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《庄子》一书反映了庄子的批判哲学、艺术、美学、审美观、政治、社会等诸多方面。原有内篇七篇、外篇二十八、杂篇十四、解说三，五十二篇，十余万言。郭象删减后分内篇、外篇、杂篇三部分存三十三篇，大小寓言二百多个，六万五千九百二十字，其中，内篇七篇；外篇十五；杂篇十一。该书包罗万象，对宇宙生成论、人与自然的关系、生命价值、批判哲学等都有详尽的论述。
庄子明确否定礼教社会政治制度以及虚假文化生活，在政治上主张不同于儒家社会哲学的进路，直接从天道运行的原理侧面切入，开展了以自然义、生成义、中性义为主的"道"的哲学。天道运行有其自然而然的原理在，道的哲学即是解释此原理的内涵，从而得以提出一个活泼自在的宇宙空间。透过对宇宙运行之无定限、无执着的认识，道家哲学发展出迥然不同于儒家的社会哲学，社会只是一方存在的客体，在其中生存的人们，应有其独立自存的自由性，而不受任何意识形态的束缚。道家从维护个人利益的角度出发，在经济理论、社会实践方面创立了“齐物”的思想观点，但对于社会责任的态度并不先存立场，而能有更尊重人类自主性的态度与存在定位。
道家重视人性的自由与解放和提高个人素质修养，实行无为而治。庄子反对当时社会上实行的仁义礼乐等社会道德与政治制度，认为这些都是罪恶与祸害的根源。他用“朝三暮四”，“彼窃钩者诛，窃国者为诸侯”来说明“仁义”已经成了统治者窃取国家权力的手段。庄子认为，社会的不平等性不根除，随着社会政治制度和文化的发展，人类社会的不平等及争斗也会随之产生和激化。庄子多方面地思考了人所面临的生存困境。庄子认为，人的生命异常短促，在短促的生命过程中，又会受到各种社会事物的束缚和伤害。特别是在庄子生活的时代，残暴的统治者使人民大量地受刑和死亡：“今世殊死者相枕也，桁杨者相推也，刑戮者相望也”（《庄子·在宥》）。
庄子强调的“无为”是君主“顺物自然而无容私焉”。（《庄子·应帝王》）就是说，庄子除了强调君主的作为必须因循事物的自然本性及其发展趋势之外，还强调要做到不夹杂君主个人的私心和成见；庄子主张的是“至知/无知”，既知识不能简单地说“越多越好”或“越少越好”，而是要区别清楚。顺道知识越多越好，悖道知识越少越好。所以，求知既是知识增加的过程，也是鉴别所得知识是否合道，并剔除悖道知识的过程。这里的“道”，可以理解成真理。面对专制者的利益诱惑及其帮闲的名誉诱骗，庄子主张不凝滞于物。但是，此外的一切，包括物质的和精神的，庄子主张有欲。
庄子本人对物质的欲望不重，认为“其嗜欲深，其天机浅”；但对精神自由和顺道知识，其欲望之强烈，过于当时诸子。“为”特指专制庙堂对江湖民众的“治”。“无为”特指庙堂无治。个人的“无为”，则是特指不要为庙堂帮凶、帮忙或“帮闲”。面对“无所逃于天地之间”的专制者及其帮凶，庄子采取的是坚决的不合作态度。这看上去很简单的“天子不得臣,诸侯不得友”、“间世保身”、“逃刑免患”，实际践履起来却极不易，需要“齐于天”的大智和“勇于不敢”的大勇。像庄子这样“乘物”而游刃有余的人，古今无几。“乘物”已经不易，“游于羿之彀中，然而不中者，命也夫！”在如此令人绝望的境况下“游心于德之和”，更是谈何容易。然而庄子却“于学无所不窥”，且激扬性情，齐物傲世，怡情于大自然——其亲撰的著作让魏晋时代的人们赞叹“博物止乎七篇”。无为而治的政治主张可以说是最早的一种无君论思想。
庄子的散文批判哲学思想博大精深，是我国古代典籍中的瑰宝。因此，庄子不但是我国哲学史上一位著名的哲学家，也是文学史上一位不朽的散文家、艺术家。无论在哲学思想方面，还是文学语言、艺术审美方面，他都给了我国历代的思想家、文学家和艺术家以深刻的、巨大的影响，在我国思想史、文学史、美学史、艺术史、审美史上都占有极其重要的地位。
日本诺贝尔奖得主汤川秀树、美国物理学家卡普拉、英国近代生物化学家和科学技术史专家李约瑟和德国著名物理学家，量子力学的主要创始人海森堡都受到庄子哲学思想的影响。汤川秀树说他得诺贝尔奖的成果灵感就是受庄子“倏与忽相遇于浑沌之地”的启发。海森堡十分推崇庄子技术哲学的思想，并多次在讲演中提到庄子的观点。后来，海森堡又把庄子的哲学写进了他的专著《当代物理学的自然图象》。雷·库兹韦尔《奇点临近》、维克托·迈尔-舍恩伯格《大数据时代》也表达了类似思想。
至于《南华经》所亡佚的19篇，除解说3篇（《庄子后解》《庄子略要》《解说第三》〔篇名不详〕皆入《淮南子外篇》）外，还有16篇，其中有篇目可考者9篇，据关锋考证，认为是《阏奕》《意修》《危言》《游凫》《子胥》（《释文·序录》）《惠施》（《北齐书·杜弼传》）《畏垒虚》（《史记·老庄列传》）《马捶》（《南史·文学传》）《重言》（严灵峰《老庄研究》）等篇。其中以王叔岷《庄子校释》辑佚佚文最全最多。
综观六类佚文。“牵之令近”者，未知。“或出《淮南》”者，为庄子注解。“或辩形名”者，乃名辩逻辑。“迂之令诞”者，实为博物之学。“似《山海经》”者，多及动物植物。“似《占梦书》”者，实为“梦/觉”之辨。内七篇多有博物之学，多及动物植物，多涉“梦/觉”之辨，而郭存外杂篇少有，郭删外杂篇佚文多有，足证外杂篇大多仿拟内七篇。然而郭象裁剪取舍外杂篇的宗旨，是用外杂篇反对内七篇，用伪《庄子》反对真《庄子》。所以“妄窜奇说”“辞气鄙背，竟无深奥”的，并非外杂篇撰者，而是篡改反注的郭象。郭象把“梦/觉”之辨视为《占梦书》，庄子必将笑之曰：“汝其梦未始觉者邪？”《大宗师》。
老庄是中国版启蒙思想道家思潮的产物，属于全世界最早熟和最广泛传播的启蒙思想，无论如何和真正的宗教相去甚远，始终带有强烈的批判精神、人文关怀及无数色彩（这不妨碍公羊学派取代黄老学派后黄老在汉末演化为宗教自组织）。
每当政情动荡，社会大乱时，儒学思想便失去效用，而道家思想则应时而兴。因为道家并不抱持着冠冕堂皇的道德原则，而能深人人性，切中时弊，彻察动乱的根由；它正视人类不幸的际遇，又能体味人心不安的感受，对于饱经创伤的心灵，尤能给予莫大的慰藉与现实关怀。因而，中国历代的变动纷扰，对于儒家而言是一种沉重的负担，结果每每由道家承担起来。而道家集大成的人物，便是庄子。
在汉初特殊的历史条件下，以《老子》“无为”思想为主旨的“黄老”思想受到统治者的尊崇。但时过境迁，儒学独尊后，道家沦为在野之学。道家社会角色的变化使《庄子》的政治异端思想抬头，并和《老子》的自然观宇宙论结合，形成“老庄”思想。从此，以老庄为主流思想的道家以异端的姿态，从天道观、人生观、审美观和政治论诸方面向经学提出挑战，并给东汉一代的政治和魏晋的思想界以深刻的影响。老庄学对社会政治异化及文化偏向的批判精神普遍存在于历代异端学者的思想言行之中，被他们引为同调，并成为他们批判不合理现实的精神武器。如晋代鲍敬言的无君论；明代李贽的童心说，何心隐的育欲说，汤显祖的至情论；清代唐甄的破祟论，袁牧的性灵论等等，皆得力于老庄学精神。
萧萐父将道家文化的基本精神归结为道家风骨(某种内在的精神气质)，并指出它有三个层面的内涵：
“被pī褐hè怀玉”的异端性格。“圣人被褐而怀玉”，乃指布衣隐者中怀抱崇高理想而蔑视世俗营利的道家学者形象。
“道法自然”的客观视角。“人法地，地法天，天法道，道法自然”，这是道家思想的理论重心，决定了道家对社会和自然的观察、研究，都力图采取客观的视角和冷静的态度。
物论可齐的包容精神。由于长期处于被黜的地位，与山林民间文化息息相通，道家的学风及其文化心态，与儒家的“攻乎异端”、“力辟杨墨”和法家的“燔fán诗书”等文化心态的褊狭和专断相比，别具一格，具有一种超越意识和包容精神。
正是基于这种开放的心态，道家能够在百家争鸣的学术思潮中，善于学习，敢于接纳，博采众长，取精用宏，以构建自己的思想体系。
庄子与尼采都是异端的思想家,道德的非议者，旧文化的离经叛道人物,他们都敏锐地感受到时代变迁带来的心灵震颤。庄子与尼采尽管一东一西、一古一今，各自的主张也不尽相同,但是,他们在各自文化历史上扮演了相近的角色。
老庄的美学思想和思维特征普遍存在于历代文论、画论和文学艺术作品之中。中国的美学思想、绘画、小说、诗词乃至书法、雕塑、音乐，无不体现出一种强烈的道家精神和道家风格，其程度远远超过儒家的影响。如庄子的道，落实在人生之上，乃是崇高的艺术精神；而他由心斋功夫把握到的心，乃是艺术精神之主体；中国绘画乃是这种艺术精神的特殊产物和典型体现。他的后学鲍敬言、无能子、邓牧、傅山。
关于道家思想的起源，有一说法认为起自《周易》。《十翼》有高深的哲理，但《十翼》在老子之时还不存在，《易》本是未开化的人使用的卜筮之书，没有那种高深的内容。老子对于《易》，不可能作为参照，用于自己学说。道家易学用《归藏》。
《庄子》一书作为先秦经典著作，历代研究者不断，据严灵峰所编（《无求备斋庄子集成》不全面统计）正、续二编已经多达数百部注本。注疏：
晋
《庄子注》西晋司马彪注。
《庄子注》西晋孟康注
《庄子注》西晋崔撰注
《庄子注》西晋向秀撰，西晋郭象窃得，主张性分、足性适性逍遥扭曲庄子。庄子并不像老子那样强调相对，而是强调真理的绝对。在真理绝对之下，俗谛（儒家）层面的相对位阶也是固定有序的，而不是“辩证的”相对。《晋书·郭象传》称“先是注《庄子》者数十家”，于是出现了李颐的《集解》。李颐的身世，史无记载，不太清楚。但陆德明尚知其为“晋丞相参军，自号玄道子”（《经典释文·序录》）。他的《集解》本是三十篇（一作三十五篇），可能是和崔、向不同的另外一种在五十二篇本基础上的选注本。
唐
《庄子注疏》成玄英撰。
《庄子治要》魏征撰
《庄子正义》文如海
宋
《庄子注》陈景元撰
《南华真经义海纂微》褚伯秀撰
《庄子义》吕惠卿撰
《南华真经新传》《南华真经拾遗》王雱撰
《南华真经口义》林希逸撰
《庄子南华真经点校》刘辰翁撰
明
《庄子通义》朱得之撰
《南华真经副墨》陆西星撰
《庄子达言》、《南华雅言》、《重言》、《巵言日出》庄元臣撰
《庄子翼批注》傅山撰
清
《庄子通》、《庄子解》王夫之撰
《南华雪心编》刘凤苞撰
《庄子评点》严复撰
近
《庄子纂要》、《子藏·道家部·庄子卷》方勇撰
《庄子奥义》、《庄子复原本注译》张远山撰
《庄子音义》唐陆德明撰
《庄子集释》清郭庆藩撰
《庄子集解》清王先谦撰
《庄子集解内篇补正》近人刘武撰
《庄子补正》近人刘文典撰
《庄子校诠》近人王叔岷撰
《庄子今注今译》近人陈鼓应撰