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1953年2月26日，林清玄出生于中国台湾高雄县一个世代务农的家庭。祖籍福建漳州，先祖于明朝末年移居台湾，到林清玄这一代是林家移居台湾的第十三代。
林清玄7岁开始背诵唐诗宋词，8岁，获得了全台湾儿童绘画赛优选，10岁就开始读小说，林清玄记得小时最喜欢的是《西游记》。
由于家贫，留在家乡没有发展空间，经济来源非常有限，林家兄姊都是在很年轻的时候就出外谋生。林清玄十四岁那年也离家到远方求学。
14岁至18岁，林清玄住在台南，在傍海的瀛海中学读高中，从学校跑到海边只要半个小时。
林清玄一边求学一边写作，以投稿赚取生活费。没钱生活时，常帮渔民出海捕鱼、种蚵，甚至帮人在码头搬货，在屠宰场杀猪。17岁时，正式在当时影响力颇大的报纸上发表《行游札记十帖》，连载十天的头条，一时轰动，得到三千元台币稿费。
1972年，林清玄考上世新大学电影系，到台北学习，受教于宋存寿、丁善玺、陈耀圻等导演，眼界大开；创办《电影学报》并任社长，创办《奔流》杂志任总编辑，创办《新闻人》周报担任总主笔。在大学期间，林清玄非常活跃，为了宣扬理念、募款，曾四处演讲，奠定了他善于演讲的基础。
20岁时，他出版了自己的第一本书《阳园已唱千千遍》，21岁出版第二本书《莲花开落》，22岁出版第三本书《稚乌啼》。从此，林清玄年年都有新作出版。
大学毕业后，林清玄服兵役两年，在军中接到三张高薪聘书，他选择了当时最能引领风潮的台湾《中国时报》任职，第一份工作是台湾《中国时报》（海外版）记者。从此，记者、主任、撰述、主笔、总编，共任职报社十年。
林清玄离开报社后，进入台湾中华电视台任企划部主管，主持电视台《生活笔记》节目，并主持中国广播公司（当时中国台湾最大的电台）的带状节目。
32岁遇见佛法，高规格入山修行，深入经藏。
35岁出山，四处参学，写成“身心安顿系列”，成为90年代最畅销的作品。
40岁完成“菩提系列”，畅销数百万册，是当代最具影响力的书之一。同时创作“现代佛典系列”，带动佛教文学，掀起学佛热潮。获颁杰出孝子奖。
2019年1月23日，林清玄过世，终年65岁。
1979年，林清玄与陈彩鸾结婚。林清玄应付台湾报纸激烈的竞争，生活忙碌，内心空虚，陈彩鸾却无法与他进行精神上的沟通。后林清玄选择辞职上山，隐居起来，两年后林才重入红尘。就在林清玄以为自己看破七情六欲的时候，他遇见了方淳珍。
在一个雨天之后林清玄提出了离婚的要求。和陈彩鸾离婚以后，林清玄很快和方淳珍办理了结婚手续。
1997年，林清玄和方淳珍结婚。
事实上，陈彩鸾却和方淳珍私交很好。平时她们会相约喝茶、聊天，方淳珍还会为林清玄和陈彩鸾已经长大的儿子买电影票，约女朋友。当事的三人，早已相逢一笑不谈过去。
林清玄的散文耐人寻味，立意往往可以由此及彼，由表及里。正如他曾说过文章要“向内探索，向外追寻”。他的散文创作通常起源于平常之物，在优化文字语言的同时，意蕴也会得到系统性展现，透露出生命的玄机，使读者在阅读的过程中产生怦然心动的感受。例如，在《黄昏菩提》一文中，“从有蚂蚁窝的菩提树荫走到阳光浪漫的黄昏，我深深地震动了，觉得在乡村生活的人是生命的自然，而在都市里生活的人更需要一些古典的心情、温柔的心情，一些经过污染还能沉静的智慧”，充分展现了作者由菩提联想到生命及心情的智慧。立意也从一个场景而幻化到另一个场景，使散文中有了十分玄妙的哲理体现。
由于受到佛教精神的影响，林清玄的散文往往充满了禅意，体现出一种宗教情怀中的道德观念，展现出佛学慈悲仁爱、普度众生的特点，散发出浓浓的平民情怀及平等意识。正是由于这种立意情怀，林清玄的散文多描绘社会底层人物，如小职员、流浪者等。《有风格的小偷》就讲述了林清玄无心写了一篇关于一个小偷被警察抓到以后，述说偷东西手法和风格的评论性报道，竟使一个小偷在二十年后走向了光明的故事。不仅如此，他在创作散文的过程中，还将“忍让”精神散布其中，通过作品创作体现出感恩及知足的生活状态，就这种状态而言，是与佛家的超脱境界相互融合的。《天下第一》就是通过一个年轻人学艺的故事告诉人们，一个人只有调和身心才是最重要的，而不是事事逞强，不服输，与人争高低。这些故事都意在引导人们用积极的态度去“入世”，同时以超脱的心态去“出世”，使读者在阅读过程中得到正面引导，并使内心情感得到升华。这些充满佛趣、哲理、真情的立意都来自于林清玄本人对生活的感知、探究、内化，最终外显在其作品中。人们在读他的《常想一二》一文时，就能感受到他在灾难面前从不怨天尤人，且不会进行猛烈抨击，而是坦然面对生活中所遇到的困难，通过不断的自我调节，战胜困难。正是由于林清玄这种勇于挑战苦难的生活态度，使其文章立意明确，体现出其个性化的创作特点。
林清玄散文的语言清新隽永，语言形式十分灵活，在艺术传达过程中具有非常浓厚的意境特点。由于林清玄从小受到父辈热衷宗教事务的影响，以及有文化、有学识母亲的关爱，母亲的言语和入释后的经历共同塑造了林清玄散文的语言特色。例如，在《家家有明月清风》中，其对人生幸福的来源进行了描述，“人生的幸福来自于自我心扉的突然洞开……是由于心中有一座无情的宝殿”，这段文字描述运用了比喻和想象的艺术形式，使幸福的文化内涵得到了充分展现。又如，在《姑婆叶的繁华》中，他认为意境并不是特别存在的内容，且生命中的繁华也没有特定的意义，是指人们带着心情去发现生活中的小秘密，其所描述的内容为“境界不是在什么特别的地方……都来自化平常为神奇之这种繁华吧”，通过这种典雅性的艺术描写，传达文章蕴含的心境、意境，充分展现散文的语言特点。
此外，林清玄的散文语言还以清新幽默的禅语助长。一般来说，幽默性的语言形式只有在活泼的环境下，才可以展现语言的风趣特点，而在林清玄笔下，语言在慢条斯理的述说中尽显风趣幽默，还带有禅语淡雅清香的特点。例如，《煮雪》有这样一段描述“传说在北极的人因为天寒地冻，一开口说话就结成冰雪……这其中还有很多意想不到的情趣。”从中可以充分感受到林清玄的语言就像清新的风，充满了感性和厚度，使作品的语言含蓄有力。通过这些灵动的文字和洞悉觉察的体悟，使作者的人生历程得到极值化体现，使文章语言达到了温馨、善美的效果。
林清玄1979年起连续7次获台湾《中国时报》文学奖、散文优秀奖和报导文学优等奖、台湾报纸副刊专栏金鼎奖等。其《和时间赛跑》被选为人民教育出版社课标版小学语文三年级下册第四单元第13课，也是北师大版四年级下期第十一单元第2课，《百合花开》还选入冀教版小学六年级下册第12课。并且他的散文集一年中重印超过20次。《桃花心木》被选入人教版小学语文六年级下册第3课。
林清玄30岁前得遍了台湾所有文学大奖：国家文艺奖、中山文艺奖、吴三连文艺奖、金鼎奖、时报文学奖、中华文学奖、中央时报文学奖、吴鲁芹散文奖、作协文学奖，曾于台湾获得世界华人文化新传奖、杰出孝子奖、世新大学十大杰出校友奖、成功杂志十大成功人物奖、宝岛十大才子奖……直到他不再参赛为止，被誉为得奖专业户。他连续十年被评为台湾十大畅销书作家。
林清玄的作品曾多次被中国台湾、中国大陆、中国香港及新加坡选入中小学华语教本，也多次被选入大学国文选，是国际华文世界被广泛阅读的作家，被誉为“当代散文八作家”之一。
“林清玄散文最大的特点是把自己的宗教体会和文学相融合，他结合自己的生活用优美的语言谈论佛教精神，继承了中国传统文人和佛教的亲密关系，创造了一种独特的佛教美学。这是非常了不起的。”（中国台湾作家张晓风评）
