该寺院历史详情无现有文字史料记载,当地传说史建于唐代,后多次战火兵匪多次毁坏严重,最后一次修缮在清末民国初年,后香火鼎盛寺院无力承受分建三处下院:灵山庵(位于现广东省河源市连平县高莞镇丁村后灵山坑内),龙驯庵(位于现广东省河源市连平县忠信中学食堂处),狮子岩(位于现广东省河源市和平县狮子岩)。三处下院历史在雍正八年版连平州志寺观一章有记载。高莞镇徐村瓦窑屋村民吴娘石于2005年无意发现家中一民国年间寺院手抄本《灵鹫山寺记》并送交寺院作为仅存文物保管。该游记是当地一乡绅曾绍贯于民国年间游历本寺所写,开篇写有:“灵鹫山寺者,吾乡之名胜。山未有名,是有是寺,山因而名之。”现该文物保存与灵鹫禅寺,复印件由寺院报送连平县档案局、连平县宗教局,河源市宗教局、高莞镇人民政府作为历史资料存档。
2004年4月,连平县民族宗教局批准寺院恢复开放宗教活动,2007年,经县宗教局协调,当地村民同意归还寺院土地264.22亩山地支持寺院恢复重建,并于当年在县国土局登记发给寺院土地证。2007年,省民族宗教委员会将该寺院进行登记备案。
目前该寺院正在恢复重建中,现道路和供电并未接通,交通可通过山间便道抵达。