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杨时少年时聪颖好学，善作诗文，被人称“神童”。幼时读佛学，少年攻读儒学。他八岁能赋诗，九岁能作赋。得到人们称赞。杨时少时在将乐含云寺读书。十五岁时，在邵武游学有名声。二十一岁，赴礼部考试。下第，补太学生。
归乡后，在含云寺读书讲学。并作有《札记解义》《此日不再得》，熙宁九年（1076年），杨时中进士。
中进士后，杨时被授予汀州司户参军。以病为由没有赴任，专心研究理学。
元丰四年（1081年），杨时任徐州司法。后专门投于洛阳学者程颢门下，研习理学，与游酢、伊熔、谢良佐成为程门四大弟子。程颢说：“杨时学起来最为轻松，一点就通。”当时程颢的弟弟程颐从涪陵讲学归来，听程颢提起程颐的故事，也十分称赞：“现在就如此自信，以后谁能够超过他呢？”杨时学成回归时，程颢目送他远去，曾感慨地说：“我的道学思想会向南发扬光大了吧！”元符年间，学者多从佛学，但杨时只衷心理学，所以程颢十分感叹：“现在做学问的人都泛泛空谈佛道，只有杨时和谢显道有长进！”两年后，杨时赴徐州上任；同年八月，他完成《庄子解》的著述。
元丰八年（1085年），杨时听说老师程颢去世。对于杨时来说，其思想刚刚转入道学，即突遭程颢逝世，可以说是一个不小的打击。于是杨时设灵位并于寝门大哭，作有哀辞。
元祐八年（1093年），杨时四十一岁时赴浏阳知县途中，专门绕道洛阳，投入伊川书院程颐门下。他对理学已有相当造诣；但是，他仍然谦虚谨慎，不骄不躁，勤奋好学。他与游酢“程门立雪”的故事成为尊师重道的佳话。程颐很为他们诚心求学的精神所感动，更加尽心尽力教授。杨时不负重望，终于学得程门理学的真谛。杨时学成后回到南方继续潜心研究和传播程氏理学。他为了弄清楚张载《西铭》里阐释的道理，专门写信向程颐请教。他在二程理学和朱熹之间起了承前启后的作用。
绍圣元年（1094年），杨时到浏阳任知县。任职四年，救饥荒，行仁政，深受百姓爱戴。同时在浏阳建有飞鷃亭、归鸿阁，自己作记。后来以飞鷃亭为主景的“飞鷃芳草”、以归鸿阁为主景的“鸿阁斜阳”都成为浏阳八景之一。他在浏阳还作有《浏阳五咏》（飞鷃亭、归鸿阁、相公台、洞阳、渭水）、《县斋书事寄张世贤》等诗作。浏阳偏居湘东，开化较晚，文化教育落后。据记载，杨时任知县时在浏阳城南讲学论道，传播理学，很多士子向他问学。嘉庆《浏阳县志·风俗志》序说：“浏俗故淳朴，有怀葛风。逮宋杨龟山令邑后，更彬然称儒雅乡焉。”
崇宁五年（1106年），杨时奉敕差充对读官，转授浙江余杭县知县。奸相蔡京借口“便民”，实际上是为其母筑坟圈地。杨时不畏权贵，坚决抵制其害民之举；并且揭露和批评蔡京专权、暴政虐民的罪行。
奸臣蔡京、童贯、朱勔、王黼等为了迎合宋徽宗，大肆搜刮民间奇珍异宝，建龙德宫。仅朱勐主持的苏杭应奉局，用来运送奇花异石的船只就多达2400多艘。朱勐之流还乘机敲诈勒索，大发横财。百姓怨声载道。杨时对他们的行径深恶痛绝。他在《余杭见闻》中，愤然写道：“现在全天下上至朝廷大臣，下至州县官吏，无不专事欺上瞒下，朝廷已经无可救药了”“大臣不但不尊从皇帝的命令，而有关部门也不履行职责，遵守纲纪。把王法放在哪里？”他批评朝廷：“现在天下的百姓为了逃避工役，都纷纷拿钱代替服役，而这些钱又通通全进了当权者的腰包。运往（汴京）西城的花石纲的危害尤为大，那些人都借此敛财。之前皇上试着罢免花石纲，诏书上的墨还没有干，而运送花石的船就已经首尾相接了。现在虽然再次颁布了之前的诏令，但是祸根不除，天下又有谁会真正相信呢？”
政和二年（1112年），杨时又赴萧山任县令。当时萧山县城周围农田易旱易涝，连年受灾。乡民曾多次要求将低田蓄水为湖，以灌农田，但都未实现。杨时本就主张“为政以德”，“爱人节用”，“节以制度，不伤财，不害民。”他还一再上疏恳请朝廷减轻农民赋税。杨时到任后，认真听取乡民的意见，率百姓筑湖。湖取名“湘湖”，成湖37000多亩，周围80余里，可以灌溉农田14万6千8百余亩；即使大旱之年仍然有过半农田可以得到灌溉；而且“湖中多产鱼鲜，又有莼菜，可炊以疗饥”。据《萧山县志》载：政和二年，杨时出任县令，办理各种政务，裁决如流。因为百姓数年苦于干旱，便开筑湘湖，灌溉九乡，至今民众都还享受着湘湖带来的好处。因此杨时享祀当地的名宦祠。
宣和六年（1124年），经张舜民推举，徽宗召杨时为秘书郎。杨时上书《与执政论时事札子》，建言十件大事。他写道：“如今士大夫不敢对天下大事畅所欲言，不过是为了明哲保身而已。但他们不曾想过，天下动荡不安，岂能保全自身？”他从“慎令、茶法、盐法、转般、籴买、坑冶、边事、盗贼、择将、军制”十个方面分析朝廷一些政策的弊端以及由此产生的负面影响，并且提出许多趋利避害的建议和措施。杨时提出不能只给流亡他乡之人免除赋税，还应对辛勤劳作的农民一视同仁，使他们也能得到实惠，从而信任朝廷，而不至于跟着抛弃土地，背井离乡，沦为盗贼，引起社会动荡。他主张放宽或废弃茶盐二法，以保证贸易自由，减轻百姓负担。他认为爱民就要民有常产，方可使天下百姓安居乐业，杨时建议朝廷恢复以前做法，拨出一笔经费作为籴本，即定购粮储备金，年初预支给农民购买生产资料和维持平时生计，秋收后农民按额交粮，结算时从中扣除原发的预订金。这样，国家既能按时收粮入库，农民也从中得到便利，乐于耕种土地，不至于逃亡。但因当时奸臣当道，杨时的建议未被采纳。
宣和六年（1124年）七月，杨时被任命为迩英殿说书；八月授国子监祭酒，赐祭器、谱牒、金盆花。
宣和七年十二月，杨时听闻金军南侵，连上两疏，提出“严为守备”、“收人心为先”等建言。杨时不惧强权，公然斥责童贯：“他为三路大帅，敌军已经打到了边境，丢下军队叛逃，即使诛及子孙都还死有余辜，而朝廷却对他的罪行置之不理。正是因为如此，梁方平、何灌都相继逃跑。皇上应当公正刑法来作为对不忠臣子的警告。”他斥责蔡京“用事二十余年蠹国害民，国家几乎将近崩溃，人人都为之不齿。”他还建议罢黜投降派张邦昌，诛杀童贯。
靖康元年（1126年），杨时先后任著作郎兼侍经筵、谏议大夫兼侍讲、国子监祭酒等职。时值金兵包围汴京，朝廷对战与和争论不休。杨时提出立统帅、示纪律、一号令、攘夷狄、排和议等7项主张。他坚决反对割地求和的投降卖国政策，力主抗金，希望朝廷重用李纲等抗金重臣。可是，靖康元年（1126年）九月，负责京都防务的主战派人物李纲却被罢官，激起开封军民的愤慨。陈东等太学生到宣德门前上书请愿。朝廷准备镇压民众。杨时挺身而出，为陈东等辩护说：“士民都拜伏于宫阙下，向皇上进奏，诟骂投降派，揭发他们不可告人的罪恶，是出于一时的义愤填膺，并不是有想要作乱的心思，不用深究其过错。而真正应当加罪的，是那些误国奸臣：李邦彦第一提出逃跑的计划，割地又赔款，为了议和，竟然拿亲王做人质；为了讨好金人，擅权罢免能臣李纲；李邺出使金国，唯金人马首是瞻；这两个人都是被天下人所抛弃的。”宋钦宗一意求和，依金人条件，割让太原、中山、河间三镇。杨时上书，认为“朝廷割三镇给金人，这是想帮助敌人从而来攻击我们自己。”不久，形势危急，杨时又上急奏：“河朔是朝廷重地，而三镇又是河朔重要的藩屏，自周世宗到太宗打了大大小小几百场战才把三镇从辽人手里夺回来，一旦丢弃，北方就只能任由敌人的骑兵奔驰了。”之后，他又上疏请求诛杀拥重兵坐视太原危急而不救的姚古，均未被采纳。
南宋建炎元年（1127年），杨时又上疏请除茶、盐二法，并且力陈对金国割地求和不可为。
建炎二年（1128年），朝廷任命杨时为工部侍郎。杨时力辞不受，后改为龙图阁直学士、提举杭州洞宵宫，赐对衣金带、紫金鱼袋。同年十一月，杨时回到镛州。
建炎四年（1130年），杨时以年事已高为由请求告老。高宗封他为朝请大夫，仍任龙图阁直学士，并赐他官绢200疋、白银300两，以养天年。杨时推辞说：“我只请求陛下给我的家乡福建施舍恩惠，不再有赋税和地租”。高宗准奏，从今以后福建省豁免租赋，以示优待。杨时回到家乡后，生活十分俭朴。吕聪在《问书册》中说：杨时自京城辞官还乡后，虽然吃的都是蔬食，却都觉得十分可口，也从来没有挑剔；既然住的都是破旧的房屋，但并没有对其他同僚的宅院感到羡慕而追求安逸。”
杨时为了教育儿孙“俭以养德”，特立下这样的家规：“三餐饭蔬，不论脆甘酸苦，只要是可以吃的，就不可有所嗜好；衣服鞋帽，不论布料精细，只要合身，就不许挑挑拣拣；所处房屋，尽管简陋，只要还能居住，就应安居乐业，不要羡慕别人雕梁画栋；故山田园，先祖遗留，应该守其世业，不可增营地产，侵犯他人利益。”他还赋诗勉励儿孙：“敝裘千里北风寒，还忆箪瓢陋巷安；位重金多非所慕，直缘三釜慰亲欢。”他还谆谆告诫后学者：“富贵如浮云，苟得非所臧。贫贱岂吾羞，逐物乃自戕。胼胝奏艰食，一瓢甘糟糠。所逢义适然，未殊行与藏。”（杨时《书含云寺学者》）他晚年在故里仍笔耕不辍，著书立说，先后写成《三经义辨》《日录辨》《字说辨》等书。
南宋绍兴五年（1135年），杨时辞世，终年83岁，葬于将乐水南乌石山麓。宋朝赐“左大中大夫”，又赠“太师”“大中大夫”等封号，谥“文靖”，并在将乐龟山麓建有“龟山书院”“道南祠”，宋高宗赵构为书院题名，清圣祖玄烨题匾：“程氏正宗”。
《礼记解义》《列子解》《庄子解》《史论》《周易解义》《三经义辩》《解字说》《二程粹言》《龟山集》
《父埴行述》《杨母朱氏墓志》《杨氏家谱序》《杨希旦文集序》
《与许高老》《答傅子騣》《与李提刑》
《杨道真君洞记》《资圣院记》《含云寺真祠遗像记》《求仁斋记》
《离家作二首》《席上别蔡安礼》《含云寺书事六绝句》《重经乌石铺》《游玉华洞》
杨时是宋朝很有建树的政治家。他历任州一级的司法、防御推官、教授、通判等职，任过浏阳、余杭、萧山等县令，任过朝廷的秘书郎、著作郎、国子监祭酒、左谏议大夫、工部侍郎、龙图阁直学士等职。
杨时任地方官时，所到之处“皆有惠政、民思不忘”，在浏阳任知县时（1094年），奏《上程漕书》《上提举议差役顾钱书》，向上反映灾情，使朝廷及时拨给赈灾粮款，将官仓三千石稻谷迅速赈济灾民，缓解了灾民的苦难。绍圣四年，《上州牧书》禀报浏阳受灾情况，请求拨粮钱赈灾和减免灾民赋庸调。在虔州任司法时（1098年），秉公办案，刚正不阿；在余杭任知县时（1106年），顶住奸相蔡京借口“便民”实为其母筑坟的害民之举，反映实情，赈济灾民；在萧山任知县时（1112年）修筑湘湖，兴修水利，蓄水灌田。
杨时在朝廷任职时，不结党营私，不党同伐异，而是不畏权势，据理直言，所言多卓有见识，所行不乏爱国之举。他以“弃军而归”“帅臣失败”为由，对贪生怕死的童贯“明正典刑”，他还上疏斥责奸相蔡京等人聚敛“花石纲”，以为此举有“误国之罪”，“其害尤甚”，要求朝廷废除之。并坚决反对割地求和的投降卖国政策，他积极抗拒“金”的侵略，维护国家统一，挽留抗金名将李纲，不乏爱国之举。他对内政外攘、德治法治、发展生产、正确处理生产关系等方面，都有适应当时历史条件的主张和业绩。他的主张和业绩，在当时历史条件下既巩固封建统治又体恤民情，在自己行政能力范围内，忠实履行自己的理学主张和职责。
但杨时反对王安石变法，上疏：“愿明诏有司，条具祖宗之法，著为纲目……”甚至认为奸相蔡京所作所为是“继神宗为名，实扶王安石以图身利”，“今日之祸，安石启之”，要求“追夺（安石）王爵，毁去配享之像”，这表现了杨时复古、保守的一面。
杨时一生精研理学，特别是他“倡道东南”，对闽中理学的兴起，建有筚路蓝缕之功，被后人尊为“闽学鼻祖”，他的著述颇多，主要的都收集在《杨龟山先生文集》中，他的哲学思想继承了二程的思想体系，被后人称之为“程氏正宗”。杨时还用佛教华严宗、《易经》的内容来阐述他的哲学思想，并用孔孟的《大学》《中庸》《孟子》中“格物致知”诚“形色”、“天性”等概念来丰富、扩充自己的思想。对“理一分殊”“明镜”等学说有新的创见，还在自然观上，吸收了张载“气”的唯物主义学说。他的哲学思想对后来的罗从彦、李侗、朱熹等人产生了深刻的影响，也对我国的古代哲学，特别是思辨哲学方面产生过深远的影响。他的哲学思想流传到国外，在南朝鲜、日本的影响很大。
杨时在理论和实践上为宋明理学的发展作出了贡献。他主张民本和谐思想。发展二程“理”的学说，认为“理”是宇宙万物之源，人性即理。又吸收张载“气”的思想，认为天地万物皆为一气。他对二程的“理一分殊”作了进一步阐述。创立了“致知必先格物”的“理一分殊”学说，使北宋理学更加系统化。杨时直接继承了洛学的“天理”本体论，同时将张载的“气”范畴也融入自己的思想体系之中，并以“理一分殊”的观点纠正张载“民胞物与”思想中的“兼爱”色彩。杨时曾先后受学于二程，所以，他的认识论明显存在着两种倾向，一方面强调“格物致知”这一向外求索的路向，另一方面，却更多采纳程颢的思维路向，将“格物致知”最后落实在“反身而诚”之上。
在杨时“反身而诚”的认识过程中，杨时主张从向外求的格物转为向内求的诚意，杨时的基本思路就是首先承认有物我之分，内外之分，其次主张通过格物致知以求理明善，但他又认为格物不能是为了多增见闻，而应该是为了蓄德，蓄德只需要反身而求，其关键在于心得与否。引发这种新的哲学分歧的原因则是杨时独特的认知观念。一是杨时对格物所要穷的“理”和二程有差别，杨时偏向于“性理”，忽视了自然界客观事物的“物理”，这也导致了杨时格物致知的过程不像程颐那样通过见闻之知来推明心中固有的德行之知，在他看来，人自身所固有的德行才是根本的。与孟子的“万物皆备于我，反身而诚，乐莫大焉”之说不约而同，他认为外界事物虽多，但因“万物皆备于我”，所以只需反身而诚。二是杨时的反身格物论是和他“体验未发”的思想联系在一起的。反身格物作为格物的手段和途径，它并不是真正认识客观世界的活动，更不是在社会实践基础上主观对客观的反映。相反的是，反身要求人们彻底摆脱客体即物质活动的影响，它和体验未发思想一样都是主观与客观的彻底分离。就是从这一点上，杨时反身格物与体验未发的为学之方都通向了内向的直觉体验。这也是杨时为学之方的最大特色。杨时的这一努力给理学日后向心学路向发展保存了思想资源。日后陆九渊、王阳明等心学大家，都对于杨时“反身而诚”的“格物致知”之说有所领悟并且加以进一步的阐发。
杨时理学思想的另一个特色是“中庸”。杨时“中庸”思想出入释道，以儒为宗，形成于宋代儒学重构的文化语境其“中庸”思想以至上而超越的天理为本体，认为，天命、性、天理为一而完备于物我，且为涵盖了一切儒家德目的“德性”之体即“诚”，成就“德性”之过程和行为之道就是“诚意”其“中庸”的“德性”存养以“诚意”为核心，在“体中”的实践中，贯养气、治心、“致知”的工夫，努力克服气之偏，人欲之私，心之不正，以恢复人的本然之性，向外‘格物穷理”、向内“反身而诚”而“致知”，以成就人的“德性”，其“德性”存养也是仁、义、忠、信等德目实践的过程其“德性”政治以“德性”存养为基础，“王”本于“诚意”，为政以“德”，讲仁、义、忠、信等的政治品格。其思想具鲜明的理学特征，是二程洛学到朱子闽学的中介和过渡。杨时中庸思想的核心是爱人，即施“仁政”。主要包括民贵、宽政、法治和愿治相结合等。民贵就是把人民重为社稷之根本，他指出：“夫民者邦之本也，一失其心，财本摇也”、“人君所当法者尧舜而己”、“盖天下之是非庙堂之心可以独运，合天下之智事则事无不济矣”（《杨龟山先生集》卷四）；民为邦者，统治者必须爱民，宽政是爱民的主要内容，“宽者得众”（《杨龟山先生集》卷十二），杨时主张：爱人节用、取用适时、安抚农民、使民有家产，目的是为了休养生息，使民安居乐业；杨时还是中国历史上提出法治与愿治相结合较早的人。他提出一套立法、执法、变法的主张。“愿治”就是要辩忠邪，举贤才，“当以礼义廉耻之俗为急”。“中庸待人”（《杨龟山先生集》卷十四）是愿治的核心。
诗歌
杨时七岁能诗，八岁能赋，一生作诗近千首，留给后世有247首，代表了他对美学的追求。其诗风可以从“高文大笔”和平淡纯真来概括。杨时以“诗三百篇”为榜样，“正乎礼义”“所思无邪”。他认为作品要表现理学的道德主张和高尚品格，而不是炫耀博学、玩弄辞赋的工具。“在心为志，发言为诗，情动于中，而形于言”。从而起到“高山仰止、景行行止”的社会功能。他写《过钱塘江迎潮》，诗中化用庄子《逍遥游》、枚乘《七发》和李白《蜀道难》等作品中的意象和语言，来描写钱塘大潮到来时的白浪滔天、涛声如雷，像鲲鹏击水，如万马奔腾的壮观景象和惊心动魄感受，然后又告诫人们“人生触处有万险，岂必此地多风涛”，得出“愿言夷险不须问，莫负对酒持霜螯”的人生哲理。他写《岩松》，道尽老松的气势气格“婆娑千尺”“虬姿”“孤根”“直干凌霜”，最后揭示“臃肿不须逢匠伯，散材终得尽天年”的道理。他的抗金主张、乐道精神、劝学教学、怀乡情结，纷纷入诗，都显示了宋诗雄健高大的风格。理学家们的诗歌在宋时形成了自己的诗派，但他们很多“言理不言情”，议论为诗。这显然违反文学艺术的规律。
杨时诗歌的第二个特点就是平淡纯真，颇有陶渊明之风。他写延平的《藏春峡》，“山衔幽径碧如环，一壑风烟自往还。不似武陵流水出，残红那得到人间。”贴切、自然、诗意盎然。他是第一位用拟人化手法描写武夷玉女峰之人。他的七绝用功颇深，既有宋人精工简练之美，又有唐人含蓄蕴藉之妙。他写《春早》，“雨余残日照窗明，风弄行云点点轻。坐对庭阴人閴寂，时闻蛛网挂虫声。”平静恬淡的心境，用小巧细碎的意象来表现，读来仿佛有王维“雨中山果落，灯下群虫鸣”的意境。杨时刻意追求洗尽铅华、温柔敦厚的平实风格，还事物于天生丽质，还人情感于本真，真正进入仁者大美的境界。
《宋史》：时在东郡，所交皆天下士，先达陈瓘、邹浩皆以师礼事时。暨渡江，东南学者推时为程氏正宗。与胡安国往来讲论尤多。时浮沉州县四十有七年，晚居谏省，仅九十日，凡所论列皆切于世道，而其大者，则辟王氏经学，排靖康和议，使邪说不作。凡绍兴初崇尚元祐学术，而朱熹、张栻之学得程氏之正，其源委脉络皆出于时。
朱熹：孔颜道脉，程子箴规，先生之德，百世所师。
宋高宗：杨时言正而行端，德闳而学粹。趋跄礼法之场，超卓传注之表。群经独得其趣，诸子莫遁其情。网罗百家，驰骋千古。辨邪说以正人心，推圣学以明大义。面陈疏议足以扶国本于当时；注释经义足以开来学于后世。顾功德之兼全，宜旌隆之特异。