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初入新闻行业的段功伟担任了多年的卫生条线记者，其中，1999年6月3日《南方日报》头版刊发的长篇通讯《为了一个受伤弟兄》就是出自段功伟之手。
2002年，段功伟被当时的南方日报报业集团提拔为教科卫工作室主任，成为当时南方日报报业集团最年轻的部门主任。
2003年2月19日，段功伟在《南方日报》上发表了报道《非典型肺炎病原是衣原体？》，该作品在2004年第十四届中国新闻奖的评选中，获得了消息类一等奖。
2008年，段功伟出任南方日报社时政新闻中心（现时政新闻部）主任。其间，段功伟积极推动《南方日报》时政新闻栏目改革，提出要推进时政报道、时政部门、时政记者的“三时转型”。
历任南方报业传媒集团管委会委员、编委会委员，南方日报社社委兼时政新闻部主任。
2016年7月，南方报业传媒集团管委会委员、编委会委员，南方日报社社委兼时政新闻部主任，南方周末总编辑。
段功伟同志1996年大学毕业进入南方日报工作，现任编委兼时政新闻部主任。从业16年，获中国新闻奖4次（一等奖1次、三等奖3次）、广东新闻奖12次（其中一等奖6次）。他所在的部门曾获全国五一劳动奖状。
一、坚持真理，首报非典病原不是衣原体
2013年是中国抗击非典10周年。在2003年抗击非典伟大斗争中，段功伟不惧危险，深入一线，采写了大量优秀作品，为抗击非典作出了突出贡献，被广东省委、省政府记二等功（这是给非医务人员的最高奖），被中宣部、全国记协评为“优秀记者”，受到李长春、刘云山等中央领导同志亲切接见，并作为地方媒体记者的唯一代表在人民大会堂作事迹报告，随后赴部分省市巡回演讲。
当初非典袭来，很多人包括医务人员成批倒下，发病原因却一无所知。人们都在焦急等待“揪”出元凶。经过一段时间努力，国家CDC（疾病预防控制中心）宣布找到病原，是衣原体。正当很多记者准备按此结论进行报道时，段功伟陷入了思考。
二、敬业乐业，不断追求业务的创新超越
在新形势下，党报如何创新发展是重大课题。南方日报近10年来坚持“高度决定影响力”，积极探索党报改革之路。段功伟带领同事全力推进时政报道、时政记者、时政部门的“三时转型”，勇当南方日报党报改革的急先锋、主力军。
他努力改进新闻表达与题材选择，用新闻的手段优化工作报道、主题宣传，不断增强围绕中心、服务大局的实效。同时，按“大时政”的理念，经营全景式、“讲故事”、高端权威的精品佳作，将时政报道推入一片开阔“蓝海”。他主推专栏《时政南方眼》作为探索“试验田”，获广东新闻奖一等奖；出版专著《经略蓝海：一位时政记者的职业行思》，系统归纳探索成果，颇受好评。
三、积极参加志愿工作
多年来，他对中国特别是广东的青年志愿者事业，倾注无限热情，以大量令人难忘的报道，积极参与推进志愿者事业。在我省“科技大军进山”热潮中，2000年他专赴广西国家级贫困县马山，采访我省“扶贫接力”青年志愿者李兆林。作品《扶贫接力到马山》将李兆林获两项国家科技奖后一心回报国家，把知识精力奉献给广西山区的事迹传遍全国。在我省青年志愿者修青年志愿者路壮举中，他的报道《以3.5万青年志愿者的名义——写在我省16条青年志愿者路全线贯通之际》，至今还被当年参与修路的志愿者所记忆与诵读。
“健康直通车”——广东青年卫生医药志愿者扶贫接力行动启动后，他成为“健康直通车”的得力鼓手和干将。为了摸清农村困难群众缺医少药的现状，他不辞劳苦，先后五上连南瑶族自治县，走遍村村寨寨，写出万字调查报告。他还与同事编出两本《乡村诊所》丛书，向全省农村免费发放。他始终关注“健康直通车”，在为阳山县斜塘村村民们易址兴建新村中，他各方奔走呼吁，筹款40多万元。村民们满怀感激地给省委、省政府写感谢信。时任广东省委书记的李长春同志在感谢信上批示：全社会都要关心困难群众。在帮助博罗山区特困急重病者叶红妹治病中，他奔走在一线，争取到社会各界捐款11万多元。叶红妹治好病后，百感交集，将看病剩下的6.6万元全部转捐给那些像她一样急需帮助的人。这笔钱后来救助了多名没钱治病的困难群众。
段功伟曾获中国新闻奖5次、广东新闻奖16次，2012年，获中国新闻界最高奖——第十二届长江韬奋奖（长江系列）。广东省第七届十大杰出青年。
