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甘肃中医药大学附属医院的前身是1978年建立的甘肃中医学院畅家巷门诊部，1991年由省委、省政府投资建设的2万平方米医院住院部大楼正式投入使用。2014年3月由国家和医院共同投资建设的2万平方米的新门诊外科综合大楼投入使用。新门诊外科大楼的使用，极大的改善了患者就诊环境与条件。
医院目前是一所中医特色浓厚，临床科室齐全，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复和急救为一体的三级甲等中医医院。主要承担甘肃中医大学的临床教学任务，为社会民众提供中医诊疗服务，并开展中医药相关科学研究。
医院业务量保持着持续增长。周门诊量超过1万人次，周出院病人1千余人次。医院多个中医药专科优势明显，以针灸、骨伤为代表的中医药特色治疗，心血管、脾胃病及儿科的中西医结合治疗已形成明显专业优势；甘肃省针灸推拿临床医学中心、甘肃省中西医结合心血管临床医学中心的建立，大大提高了医院的综合诊治水平。医院始终坚持“以病人为中心”的服务理念，始终把“患者需求至上”的照护体系融入服务的每一个细节，并通过提升服务品质、降低平均住院日、严格控制抗生素和药品比例，为患者提供最优质、安全、高效的医疗服务。
医院建成有10万级的符合国家GPP标准的制剂室，拥有中医药特色明显和疗效显著的中药院内制剂50多种；中医骨伤非手术疗法、中药疗法、针灸、推拿、蜡疗、理疗、熏蒸、刮痧、拔罐等独具中医特色的非药物疗法备受患者青睐。医院每年开展的“冬病夏治”穴位贴敷等中医特色疗法受到患者欢迎。
医院十分重视传承中医文化和中医思想，建成9个全国名老中医传承工作室。汇集国家名老中医和甘肃省名中医40余人，成立了甘肃省名中医工作站，坚持以中医为主，中西医结合的诊治思路，中医药特色得到充分发挥，医院医疗水平不断提升。近年来，医院在全国的同级同类医院中，门诊治疗费用、人均住院费用一直保持在较低水平。
自1991年建院以来，在甘肃省委、省政府、甘肃中医药大学以及甘肃省卫生健康委各级领导的悉心指导和帮助下，医院各项工作有了快速发展。2013年通过国家中医药管理局三甲复评，2010年、2012年被评为全国医药卫生系统先进集体，2014年被确定为甘肃省精神文明单位。
医院十分重视传承中医文化和中医思想，建成9个全国名老中医传承工作室。汇集国家名老中医和甘肃省名中医40余人，成立了甘肃省名中医工作站，坚持以中医为主，中西医结合的诊治思路，中医药特色得到充分发挥，医院医疗水平不断提升。近年来，医院在全国的同级同类医院中，门诊治疗费用、人均住院费用一直保持在较低水平。
医院拥有政府特殊津贴专家2人、突出贡献专家1人、甘肃省优秀专家2人、甘肃省“领军人才”3人、卫生系统领军人才9人，3人入选甘肃省“555”、“333”人才库。近5年医院在科研方面发展迅速，获国家自然科学基金项目10项、吴阶平医学基金项目6项，国家、省、市级科研项目共100多项。
医院现有国家卫生计委重点专科（针灸、心血管）2个，国家中医药管理局重点专科（中医儿科、中医骨伤、针灸与心血管）4个，有省级重点专科（儿科、针灸、骨伤、精神心理、肾病、制剂、消化、护理、肛肠、老年病、妇产、风湿骨病、北院护理、针灸护理）14个。甘肃省中药炮制工程技术中心，国家中医药管理局中药炮制传承基地与甘肃省中医药防治慢性疾病重点实验室为我院的科技创新提供了有力支持。
针灸科、中西医结合临床为国家中医药管理局重点学科建设单位；中西医结合临床、中医骨伤学科为甘肃省教育厅重点学科；中西结合心肾科、中西结合呼吸科为甘肃省卫生厅重点学科。
医院现有兰州本部及皋兰、西固两个分院，下辖嘉峪关路社区卫生服务中心、酒泉路社区卫生服务站、兰州市老年公寓门诊。现有职工1142名，副高以上专家100多名。开设床位1000张。作为甘肃中医药大学中医、中西医结合、护理、药学四个专业本科生、研究生的临床实践教学基地，每年承担实习生350人，进修40人；作为国家级住院医师规范化培训基地和全科医师培训基地，每年承担规范化培训医生40人，全科医师培训40人。现有2个博士点和12个硕士点，设有7个临床教学教研室。
1978年甘肃中医学院成立,与此同时建立了畅家巷门诊部，即甘肃中医学院附属医院的前身。
1981年10月开始筹备甘肃中医学院附属医院。
1981年底向卫生厅并省计委作了申请批复建设甘肃中医学院附属医院的报告（中院字〔1981〕62号）。
1984年12月甘肃省城乡建设环境保护厅通过建字〔1984〕111号文件批复了关于甘肃中医学院附属医院征用搬迁地的请示。
1984年底经省政府会议研究决定同意筹建甘肃中医学院附属医院。
1985年8月经省计划委员会甘计科〔1984〕103号文件批复关于甘肃中医学院附属医院计划任务书的报告，甘肃中医学院附属医院正式成立。
1985年5月住院部大楼开始破土动工，到1991年底竣工，医院正式开业。
2007年9月被评为三级甲等中医医院。
