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斯蒂芬·马奎尔1998年转为职业球手，成绩一直不温不火。2000年苏格兰公开赛他打出了自己职业生涯的第一杆147满分。2002年马奎尔打入英国公开赛16强，2003年打入爱尔兰大师赛16强。直到2004年，马奎尔像开窍一般先后在欧洲公开赛和UK锦标赛上夺得冠军，可谓一鸣惊人。由于2004年的声名鹊起，“火箭”奥沙利文曾评价他说：“马奎尔会统治斯诺克十年”。对于这个预言，马奎尔连连笑称不敢当，他谦虚地表示这100%不可能，因为他觉得自己还不够好，而且现在有很多出色的球员，谁统治下十年都不可能，奥沙利文那么说大概只是祝他好运罢了。接下来的05-06赛季马奎尔的表现只能用惨淡来形容，他只在马耳他大奖赛中进入了四分之一决赛，分别击败了傅家俊和马克金但是输给了最后的冠军达赫迪。
到了06-07赛季，卷土重来的马奎尔先后进入了温布利大师赛、威尔士公开赛和世锦赛的半决赛。尤其是在克鲁斯堡剧院这个最大的舞台上，马奎尔第一次进入世锦赛半决赛，最终惜败给希金斯。赛后马奎尔说：“我有点发蒙，我有很好的机会赢得冠军，这种结局让我难以置信。荣誉就在那儿等着我去得到它，因为我觉得我们这场比赛的胜者将是最终的冠军，我在比赛中浪费了大把的机会，我知道自己有能力获得世界冠军。不过一旦约翰得到奖杯回到苏格兰，我们还是会一起出去庆祝一番的。”最终希金斯如马奎尔所言果然捧得了桂冠。
07-08赛季马奎尔在北爱尔兰杯决赛中以9-5战胜了爱尔兰老将奥布莱恩夺得冠军，收获了他职业生涯的第三座排名赛冠军奖杯。而在刚刚结束的2008年中国公开赛中，马奎尔更是在半决赛打出个人第二杆147分，并且在决赛10-9战胜墨菲夺得个人第四座排名赛冠军。
斯诺克选手在比赛时必须打领结。但是由于马奎尔的喉咙有一种疾病，国际台联允许他在比赛可以不打领结。
马奎尔在2000年世锦赛资格赛中险些成功冲击正赛，在资格赛最后一轮，在9-6领先的情况下，马奎尔被最终的四强选手斯威尔逆转，9-10饮恨出局。但是在2002年英锦赛首轮，他将斯蒂芬-李淘汰出局，显示出其巨大的潜力。
2004年欧洲公开赛，马奎尔令人惊喜的获得冠军。那个时候他的排名只是世界第41位，决赛中他战胜的是全民冠军吉米-怀特，比分是9-3。同年世锦赛，马奎尔第一次闯入正赛踏入克鲁斯堡，但是首轮他就以6-10输给了奥沙利文。在英国公开赛决赛6-9输给希金斯后，马奎尔在随后的英锦赛中以10-1横扫格雷夺冠，在晋级路上他还击败了世界排名第一的奥沙利文。
截至到目前为止，马奎尔与奥沙利文交手五次，在2005年，马奎尔连续第二年在世锦赛首轮输给对手。04-05赛季后半段，马奎尔的战绩并不能令人满意，但是他仍然挤进了世界前三。05-06赛季，马奎尔仅仅闯入一个排名赛的八强，世锦赛第二轮他也以4-13的悬殊比分输给了当时的资格赛选手傅家俊。
在职业球坛中，马奎尔与墨菲的一段过节被所有人熟知。2004年斯诺克大奖赛，比赛开始后马奎尔意识到自己忘记带壳粉入场，而就在他经过裁判同意去取壳粉的时间里，墨菲要求裁判判罚第一局马奎尔负，理由是他没在规定的时间入场比赛。最终马奎尔以5-2赢得了比赛。同一年的英国锦标赛决赛，格雷同样忘记了带壳粉，而马奎尔则大方的让对手去取，而并没有选择判对方一局负。
在2007年威尔士公开赛中击败墨菲后，马奎尔表示：“我们俩表现上看起来还可以，但是我们终究是竞争对手，我不喜欢他，我想他也不喜欢我。我是战胜每个人，但是如果输给他我想我会更伤心。”在2006年世锦赛输给傅家俊后，马奎尔打趣道：“我可不想成为一个胖子世界冠军。”这一句挖苦2005年世锦赛冠军墨菲的话表达了他那个赛季失望的心情，同时他的世界排名也从第三滑落至第九位。
2007年，马奎尔创造了世锦赛的最好成绩，他成功闯入四强，在14-10领先的情况下以15-17遗憾的败在了最终的冠军希金斯手里。2008年世锦赛，在1/4决赛中他12-13惜败在佩里手里。
2007年英锦赛半决赛，马奎尔再次战胜了墨菲，但是在决赛中他2-10不敌奥沙利文。2008年中国公开赛，在于瑞恩-戴的半决赛中，马奎尔打出147分并且以6-5战胜对手，并且在决赛中10-9赢得了与墨菲的再次对话。虽然2008年世锦赛1/4决赛遗憾落败，但是马奎尔仍然登上了世界排名第二，这也是他有史以来的最高排名。
2009年，中国台球领域爆出重磅消息，世界斯诺克排名第二的斯蒂芬·马奎尔与中国知名品牌健英台球达成合作伙伴关系，成为健英品牌的形象代言人。
2019年12月9日，斯蒂芬·马奎尔在2019斯诺克英锦赛决赛中以6-10不敌丁俊晖，获得亚军。
2020年6月，在斯诺克巡回锦标赛决赛上，马奎尔以10-6战胜马克·艾伦，在赢得个人本赛季首个排名赛冠军的同时，也一举夺得了包括冠军、单杆最高分和CoralCup排名第一在内的总共26万英镑奖金。7月，参加2020斯诺克世界锦标赛。
2020年4月，世界斯诺克巡回赛（WST）评选出2019-20赛季十佳球员，斯蒂芬·马奎尔入选。
BTV杯斯诺克北京邀请赛参赛球员斯蒂芬-马奎尔虽然斯蒂芬·马奎尔的06-07赛季结尾非常令人失望，但是这毕竟是他状态恢复的一步，在2004赛季他那种火热的状态曾经被认为是当时最好的球员。在度过了惨淡的05-06赛季后，马奎尔进入了三项大赛的半决赛，并来到了世界第五的位置。第一项就是温布利大师赛，在击败了希金斯和罗伯逊之后，马奎尔半决赛负于奥沙利文。第二项则是威尔士公开赛，在连续淘汰麦克马纽斯、达赫迪与墨菲之后，马奎尔令人吃惊的输给了一鸣惊人的希金森。
在斯诺克世锦赛这个最大的舞台上，马奎尔第三次进入半决赛，他之前从来没有取得比16强还好的成绩。连续战胜佩里和斯威尔之后，经过激战马奎尔又以13-7淘汰了汉密尔顿。
马奎尔半决赛的对手是好朋友兼练球伙伴约翰`希金斯，马奎尔曾经一度以14-10领先，但是“巫师”在克鲁斯堡施展了一番“法术”，最终马奎尔以15-17败下阵来。
相比于他以前的战绩而言，2005/06赛季马奎尔的表现显然不能够令人满意。他只在马耳他大奖赛中进入了四分之一决赛。他分别击败了傅家俊和马克·金但是输给了最后的冠军达赫迪。他在世锦赛中再次击败了马克·金，不过之后他以13-4的比分被傅家俊强势逆转。马奎尔第一次突破是在2004年三月份举行的欧洲公开赛上，他在决赛中以9-3战胜了吉米·怀特之后获得了自己的第一个冠军。八个月之后他又赢得了具有很高声望的UK锦标赛的冠军。这是世锦赛之外最重要的赛事。那一年，在约克的巴比坎中心，第一轮比赛中他以9-6战胜了奥沙利文。奥沙利文预言：他会统治斯诺克的下个十年。他一路打进决赛并以10-1送走了格雷。
之前的比赛中，马奎尔进入了在布赖顿举行的英国公开赛并进入了决赛，不过在决赛中输给了希金斯。他在两项比赛中连续打出了五次单杆过百。三次是四分之一决赛中击败汉密尔顿，两次是在半决赛中对阵奥沙利文。
作为前世界业余选手马奎尔在2000年的苏格兰公开赛中打出了147的最高分。
