白鹿洞名称的来源,据传,洞初开拓时,在这里建阁奉祀理学家朱熹。因朱熹尝在江西庐山建白鹿洞讲学,遂取名白鹿洞。后人在石洞中雕造一只白鹿,加以传说美化,因此有“白鹿衔烟”的传称,列为厦门“小八景”之一。
白鹿洞创建于清康熙四十四年(1704)甲申,开山祖师为苇江老和尚。
据《厦门志》记载:“白鹿左右多崩崖立石,中有亭树掩映,旧建有大观园、宛在洞、接因亭。清乾隆二十八年间(公元一七六三年),再拓六合洞、朝天洞、衔山亭。”白鹿洞寺左侧,清初建有玉屏书院,历来存在有“琳宫梵宇与书院黉舍争地”的矛盾,乾隆十六年(一七六一年),厦门海防同知白瀛曾有“逐僧徒,迁佛像”、“拆旧屋,建讲堂”之举,使寺岩一度受到破坏,直至道光、咸丰年间,书院萎缩衰落,佛寺才得重兴。
清末民初先后重修、扩建寺宇,由觉斌和尚住持。后觉斌就任南普陀寺都监,由妙廉继任。建国后,1958年部队借住寺宇,曾对寺宇进行重修。1988年由旅居香港的元果法师集资兴修,扩建殿堂楼阁,新塑诸佛菩萨金像,铺砌石级、石栏。装修楼台亭阁,寺容寺貌,焕然一新,现住僧众十余人,俨然为一庄严宏伟的佛教道场。
白鹿洞寺历尽沧桑,几度荒废。如今由于寺前台阶陡峭、交错不接,客堂建筑年久,导致地基松动,墙体出现裂缝,房梁木头遭白蚁侵蚀,房屋存在安全隐患。现任住持为常学法师。