种无所不在却也无法被人感知或记住的宇宙法则。在重组后的世界中，圆神会在魔法少女们的灵魂宝石遭到污染而即将变成魔女前将她们接走，这种魔法少女最终必定会凭空消失的「法则」被魔法少女们称为「圆环之理」。
找回所有轮回记忆的圆神将自己的红色发带送给焰后消失。之后再新的世界，在其他人的意识中鹿目圆这个人物从未存在过，她被所有人遗忘。唯独曾经具有时空旅行能力并且见证整个宇宙改造过程的晓美焰奇迹似地保留着关于圆的记忆和发带，另外圆的母亲鹿目询子以及弟弟鹿目达也仿佛对这个名字有着似有似无的印象。
故事从圆的早晨开始，作为转学生的焰来到了学校，并与见泷原的魔法少女们组成了新生魔法少女组合，开始了消灭梦魇的职责。
一个月后，焰发现了见泷原的不正常之处。除了个别人外，所有人的面孔都是模糊不清的。焰开始怀疑自己记忆的真实性，并联系杏子前往她以前所生活的城市，却发现无论如何都离不开见泷原。杏子离开后，焰回想起魔女和圆神的事情。花海中，焰从圆的口中得知她是希望和大家永远在一起的。虽然疑惑于圆神为什么会以人类形态出现在这个世界，并且没有任何过去的记忆，但焰却坚信她是真实的圆。圆成为神而被所有人遗忘的结果，被焰认定是自己未能及时阻止的责任。
离开圆后，焰从丘比的口中得知了一切，原来自从圆消失后，焰一直怀抱着对圆的思念而持续战斗着，最终导致灵魂宝石的污浊而即将魔女化，丘比为了某种目的布下结界阻挡「圆环之理」的干涉。圆神为了拯救焰，先将自己的「记忆」和「神格」交付给沙耶香和百江渚保管，自己仅保留「人格」进入了焰的世界，试图寻找恰当的时机恢复记忆和力量后接走焰。另一方面，焰也猜出了丘比的最终目的其实是为了控制「圆环之理」，暴怒的焰下决心要保护已经成为神的圆，彻底魔女化并缓缓走向自毁的尽头，待她陨落，「圆环之理」将会由于感受不到需要净化的目标而离去。
圆与众人一起打破了丘比的结界，并发现了已经魔女化的绝望的焰。圆唤醒了焰，与她一起合击消灭了大量丘比。回到了现实中，圆、沙耶香、百江渚都已消失，焰捧着自己即将毁灭的灵魂宝石躺在葬台上，在此时天国门打开，圆神带着身为圆环之理使者的沙耶香和渚一起前来迎接焰。但是焰却在圆神接近的那一刻抓住了她，把圆环之理的一部分——「圆的人格」夺了出来。因为反叛了神，焰成为了类似于「恶魔」的概念存在，重组了宇宙。「圆环之理」作为规则的一部分——「圆的神格」仍然在运作，但失去了「圆的人格」而不稳定。
丘比对焰的行为和感情表示不理解，焰回答说「这是人类情感的极致，比希望更炙热、比绝望更深邃——爱哟」。
焰魔的新世界，所有人的记忆都被重置，圆被焰设定为归国子女的身份转学到学校。在焰带着圆参观校园时，本应遗忘一切的圆感应到「圆环之理」规则的一部分后出现了神化现象，被焰及时压制住。焰问圆「私欲」和「秩序」哪个更重要时，圆下意识地回答是「秩序」。焰悲伤地说「那么我们终将是敌人呢。但是没关系，因为我期盼的是能够让你幸福的世界」，之后焰将一直绑在头发上的红色发带还给了圆，并流着泪说「果然还是比较适合你呢」。
最终，在这个世界中沙耶香与杏子成为了好朋友，渚与麻美再一次相遇，圆也得以重新和家人生活在一起。唯有焰孤独地坐在黑暗中，远远地看着圆。
官方投票
评选活动主办方年度名次
剧场版魔法少女まどか☆マギカ[新编]叛逆の物语特典售后投票SHAFT2014第5名
评选活动主办方届次年度名次
2ch动画最萌2ch叶键板第八届2011四强
第十届2013萌王
NewType动画赏年度最受欢迎人物角川书店第3回2011第2名
最具魅力魔法少女评选总榜TOP20CHARAPEDIA第119回2016第1名
NHK动画纪念人气角色评选NHK电视台第一届2013第7名
《剧场版魔法少女小圆》上映纪念·角色名言票选（鹿目圆）
第5名：「要跟班上的同学们保密喔。」（TV第10话）
第9名：「我也再也没有必要绝望了！」（TV第12话）
第12名：「如果有人说怀抱希望是种错误，我会反驳这种说法是错的……无论几次我都会如此回答。」（TV第12话）
第15名：「你是我最好的朋友……」（TV第12话）
2013年2月，美国人安德鲁·贾卡(AndrewJaqua)在公益请愿网站发起全球请愿连署活动，要求国际天文联会将十分貌似「鹿目圆·神化」的此星云的其中一部分从NGC6527分离并更名为「圆神星云（MadokamiNebula）」。预拟的连署信指出，希望透过星云更名「将圆神自我牺牲的精神发扬光大」。
14岁，就读于市立见泷原中学二年级，普通的初中生，担任班上的保健委员。家境富裕，有一个年仅3岁的弟弟，从小母亲在外担任要职、父亲持家。与美树沙耶香是从小一起长大的青梅竹马，和志筑仁美是初中以来的好友。喜欢用汤匙吃意大利面而被吐槽小孩子气。成为魔法少女后苦恼于必杀技的名称而无法兼顾学习，因此在英文考试中曾考过37分不及格的成绩，与考了28分的沙耶香同病相怜（40分为及格线）。
性格温柔善良，人格却极度自卑，自认为没有特长和突出的才能，从内心深处极度渴望成为有用的人。思想没有黑暗面，对任何人都生不出恶意。可一旦坚持了某项原则，会置生死于度外，决不放弃。
人类
鹿目圆个头小巧可爱，粉红色的头发上用两条红色缎带绑成双马尾，将头发放下后长及肩部，有一双酒红色眼睛。圆的校服由一件浅褐色的衬衫、黑色格子短裙、白色丝袜以及一双棕色皮鞋组成。
变身成为魔法少女后，身着粉红色的连衣裙，躯干中部为淡黄色并配有白色条纹和红色纽扣，裙摆处镶满大量荷叶边与蕾丝带，裙子下摆后方是一个心形镂空，腰部有花粉状图案，底层为雪白色的饰裙以及同色的衬裙。她戴着白色手套，配以粉红色饰边。下身穿着白色高膝袜和酒红色高跟皮鞋。鹿目圆将她的粉红色的泪状灵魂宝石悬挂在胸前。
神化
圆神的粉红色头发延长至无限远，两侧的头发由一对雪白色蝴蝶结束缚着，女神化后瞳孔泛出金色的光辉。其衣饰为纯白的魔法长裙，背部及鞋后跟均有白色的天使羽翼。她的衣领处有一道波浪状的切口，胸口处有一钻石状镂空，顶端镶着红色宝石。袖子短而宽畅，顶部为白色，底部为粉色。与魔法少女时期相同的是，她仍然戴着白色手套，但腿上改穿粉红色长筒过膝袜。裙子内有三层，底层是粉红色，每层下均包罗万象，蕴藏着无限宇宙。同时这个状态也是「无限时空战斗之超进化所产生的究极型态」，在原本剧本之中将此时的圆称为「超级最终型态鹿目圆」。
魔女
「救济魔女KriemhildGretchen」。原型是鹿目圆，救济的魔女，性质为慈悲，是本质为「无助」的魔女之夜的背面。最强大的超级魔女，魔法质量位居魔女之夜顶点。
没有具体的大小，也没有具体的容貌，以一副恳求着希望的呐喊模样登场。上半身是挥舞着希望的呐喊魔女；下半身是呈放射状的裙摆。
在其他晓美焰所经历的时间轴中，圆往往会因为灵魂宝石受到污染而魔女化，成为具有强大毁灭力的「救济魔女」。
不管是魔女化形态，还是神化形态，都是她的博爱精神的极致升华。与她的同伴们不同，她的内心没有黑暗，所许的愿望也总是纯粹，甚至从潜意识说都无私心，魔女化的条件也只有「灵核没有及时净化」一个。身上拥有一种无与伦比的感染力，也完全看不到作为人类所应有的适度自私。无论何时，她都是个无私的自我牺牲者形象。但是这并不因为她比同伴们更成熟。比起「圣人」，圆更接近于一种理想化的「无瑕人」，是本作所歌颂的少女精神的最高境界的代表人物。（监督虚渊玄谈）
魔法少女在其他时间轴中许下了许多不同的愿望，但是这些愿望的内容皆是为了别人的幸福所许下的，从来没有将自己的利益作为第一位考虑过。根据广播剧《MemoriesofYou》的演出内容，在第一个时间轴中之所以选择成为魔法少女是因为要让被车撞死的黑猫艾米复活才订下契约。
其他时间轴中所许下的愿望，还包括希望家里所有人感到幸福、帮助苦战中的焰击败魔女之夜、让沙耶香变回普通人等要求。受到愿望影响，鹿目圆在各个时间轴中拥有不同的魔法能力，除了弓箭魔法，还包括身体魔力上升、治疗伤势、甚至是消除部分灵魂宝石污染等魔法。
救济魔女
鹿目圆的灵魂宝石破裂后变身而成。魔法质量超过物质界，因此是魔女中最强大的一位。虽然为救济魔女，但破坏力十分强大，可轻易毁灭地球。想要打败她的话，需要消除这个世界上的一切绝望，这样会让她误以为身在天堂。
圆环之理
鹿目圆成神后，最强的魔力来源，拥有着能够改变宇宙秩序的超强魔力，可干涉所有宇宙以及所有时间线。