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该自然村前有数眼泉水（暗河）涌出，汇成"菜园河"，沿村西蜿蜒北流。多处新石器时代晚期的原始文化遗址，就分布在现代自然村周围的山、峁、梁、塬上。
菜园村遗址，1987年至1988年底，中国历史博物馆考古部与之合作，在宁夏海原县菜园村周边地区，做了大量的考古调查和发掘工作，共发掘（或试掘）出马樱子梁、石沟、林子梁三处遗址；切刀把、二岭子湾、寨子梁、瓦罐嘴、林子梁西坡五处墓葬。发掘总面积为6921余平方米，清理房址15座，窖穴灰坑65个，灰沟1条，窑址1座，墓葬138座，出土各类完整或可辨古文化遗物约5000余件。
马樱子梁为菜园村西侧之屏障，其遗址位于梁顶及北的北坡，自然破坏较严重。此次发掘面积为375平方米，清理灰沟1条，窖穴灰坑7个（其中有两处灰坑可能是废弃的房址遗迹），出土各类器物17件，陶片2464块。
马樱子梁遗址共出土石器10件，有斧、刀、镞、楔、球、砺石、纺轮和石叶等；骨器3件，有针、笄、镞等，均为磨制；陶片2000余块，包含各类器形215件，有敞口碗、敛口钵、单把钵、敞口盆、卷沿曲腹侈口罐等。其中，有夹沙陶和泥质陶，泥质陶又包括素面陶和彩陶两种，且泥质陶多于夹砂陶，彩陶多于素面陶。夹沙陶共868块，占总数的35.64%，颜色以灰褐为主，纹饰则以绳纹和附加堆纹为常见，此外还有少量的线纹、戳印纹和篮纹。泥质陶共1596块，占总数的64.38%，其中素面陶657块，彩陶939块，各占总数的26.24%和38.12%。泥质陶以橙黄色为主，陶色多均匀，厚薄如一，或素或彩，少量饰以附加堆纹。彩陶多为橙黄陶或橙红陶，外表磨光，绘以黑彩，少数绘彩前涂以白底，彩绘多饰于陶器的颈、肩、股部，个别大口浅腹器物还装饰有内彩。彩陶纹饰有几何形和写实纹样，常见的构图多以条带为框架，间以其他单体组合的小花样，如：水波纹、雁阵纹、蝌蚪纹等；方块纹、网格纹等；工字纹、双菱纹、之字纹也颇有特色。各种陶器皆为手制，器物习用泥条盘筑法，个别捏塑，且多为平底器，圜底器较少。
马樱子梁遗址文化性质与马家窑文化"石岭下"类型近似，应属马家窑文化的地方类型。
在宁夏南部山区、甘肃陇东纵横数百里的范围内，尽管有六盘山的阻隔，但是清水河、葫芦河、泾水等各个流域的先民们，仍然交流频繁、联系密切，共同创造了一个具有浓厚地域特色的原始文化。海原县菜园村遗址，就是这一文化的典型代表，其分布地域，即为"菜园遗存"分布的主要框架范围。
菜园遗存分布在菜园村左近，包括林子梁、石沟、切刀把遗址；切刀把、瓦罐嘴、寨子梁、二岭子湾、林子梁西坡墓葬群。时间上与半山文化大致并行，文化底蕴深厚，特征明显，有着自身的发展体系，是一处新发现的典型的新石器时代晚期遗存。为区别于其它文化，暂称之为菜园遗存。
菜园遗址的墓葬群共包括切刀把、瓦罐嘴、寨子梁、二岭子湾、林子梁西坡墓葬群五处。
菜园遗存的墓地，作为墓穴的形态模式，多采用椭圆形和凸字形竖穴土坑的基本形制，这些形制在各墓地的埋葬形态上，只是局部略有不同，墓葬面积一般在2-4平方米之间。切刀把墓地的墓葬形制有土坑竖穴和竖穴侧龛墓两种；瓦罐嘴墓地则多为洞室墓，并且，其墓地中盛行的锯齿唇和捏塑堆纹，只在切刀把墓地中出现了两例，高圈足豆和拍印方格纹；切刀把墓地中少量的绳纹舟形匜，扁颈彩陶壶也不为瓦罐嘴墓地所见；尤其未见作为切刀把墓地晚期墓葬标形器的长颈单大耳罐。如瓦罐嘴M34墓穴，属二人合葬墓，墓主无论成年、幼年，其掌骨、趾骨和颅骨均不知去向，成人下颈则置于远离柱椎的双耳罐上，相当头颅的部位改放一块天然砾石，似是以石代首，其余骨骼保存齐整，这被称为断肢葬，也可称之为割体葬仪，是一种颇有地方特色的葬俗，切刀把墓地中也屡次发现类似情况。另外，瓦罐嘴M34墓穴，有将一件陶器（杯）摔成两半，分别埋在不同深度、不同位置的填土内的现象，这表明在葬礼上有"摔罐的习俗"。墓地中用装饰品随葬的WM5,是一位成年女性，颈下放置骨珠一组（共1064颗），放置陶器25件，居全墓地第二，在一定程度上，这显示出厚葬妇性的残留倾向。
对于随葬品器物的组合，以切刀把和瓦罐嘴两座墓地为例。切刀把墓地分为两组，甲组以小口罐、单耳罐、小口瓮、大口瓮、单耳壶等为主要构成要素；乙组则主要以小口罐、单耳罐、小口瓮、大口瓮、单耳壶等组成。瓦罐嘴墓地较完整的组合是由炊器、盛贮器、水器、食器四类组成，如小口罐、单耳罐、小口高颈瓮、大口瓮、双耳壶等；不完整者多是大体积的盛贮器，并有缺失；而墓地中具有代表性的器物有小口罐、单耳罐、双耳罐、双耳壶和再生器物；独特的还有豆、甑、器盖和半罐形匜，但数量较少。
在其他墓葬群中，寨子梁墓地有较完好的侧龛和洞室保存下来，同时还发掘了横穴洞室墓和洞室侧龛墓两种墓葬形制，大大丰富了菜园村附近文化遗存的内涵。而且，寨子梁墓葬群的九座墓地无一例外的使用"二次葬"，并采用迁入或迁出的形式。二岭子湾墓葬群保存下来的三座墓地，表明竖穴土坑墓是菜园村各墓葬群中使用普遍的形制，竖穴侧龛墓也比较多见，且常与竖穴土坑墓混杂使用，可见，这两种形制的绝对年代是比较接近的。
以上墓葬，大都以单人葬为主，合葬很少。除寨子梁墓地外，多采用曲膝式侧身屈肢葬；而蹲距式见于切刀把、瓦罐嘴、二岭子湾墓地；跪距式则见于林子梁（西坡）、瓦罐嘴、切刀把墓地；仰身和俯身者只见于切刀把、瓦罐嘴墓地。
各墓地的文化内涵有着共性与差异并存的特点，这表明它们在文化属性上是基本一致的，应属大的群落下的不同支系，而各自又相对独立。各墓葬群散落有序地分布在林子梁居住址的周围，但相对年代略早于林子梁居住址，大抵与半山文化的年代相当，与墓地时间相对应的居址还尚未找到。
菜园遗存的居住址以林子梁遗址为代表。
林子梁遗址坐落在山腰上，距当地村民的居住地，垂直度达80米，属坡相遗存。有着内涵丰富的文化遗存，文化堆积厚度可达6.5米，前后延续时间约800年，文化内涵经历了四个大的发展阶段，分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ四个阶段，其中Ⅱ期又经历了两个小的发展阶段。
林子梁遗址中的地层、遗迹间迭压打破关系清晰，且遗迹、遗物较多，特征明显，从而形成了现有的延续性和继承性、阶段性和差异性的早晚四期文化体系。
林子梁遗址的房址分为窑洞式和半地穴式两种。
半地穴式房又包括封闭式与半开放式两种形式，面积都不足10平方米。前者（F6、F7、F10）一般是由地面向下挖出椭圆形或圆形地穴，轮廓线闭合，居住面在地下；后者（F4、F5）则利用自然断崖面或人工挖成的崖面作为房屋的部分墙壁，其余部分或筑熟土墙，或立木柱，与崖壁共同支撑屋顶，居住面大部分位于地面上。
窑洞式房址包括穹窿顶和拱形顶（洞拱顶）两种形式，面积多在10平方米以上，结构较完善，一般由居室、门道、场院三部分组成，且多在门道和居室间设隧道式门洞，以利于通风、排烟与采光，个别居室还内设套窑。其中，居室又由居住面、墙壁、房顶、及室内附加设施四部分构成。
此外，与窑洞内部建筑有关的附属设施还有木柱、圆桩和隔墙三种。
在房屋建筑形式方面，Ⅰ期Ⅰ段和Ⅱ期Ⅱ段主要以半地穴式房屋为主，直到Ⅱ期Ⅲ段以后，即消失不见，取而代之的是当时流行的穹窿顶与拱形顶建筑形式，穹窿顶窑洞式房屋从Ⅰ期Ⅰ段开始使用，但不占主导地位，到Ⅳ期Ⅴ段一直流行，形式统一，居住面积由小向大，又向小演变，这与当时的婚姻形态发生变化有关，为的是居住条件更符合小型家庭使用。而从Ⅱ期Ⅲ段出现的拱形顶式房屋，只延续到Ⅲ期Ⅳ段，就再也不见使用迹象，有可能人们还未意识到它的结构更符合建筑力学原理和使用等原因。总之，为延长建筑的使用时间和建筑经验的匮乏，先民们采取原始朴素的思维方式，将窑洞的体积变小，这也是可行的简单思想理念。
保存好、规模大的窑洞式房址是F13，由居室、套窑、门洞、门道四部分组成，居室平面呈圆形，面积为25平方米。在窑洞室内和门洞外均摆放着各种式样的陶器和生产工具，以及骨质权柄、骨卜等宗教器具，将F13号窑洞特殊的功能表露无疑。在窑洞周壁上遍布残留的因插放照明用具而留下的楔形火炬状红烧土痕迹50多处，证明距今4500-4800年前，人们就有了用"烛"的概念，从而使中国用灯的历史提早了两千多年。
窑洞式房屋是林子梁遗址有特色的遗迹，地理环境和埋藏条件，对复原窑洞结构、推测工程做法提供了实物依据。
林子梁遗址的灰坑（或窖穴），从I期I段到IV期V段，形状渐趋规整，不规则灰坑减少，袋状灰坑和桶状坑使用普遍。尤其是，在IV期V段出现了套坑（H34和H41），即在坑底再挖一坑。
林子梁遗址的陶窑为竖窑，窑室成圆桶形，直径不足70厘米，火煻也不大，对于较大的坯体一次只能放置一两件，且口部较大，不易密封。-各期陶器多是采用氧化焙烧而成，由于烧成温度偏低，导致氧化不充分，因此，陶色往往深浅不匀，不过，在II期III段已经发现颜色纯正的黑陶，说明窑内渗碳技术已为人们初步掌握；而IV期V段出现的少量灰陶，无疑是陶窑密封性能有所提高的缘故，可见，先民们已在一定程度上了解了还原烧成技术。但由于制作和焙烧陶器不易，陶器破裂后的修复则成为必然。
林子梁遗址中，出土有石器、骨器和陶器，约5000余件。
1．石器
石器从I期I段到IV期V段，均有发掘。打制或琢制的石器逐渐减少，其他种类不断增多，加工技术也有所提高。
石器的种类，I期I段主要有：石斧、石锛、石凿、磨石等，并多残留石拔或琢磨点；II期II段石器开始增多，出现石刀、石铲、石镞、刮削器、石核等；II期III段则增加到十六种以上，新出现石磨盘、石磨棒、砍砸器、尖状器、玉饰件等；III期IV段又出现石球等；而IV期V段则渐少，但逐期石器通体磨光的增加。
2．骨器
从I期I段到IV期V段，均有骨器出现，但加工技术并没有明显区别。
II期III段新出现骨匕、刻槽骨、鹿角器、漆器（璜）等；III期IV段出现骨铲；IV期V段又增加了骨环状饰件。
总体上，各期骨器比例都很小且单调。
3．陶器
林子梁遗址中出土了大量的陶器，从类型学的角度分析，不同阶段的器物组合在演变中脉络清晰，而从陶器的种类、纹饰、陶质上分析，作为生活用具的陶器在其演变规律上的宏观总体风格大体一致，各期出土的陶器既有连续发展的共同特性，又有自身在各阶段中的特点与标识。典型器物在时间的早晚上演变特征明显，脉络清晰有序。器物组合、器型、纹饰等演变轨迹，显而易见是由同一文化各期在不同阶段所表现出来的发展变化上的特性始然，其文化性质应和菜园各墓地一样，是一种新的考古学文化体系。
陶器中以小口罐多，单耳罐次之；夹砂红、褐陶为主，泥质陶次之；器表纹饰以篮纹为主，彩陶皆泥质红陶，磨光，无陶衣，一般饰黑彩，纹饰有宽带纹、平行条纹、弧线纹、竖、斜条纹等十数种，其中以网格纹，往往一件器物之上反映出几种不同图案。各期出土的器物种类多寡悬殊，均手制。
陶器的各种形制其演变轨迹大同小异，如小口罐在形制变化上表现的不很充分，共同特点均平底直径略大于口部，唇部以圆唇为主，各别呈尖圆唇或方圆唇，高领。所不同的是领部由束领向微束；领高向矮；颈肩交界明显向不明显；溜肩向微垂；腹部微瘦向鼓腹，园鼓腹；下腹微内弧向斜直收底演化。单耳罐共同点是以圆唇，高束领，小口，平底为主，不同处主要表现在肩、腹部，肩由垂肩向园肩，溜肩，广肩；上腹圆折扁鼓向微鼓，鼓腹；下腹由内曲收向外曲收变化。鋬耳罐不同点主要在下腹内曲收向外曲收发展，鋬耳安放位置由唇部向下（领上）过度。
器物造型比较统一，似有一定的规范，多数为平底器，少量圈（坦）底器，个别圜底器，假圈足器。器物上的附件以桥形带状耳广泛，有单，有双。有的安装在腹部，有的安装在颈部。穿耳，鼻耳和流也偶有出现。可辩器形有三十七种型或式别，以小口罐、单耳罐、单耳杯、瓮和壶在各期中使用比较普遍，而未经焙烧的陶罐坯体偶有发现。其中，I期I段器类较为贫乏，有小口罐、单耳罐、鋬耳罐、单耳杯、钵、碟、壶、大口瓮、小口瓮、双耳罐、盆、豆、碗、小杯、器盖、鼎、半罐形匜、彩陶罐、彩陶杯等二十种。
II期II段器类和数量开始增多，有小口罐、单耳罐、鋬耳罐、单耳杯、钵、碟、壶、大口瓮、小口瓮、双耳罐、盆、豆、碗、小杯、器盖、半罐形匜，新出现钵形匜、深腹罐、圈足器、甑、双耳彩陶罐、彩陶瓮等二十二种。本期不见罐形匜、彩陶罐、彩陶杯、鼎等。
II期III段器类有小口罐、单耳罐、鋬耳罐、单耳杯、钵、碟、壶、大口瓮、小口瓮、双耳罐、盆、豆、小杯、半罐形匜，彩陶罐、彩陶单耳杯、双耳彩陶罐、彩陶瓮，新出现盆形匜、矮领罐、鼻耳罐、单耳小罐、尊等。共计二十三种。本期不见或缺失深腹罐、圈足器、甑、彩陶杯、鼎碗、器盖、罐形匜等。
III期IV段器类有小口罐、单耳罐、鋬耳罐、单耳杯、钵、碟、壶、大口瓮、小口瓮、双耳罐、豆、器盖、半罐形匜，深腹罐、矮领罐、鼎、彩陶单耳杯、双耳彩陶罐，新出现斝和穿耳罐等共二十种。本期缺失或消失的器物有盆形匜、钵形匜、罐形匜、小杯、盆、彩陶罐、彩陶瓮，鼻耳罐、单耳小罐、尊、圈足器、甑、彩陶杯、碗等。