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1986—1992
第一阶段的内战，源于反对索马里总统穆罕默德·西亚德·巴雷高压政权的叛乱。于1991年巴雷总统被推翻后，发生了一场反革命，企图令他能够重新领导国家。
越来越多的暴力，令混乱的局面演变成为一场人道主义危机，而国家则处于无政府状态。在1991年，索马里兰共和国宣布独立，以图跟产生更多暴力战斗情况的南部地区有所隔绝。然而，索马里兰共和国并没获得国际社会的正式承认。它的疆土主要在索马里的西北部地区（介于吉布提共和国和索马里东北邦特兰地区之间的地域）。临时政府由索马里联合大会（USC）的阿里·马赫迪·穆罕默德暂时作为总统。然而同年11月，USC内部的支持暂时总统的一派与支持穆罕默德·法拉赫·艾迪德主席一派之间发生了内战。
1992—1995
联合国安理会根据第733号决议案和第746号决议案，组织第一期联索行动（UnitedNationsOperationinSomaliaI），首要任务是向索马里人民提供人道主义救济行动；并帮助已经解散掉索马里中央政府的索马里恢复社会秩序。安理会于1992年12月3日，一致通过第794号决议案（UnitedNationsSecurityCouncilResolution794），批准成立以美国为首的联合国索马里维和部队（UnifiedTaskForce）。其任务是确保人道主义援助物品能够实际分发到当地居民的手里，并且在索马里重建和平的社会。联合国索马里维和部队于1993年抵达索马里，并开始一项为期两年的工作，以减轻饥荒问题。
对美国的批评就指出“在亲美总统穆罕默德·西亚德·巴雷于1991年被推翻之前，几乎索马里全国三分之二土地的石油开采权都落在刚果石油公司（ConocoInc.）、阿莫可石油公司（Amoco）、雪佛龙油气公司（ChevronCorporation）及雪佛龙飞利浦联合化学公司（ChevronPhillips）等美国大石油公司的手里。”刚果石油公司在美国海军陆战队登陆之前，出借她在摩加迪沙公司的楼房给美国大使馆当临时行馆也有一些日子。而且最初美国乔治·赫伯特·沃克·布什总统政府团队（PresidencyofGeorgeW.Bush）的特使团也用这座楼房作为临时总部。很讽刺的来断言，美国人并不是为了人道理由前来帮助索马里，而是为了获得石油开采权才一脚踏进索马里来。索马里没有被证实有油藏，不过在脱离中央的邦特兰地区被认为可能有些油藏量。纵然今天，石油的探查结果仍然存有争议。索马里过渡联合政府（TFG）已经警告过投资者，除非国家情况回复到象以前一样的稳定，否则不要进行投资。
结果于1993年6月及10月之间，摩加迪沙地方军阀部队与联合国索马里维和部队之间爆发多场枪战，结果造成24名巴基斯坦士兵与19名美国士兵死亡（全部美国士兵阵亡31名）。大多数维和部队及美国部队士兵均阵亡于摩加迪沙之战，也有1,000名索马里地方军阀士兵死于这场战役。这场战役随后被写成小说及拍成电影《黑鹰坠落》。联合国索马里维和部队随后于1995年3月3日撤出索马里，不过也已经造成相当人员的伤亡。至今，索马里的国家情况还是漫无秩序、一团混乱、海盗横行。1996年8月，穆罕默德·法拉赫·艾迪德去世，其子侯赛因·穆罕默德·艾迪德接管了其武装势力。
1998—2006
在1998—2006年其间，索马里境内有不少地区发出独立宣言。不过这些地区，不像索马里兰宣告脱离索马里，他们只是想要自治。
在1998年，邦特兰宣布“临时”的独立，并表示它将会参加任何索马里的和解调停，组成新的中央政府。同年，南方的朱巴兰也宣告独立。
第三支自我宣告独立的组织是1999年成立的拉汉文抵抗军（RRA），此组织活动地区是延著邦特兰的边界沿线一带。这次RRA"短暂"的分离行动、于2002年再一次宣告。接着就有索马里西南国的独立出现。在1999年、RRA早就已经对索马里中央及南部地区拜州及巴科勒州进行行政上的独立自治。而朱巴兰（Jubaland）地区显示出被索马里西南国所围绕，也因此她的政治地位到目前为止还不明朗。
第四支自我宣告独立的组织、是2006年由贾穆杜格（Galmudug）针对联合伊斯兰法庭（ICU）的武装力量的增强所发布的。索马里兰也被许多索马里人视为一个自治政府实体，纵然这些索马里兰人背离索马里人走向另一条宣布完全独立的道路。
而在1998到2006年这段期间，也出现不同的军事调停行动会议、目的是为针对各方武力消长所推出来的方案。这些调停行动会议比如：泛部族间的过渡国家政府、及索马里和解与恢复委员会（SRRC）等，这些调停组织最终也打下了在2004年11月所建立的索马里过渡联合政府的基础。然而、在这段期间军阀及部族间的暴乱冲突仍然持续著，而这时所谓国家政府军事力量的控制能力也是稍微可以及于索马里的各地区。
2006—2009
于2004年，索马里过渡联合政府建立于肯尼亚内罗毕，暂定阿卜杜拉希·优素福·艾哈迈德为临时总统，2005年1月正式成立，此后根据地移至索马里的拜多亚。
同时在2006年的初期，出现一支名为恢复和平与反恐联盟（ARPCT）的组织，它是由非宗教性的且以摩加迪沙为基地的军阀所组成的武装团体。ARPCT组织反对以沙里亚法规为导向的联合伊斯兰法庭的揭起，其时ICU已经在快速的强化武装力量当中。在ARPCT方面，得到来自美国CIA的金援。也因如此、整个地区情势的发展严峻起来，进一步地导致首都地区的冲突不断提升。
埃塞俄比亚介入
至2006年6月，ICU于摩加迪沙战役成功的夺取首都摩加迪沙，并将ARPCT逐出摩加迪沙。跟着成功的说服、或以武力强迫其他的军阀加入他们这一派。在他们打到邦特兰边界地区以及接收朱巴兰南区及中区之后，ICU的武力地盘逐渐扩大。
伊斯兰基本教义派的行动不断的增强武装力量，而且伊斯兰好战份子不断的领军扩大参与介于伊斯兰基本教义派与索马里其她派系间的军事冲突，其她派系包括索马里过渡联合政府、邦特兰以及贾穆杜格，后者的这些派系组成自治政府、其目的特别是要来抵抗伊斯兰基本教义派组织的武装攻击。如此严峻的情势、也导致埃塞俄比亚的介入，埃国的立场是支持非宗教性的索马里武装组织。ICU也声称获得埃塞俄比亚的对手厄立特里亚及外国伊斯兰圣战者（mujahideen）的支持、而对埃塞俄比亚进行圣战宣告，圣战主要还是针对埃塞俄比亚占领了索马里的盖多州、及在拜多亚周围地区布置军队的军事行动而发起。
联合伊斯兰法庭对埃塞俄比亚介入的战斗及溃败于2006年12月，ICU与TFG开展拜多亚战役。战斗延烧到索马里的穆杜格州地区的城镇班迪拉德里与希兰州地区的城镇贝兰德文等地方。ICU主要作战目的是用军事武力将埃塞俄比亚武装部队逐出索马里领土之外。然而，ICU在所有的主要战役均被击败，接着被迫撤出摩加迪沙。在12月27日乔哈尔战役中经过最后短暂的战斗之后，ICU的领导随后就退位.
紧接着吉利布战役在2006年12月31日开打，奇斯梅耀于是在2007年1月1日就落到TFG及埃塞俄比亚武装部队的手里。总理阿里·穆罕默德·盖地（AliMohammedGhedi）呼吁全国进行解除武装运动。
美国介入
于2007年1月，是自联合国在1990年代开始在索马里军事部署以来、美国官方开始第一次军事上介入调停行动，此次军事调停行动是借由美国空军AC-130空中炮艇对伊斯兰基本教义派所盘据的拉斯坎坡里地区进行空袭行动，其中部分的计划是要擒捉或是击杀这些基地组织的行动份子、这些行动份子大都潜伏在ICU武装组织当中。不确定的报告也指出，美国军事顾问自战争开打以来、就出现于埃塞俄比亚以及索马里过渡联合政府的武装部队里。美国海军也部署在近海地区以防止伊斯兰叛乱份子从海路逃窜，而且与肯尼亚交界地区亦被封锁、非经许可不得进出。
叛乱战斗
ICU武装组织的部队一从战场上溃败下来，这些残兵败将就转而开始进行游击战、持续的对抗埃塞俄比亚以及索马里过渡联合政府的武装部队。同时、随着对ICU战事的结束，原有的部族间冲突仍然持续不断的进行。
为了建立地区安全，一项提案名之为非洲联盟于索马里之军事行动任务（AMISOM）被授权派遣多达8,000名维安部队到索马里来。这次行动任务扩大非洲国家间的军事活动领域，也分担早期由政府间发展管理局（IGAD）下非洲之角国家间组织所筹划的军事行动任务。失去占领区后，ICU内部发生分裂，强硬派继续坚持武装斗争。进而成立了诸如伊斯兰党（HizbulIslam）、索马里青年党（HizbulShabaab，PRM）等组织。而这些与ICU有关联的伊斯兰基本教义派的组织团体也不断的筹划进行各种判乱、绑架等行动，均誓言推翻谢赫谢里夫·谢赫·艾哈迈德总统及欧马·阿布迪拉夏得·阿里·夏尔马克（OmarAbdirashidAliSharmarke）总理所带领的TFG政府，也坚决反对外国军队驻扎在索马里。
2009—
于2009年1月，埃塞俄比亚武装部队撤出索马里，留下风雨飘摇的索马里过渡联合政府、及结盟军阀、跟一支几千人组成的非洲联盟分遣队，由这些杂凑部队建立起一个民族国家。随着埃塞俄比亚武装部队的撤出战区，索马里南半部地区很快的就落入激进的伊斯兰基本教义派叛军如PRM、伊斯兰党等组织的手里。叛军迅速的在几个省份击溃TFG政府军及非洲联盟部队，在叛军控制下的地区就实行沙里亚法规。叛军攻击首都摩加迪沙，也夺得首都大部分地区不过还是没有推翻TFG政府，而TFG政府仍就控制着首都几平方公里的地区。
2010年3月12日索马里政府军在非洲联盟驻索马里特派团部队的火力支援下和反政府武装组织在首都摩加迪沙持续地进行战斗，自10日以来已造成约60人死亡。两百多名重武装的伊斯兰党分子于2010年5月2日清晨未发一枪一弹就长驱直入索马里海盗的主要根据地哈拉代雷镇，并占领警察局等战略要地。伊斯兰党领袖哈山·达伊尔·艾维斯（HassanDahirAweys）告诉英国广播公司，伊斯兰党要在当地实施严格的沙里亚法规来结束海盗行为。
