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1999年，15岁的尹恩惠被选入女子偶像组合Babyvox，并以组合第三张专辑《comecomecome》正式出道。
2004年，尹恩惠成为SBS节目《X-MAN》的固定嘉宾。
2005年，完成处女作电影《圣诞出逃记》。
2006年，与朱智勋等主演根据同名漫画改编的水木剧《宫》获MBC大赏“最佳新人演员奖”，还首次挑战乡村清新爱情题材KBS的《葡萄园的那小伙儿》，凭借该剧获得“韩国2006格莱美奖最佳女主角”。
2007年，与孔刘等主演的爱情剧《咖啡王子1号店》，并于次年4月24日，凭该剧获得第44届韩国百想艺术大赏电视最佳女演员。
2009年，她主演的韩国KBS电视台水木连续剧《拜托小姐》开播，尹尚贤、尹恩惠、金素妍凭该剧获得2009年度KBS演技大奖人气奖，和尹尚贤的搭档也让二人摘下最佳荧幕情侣。
2010年，尹恩惠客串韩国电视剧《个人取向》，与李民浩旧情难忘。同年6月成为由香港电影《甜蜜蜜》改编的电视剧《lovesong》的女主角，但由于同年6月底男主角突然离世，导致制作无限期中断；同年8月与Babyvox的4个姐姐在《金正恩的巧克力》节目中重新登台表演当年的组合名曲。
2011年，尹恩惠以《我的黑色小礼服》再次挑战大荧幕，演绎了韩国二十几岁时尚女性之间的友谊、爱情和生活；同年5月与姜志焕主演韩国SBS电视台电视剧《对我说谎试试》。
2012年，尹恩惠就读于韩国中央大学高科技影像研究生院影像学系；同年9月她以导演身份带着导演处女作《织》入围釜山国际电影节韩国短篇竞赛单元，并受邀担任第十届“亚洲国际短篇电影节”短片形象奖竞赛单元特别评审委员；同年11月凭借与朴有天主演2012MBCTV水木剧《想你》获得2012年度韩国MBC演技大赏中“最佳人气女演员”和“韩流明星奖”。
2013年，出演韩国KBS电视台月火剧《未来的选择》，在剧中尹恩惠多变的造型受到观众的喜爱；同年，获得韩流十周年大赏电视剧女子部门大赏。
2014年，尹恩惠时隔三年重返大荧幕，友情价无片酬出演《许三观卖血记》，原作中“林芬芳”这一角色；同年9月，个人经纪公司THEHOUSECOMPANY正式更名为JarmyEntertainment；同年10月，首届“中韩青年梦享微电影展”在北京拉开帷幕，韩国女星尹恩惠是此次电影展的韩方形象大使；同年11月，尹恩惠做出了首次执导MV的挑战，参与了新人乐队Dear.me的主打歌《一步一步》和收录歌曲《Dear.me》的MV制作；尹恩惠出演中韩合拍电影《思念爱》女一号“恩红”。
2015年，根据余华同名小说《许三观卖血记》改编电影韩国上映，饰演100公斤的农村姑娘；4月下旬，加盟由东方卫视打造的综艺节目《女神的新衣》第二季。8月，首次成为冠军女神。
2016年，加盟中国版《王子咖啡店》。
2020年，与孔刘、李善均、蔡贞安、金东旭、金财昱等主演MBC青春纪录片《咖啡王子1号店》。
王子咖啡店2016导演姜信孝、金亨植主演徐璐
未来的选择2013-10-14饰演罗未来导演权溪泓主演李东健、郑容和
想你2012-11-07饰演李秀妍导演李才东主演朴有天、俞承豪
对我说谎试试2011-05-09饰演孔雅贞导演金秀龙主演姜志奂、洪秀贤、赵允熙
个人取向2010-03-31饰演尹恩秀(客串)导演孙亨锡主演李敏镐、孙艺珍、金基石
拜托小姐2009-08-19饰演江惠娜导演奉顺英主演尹尚贤、丁一宇、文彩媛
咖啡王子一号店2007-07-02饰演高恩灿导演李润静主演孔侑、李善均、蔡贞安
葡萄园的那小伙儿2006-07-24饰演李智贤导演朴万英主演吴满锡、金基石、姜恩菲
宫2006-01-11饰演申彩静导演黄仁雷主演朱智勋、金正勋、宋智孝
许三观卖血记2015-01-15饰演林芬芳导演何正宇主演河智苑、河正宇
爱后爱2015饰演银红导演于一善主演朴施厚
我的黑色小礼服2011-03-24饰演李余敏导演许仁茂主演朴寒星、车艺莲、刘仁娜
圣诞出逃记2006-03-30饰演韩敏珠导演权南基主演安在模、郑俊河、玄英
紧急措施19号2002导演Tae-gyuKim主演河莉秀
샐러드기념일(沙拉纪念日)2008-09-04
RideWest2004-04-16
Devotion2003-04-03
SpecialAlbum2002-04-24
BoyishStory2001-06-04
Why2000-05-16
ComeComeComeBaby1999-08-01
爱你2008Feat.MightyMouth
SaladSong(沙拉纪念日)2008Feat.李东健(三星冰箱广告曲)
Asak2009三星zipel冰箱广告曲
DashGirl2009《拜托小姐》OST
Romance(罗曼史)2009Feat.尹尚贤(《拜托小姐》OST)
TikTok2010Feat.2PM组合
Outro2010收录歌手DOU专辑《knowme》
我的黑色小礼服2011Feat.朴寒星、刘仁娜、车艺莲(《我的黑色小礼服》OST
LoveisBlind2011《我的黑色小礼服》OST
1999第10届首尔歌谣大奖最佳歌手奖（获奖）
2013日本韩流十周年大赏女演员部门第一名（获奖）
2012-12-31KBS演技大奖人气奖《想你》（获奖）
2012-12-31KBS演技大奖韩流STAR赏《想你》（获奖）
2012美国"The2012DramaFeverAward"最佳女演员大奖《想你》（获奖）
2009-12-31KBS演技大奖人气奖尹尚贤、尹恩惠、金素妍《拜托小姐》（获奖）
2009-12-31KBS演技大奖最佳荧幕情侣尹尚贤、尹恩惠《拜托小姐》（获奖）
2008-04-24第44届百想艺术大赏电视最佳女演员《咖啡王子一号店》（获奖）
2007-12-30MBC演技大赏最佳女演员《咖啡王子一号店》（获奖）
2006-12-31KBS演技大赏新人演技赏（女）《葡萄园的那男子》（获奖）
2006-12-31KBS演技大赏最佳银幕情侣赏《葡萄园的那男子》（获奖）
2006-12-30MBC演技大赏新人赏女演员《宫》（获奖）
2009韩国国际珠宝展最佳珠宝小姐（获奖）
尹恩惠每部戏的角色都带给人新的惊喜，从率真的皇太妃，到坚强的假小子；从可爱少女，到时尚熟女。她完美地诠释了这几个截然不同的角色，表现出不凡的演技（人民网评）。被誉为“女神”的她在《未来的选择》里带动了一股蛋卷头的时尚潮流；在《想你》的演绎被认为“难以相信是首次挑战正统剧”（银河演员表网评）。
“离别之后，将会遗留下很多不同的行为以及物品，该片通过“织”这一行为，完美展现出离别后并不只有悲伤，还会有美好的回忆之情”（釜山国际电影节对影片《织》（TheKnitting）评价）。作为潮流风向标的她，可谓是实实在在的时尚界宠儿，跟出道时的邻家小妹形象大相径庭，即使尹恩惠当年有“少女壮士”之称（金羊网评）。
