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史料价值其中《十方重阳万寿宫记》《终南山神仙重阳王真人全真教祖碑》《终南山重阳祖师仙迹记》《重阳成道宫记》等碑，系统地记载全真教祖庭的创立、发展与衰落历史及其祖师王重阳身世与生平事迹。还有13位真人的道行碑，不仅记载真人的道行与全真教在元朝所居的地位，也记录不少重要史料可以证史与补史。例如以《元史·丘处机传》与碑林中《玄门掌教清和妙道广化真人尹宗师碑铭并序》比较，可知《元史》记载长春真人丘处机谒元太祖事有不实之处。
书法价值首推元代书法家赵孟頫所书《大元敕藏御服之碑》和《皇元孙真人道行碑》。此二碑均为其承旨所书，其书法艺术达到炉火纯青、出神入化的境界。明代万历年间文坛领袖王世贞在其所著《弇州山人稿》评论云：“此书乃承制，又中年以后笔，当妙。”次则为溥光书《敕赐大重阳万寿宫碑》，字大如斗，为榜书，笔法苍劲，神足韵胜。溥光为元代可与赵孟頫相颉颃的大书法家。再次为韩冲书丹的《玄通弘教披云真人道行之碑》，姚燧书丹的《重阳仙迹记碑》，李道谦书丹的《终南山神仙重阳王真人全真教祖碑》，还有商挺以隶书题额的《玄门掌教诚明真人道行之碑》均是书法佳作。
文学价值祖庵碑林碑文的撰写者多出自名家之手，其中《二十四史》有传者17人。如《圆明真人高公碑铭》为翰林学士姚燧承旨所撰，《大元敕藏御服之碑》为奎章阁大学士、翰林学士赵世延承旨所撰，《全真第贰代丹阳抱壹无为真人马宗师道行碑铭》和《披云宋真人道行碑》为翰林院直学士王利用所撰，《弘玄真人赵公道行碑》为集贤大学士李谦所撰，《洞真于真人道行碑并序》为名士杨奂所撰。《玄门掌教诚明真人道行碑》为翰林直学士王磐所撰，《天乐真人李公道行碑》为集贤学士宋渤所撰，《皇元孙真人道行碑》为翰林侍讲学士邓文原所撰，《终南山神仙重阳王真人全真教祖碑》为密国公金源夀所撰，《终南山重阳仙迹记碑》为翰林院修撰刘祖谦所撰，《栖云真人开涝水记碑》为翰林院直学士薛有谅所撰。这些人均为当时文章大家。诏书与圣旨碑中《成吉思汗皇帝赐神仙手诏》也是文采飞扬，据说出自元朝中书令耶律楚材之手。
文字语言价值碑林内存有五通元代蒙汉文对照圣旨碑，其中一通为蒙古回鹘（畏兀）字，四通为蒙古八思巴字。蒙古回鹘字是成吉思汗时期用回鹘字母拼写成蒙古文字，是较早的蒙古文字。对研究元代历史、制度和古代蒙古语文都有重要价值。蒙古八思巴字是元世祖忽必烈令大喇嘛八思巴据藏文字母制造的新体蒙古字，于至元六年（1269）颁行，是元朝的法定文字。此五通碑石的汉字碑文均被收入蔡美彪所编的《元代白话碑集录》（科学出版社，1955年2月）一书。这些文字是研究元代宗教史及寺观经济的重要资料。2001年6月25日国务院公布为全国重点文物保护单位。