遗址高出稻田1-3米,南北长124米,东西宽101米,周长380米,面积1.2万余平方米,属江西省保存完好的台地遗址。从1977年至1979年共进行过三次考古发掘(最后一次中山大学参加),揭露面积825平方米,文化堆积厚约2至4米,分7层:1?层为上文化层,相当于商周时期,属奴隶社会;3?层为下文化层,相当于新石器时代晚期,属于原始社会末期。出土石器283件,网坠128件,鼎足形状达12种、998件,代表300多个体,仅鼎类可分盘形、釜形、罐形、壶形4种。上下文化层均发现刻划文字和符号。陶器的装饰工艺多系刻划、压印、剔刺,亦有彩绘,其纹饰达40余种。
樊城堆遗址下文化层的文化内涵与筑卫城遗址下文化层属同一类型,是赣江中、下游具有代表性的新石器时代晚期遗址,而且分布范围很广,考古界已提出命名为“樊城堆文化”。
2006年05月25日,樊城堆遗址作为新石器时代古遗址,被国务院批准列入第六批全国重点文物保护单位名单。
自1977年试掘以来,经两次正式发掘,揭露面积累计达825平方米,取得了一批实物资料,初步了解了它的文化内涵和性质。樊城堆遗址于1975年被发现,1977年、1978年、1980年先后进行了三次发掘。遗址为土墩型遗址,高出旁边田地1~3米,南北长124米,东西宽100米,面积超过1万平方米。其文化堆积可分七层,第一、二层为商周文化遗存,距今约3500年左右;第三层为龙山文化遗存,距今约4000年左右;第四至第七层为新石器时代晚期文化遗存,距今约5000~4500年,其下文化层与赣江东岸的筑卫城遗址下文化层属同一类型。出土的文物有石斧、石铲等生产工具,杯、碗、罐等生活用具。另外还发现制陶窑址。