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夫子庙始建于东晋咸康三年（337年），根据王导提议“治国以培育人材为重”，立太学于秦淮河南岸；北宋景祐元年（1034年），移东晋学宫于秦淮河北，并在学宫之前建庙祭奉孔夫子；南宋建炎年间遭兵火焚毁，绍兴九年（1139年）重建，称建康府学；元朝改为集庆路学；明初改为国子学，后改为应天府学；清初原府学改为上元、江宁两县的县学，咸丰年间再次毁于兵火，同治八年（1869年）重建；夫子庙四毁五建，最后一次破坏于1937年侵华日寇的炮火中，1984年后陆续修葺复建，1991年被评为“全国旅游胜地四十佳”。
夫子庙是一组规模宏大的古建筑群，主要由孔庙、学宫、贡院三大建筑群组成，占地极大。有照壁、泮池、牌坊、聚星亭、魁星阁、棂星门、大成殿、明德堂、尊经阁等建筑。夫子庙被誉为秦淮名胜而成为古都南京的特色景观区，在六朝至明清时期，世家大族多聚于附近，故有“六朝金粉”之说，是中国最大的传统古街市，与上海城隍庙、苏州玄妙观和北京天桥为中国四大闹市，也是中国著名的开放式国家AAAAA级旅游景区和国际旅游胜地。
夫子庙已成为富有明清建筑风格的十里秦淮风光带上的一个重要景点。它以大成殿为中心，南北成一轴线，左右建筑对称，占地约26300平方米。现已列为市级文物保护单位。夫子庙位于市中心偏南，秦淮河北岸的贡院街旁。是由文教中心演变而成的繁华闹市，人们通常所说的夫子庙，实际包括夫子庙、学宫和贡院三大主建筑群。
学宫
学宫位于大成殿后街北，原有“东南第一学”门坊，包括明德堂、尊经阁、青云楼、崇圣祠等古建筑。明德堂是学宫的主体建筑，科举时代秀才每月逢朔望都到这里听训导宣讲。中国的学宫都称“明伦堂”，而夫子庙的学宫独称“明德堂”，据说是宋代文天祥题写的“明德堂”匾额之故。1986年明德堂维修时又修复了两旁的“志道”、“据德”、“依仁”、“游艺”四斋。
大成殿
大成殿是夫子庙的主殿，高16.22米，阔28.1米，深21.7米。殿内正中悬挂一幅全国最大的孔子画像，高6.50米、宽3.15米。殿内陈设仿制2500年前的编钟、编磬等十五种古代祭孔乐器，定期进行古曲、雅乐演奏，演出反映明人祭孔礼仪的大型明代祭孔乐舞，使观众听到春秋时代的钟鼓之乐、琴瑟之声，展现二千多年前另古乐风貌。大殿四周是孔子业绩图壁画，形神并具。庙院被两庑碑廊环抱，墙上镶有三十块由赵朴初、林散之、沈鹏、武中奇等著名书法家撰写的墨宝真迹碑刻。碑廊里陈列着被誉为“中华一绝”的雨花石展览。
江南贡院
江南贡院是夫子庙地区主要建筑群之一，秦淮河畔也因贡院、夫子庙的存在而一度繁荣起来，是中国最大的科举考场。其鼎盛时期仅考试的号舍就拥有20644间，加上官房、膳房、库房、杂役兵房等数百间，占地超过30万平方米，其规模之大、占地之广居全国各省贡院之冠，创造了古代科举考场中国之最。在江南贡院的基础上扩建为中国科举博物馆，是中国唯一反映中国科举考试制度为内容的专业性博物馆，也是中国科举制度中心、中国科举文化中心和中国科举文物收藏中心。
美食街
夫子庙美食街建成于1997年，总投资1.5亿元，位于夫子庙南端，东起平江府路，西止来燕路。建筑造型各异，高低错落有致，青砖小瓦，粉墙坡屋，古朴典雅，与夫子庙古建筑群融为一体。内部设施一流，颇具现代气息。仿古花岗岩路面两侧镶嵌着彩色广场砖，菱形的花坛、回绕的长廊、花园式的广场、古典式的矮架路灯，营造出温馨而优雅的氛围。沿街坐落着晚晴风味轩、晚晴茗轩、金陵春酒楼、夫子庙康乐城、秦淮人家、白鹭宾馆等一批知名餐饮娱乐企业，荟萃了海内外美食精品。
乌衣巷
乌衣巷位于夫子庙西南数十米，是一条幽静狭小的巷子，原为东晋名相王导、谢安的宅院所在地。据宋代《景定建康志》卷十六引《丹阳记》，此地原为三国吴乌衣营所在，因而得名。为纪念王导、谢安，在乌衣巷东曾建有来燕堂，建筑古朴典雅，堂内悬挂王导、谢安画像，仕子游人不断，成为瞻仰东晋名相、抒发思古幽情的地方。唐代大诗人刘禹锡的那首脍炙人口的诗《乌衣巷》，就是对此处的感叹。乌衣巷有一口古井，名叫乌衣井，相传是在东吴的时候就挖掘了，供这里的驻军饮水使用。井栏处十二道绳痕展示着它所经历的千年沧桑。
中心庙院
院内植有银杏八棵，古灯对称有致，中间一条笔直的石砌甬道通向大成殿前的丹墀，此丹墀是祭孔时举行乐舞的地方，正中竖立一尊青铜孔子塑像，高4.18米、重2500公斤，是全国最大的孔子青铜像。两旁石阶有每尊高1.80米的孔子弟子颜回、子路等十二贤人汉白玉塑像分班侍立。巍峨庄严的大成殿，重檐飞翘，斗拱交错，龙吻脊中有双楷戏珠立雕，双重飞檐中海蓝色竖匾上三个金色大字“大成殿”，是姬鹏飞的手书。
瞻园
瞻园景区由瞻园和太平天国历史博物馆两部分组成。瞻园是南京现存历史最久的一座园林，至今已有六百余年的历史，是国家级文物保护单位，江南四大名园之一，以欧阳修诗“瞻望玉堂，如在天上”命名。瞻园也是南京保存最为完好的一组明代古典园林建筑群。瞻园面积约两万平方米，共有大小景点二十余处，布局典雅精致，有宏伟壮观的明清古建筑群，陡峭峻拔的假山，闻名遐迩的北宋太湖石，清幽素雅的楼榭亭台，奇峰叠嶂。
白鹭洲公园
白鹭洲公园总面积229.41亩，湖水面积57.35亩。历史上是明朝开国元勋中山王徐达家族的别业，又称徐中山园、东园、太傅园。由于其独具野趣的佳丽景色，一直是许多著名文人诗酒欢会的雅集之地。民国时期正式辟为白鹭洲公园。白鹭洲公园以山、水、城、林自成一体的自然风光和独特的人文资源为依托，集观赏性、娱乐性、互动性为一体，体现了生态、人文、历史文化的和谐。
中华门
中华门，明代称聚宝门，是明朝都城的正南门，是南京明朝内城城墙13个城门中规模最大的城堡式城门，当今世界上保存最完好、结构最复杂的古代瓮城城堡，同南京明代城墙一道被列为全国重点文物保护单位。明洪武二至八年（1369至1375年）在南京建康府城南门的基础上扩建而成。中华门城堡东西宽118.5米，南北长128米，总面积15168平方米，高20.45米，三道瓮城由四道拱门贯通。
李香君故居
李香君故居坐落在夫子庙来燕桥南端，美丽的秦淮河畔，为明末清初名妓“秦淮八艳”之一李香君的故居。李香君虽为青楼女子，但她深明大义，善辨忠奸，具有高尚的民族气节，受到后人的敬仰。清代著名的戏剧家孔尚任以她和复社文人侯方域的爱情故事为题材，创作出《桃花扇》这部不朽之作。
李香君故居是一座典型的清代河厅河房建筑，三进两院，院内丹桂、藤萝、蕉影婆娑，与玲珑的太湖石相映成趣，古风盎然。该景点由“秦淮八艳”史料陈列馆和李香君故居展室等组成。内有“秦淮八艳”柳如是、马湘兰、陈圆圆、李香君、卞玉京、顾横波、寇白门、董小宛的生平展出。故居展室包括香君的卧室、书房、客厅和琴房。
夫子庙基本不需要门票，只有里面个别景点需要门票：
夫子庙大成殿：30元
中国科举博物馆（江南贡院）：50元
李香君故居：16元
瞻园：30元
公交
夫子庙站：1路、4路、7路、30路、31路、40路、44路、49路、62路、166路、202路、Y1路、Y2路、Y4路。
长乐路站：2路、16路、26路、33路、44路、49路、202路、204路、Y2路、Y14路、Y16路、Y20路。
三山街站：16路、26路、33路、44路、46路、49路、202路、Y2路、Y16路、Y20路。
地铁
南京地铁1号线，三山街站下。
南京地铁3号线，夫子庙站下。
东晋咸康三年（337年），夫子庙始建，根据王导提议“治国以培育人材为重”，立太学于秦淮河南岸。当年只有学宫，并未建孔庙。
北宋景祐元年（1034年），孔庙就东晋学宫扩建而成，因祭奉孔夫子，故又称夫子庙。在学宫的前面建孔庙，目的是在于希望士子遵循先圣先贤之道，接受封建教化。
南宋建炎年间遭兵火焚毁。
南宋绍兴九年（1139年）又重建，称建康府学。
元朝时期，改为集庆路学。
明初为国子学，将上元、江宁两县学并入，后为应天府学。
清朝时期，将府学迁至城北明国子监旧址，将夫子庙原府学故地改为江宁、上元两县县学。
清朝咸丰年间再次毁于兵火。
清朝同治八年（1869年）重建。
民国二十六年（1937年），抗日战争时被日军焚毁而严重损毁。
1984年，市、区人民政府为保护古都文化遗产，经有关专家科学论证和规划，几度拨专款，历数年的精心维修和复建。在东起桃叶渡，西抵中华门1.8公里的秦淮河两侧，一批文物古迹和旅游景点得到了恢复和建设，还兴建了高低错落、富有地方传统特色的河厅河房、歌楼舞榭，以及商业街众多的书肆、小吃店、茶馆与酒楼，并在河上恢复了绝迹多年的“秦淮画舫”。
1985年，修复夫子庙古建筑群，周围茶肆、酒楼、店铺等建筑也都改建成明清风格，夫子庙建筑群由孔庙、学宫、江南贡院荟萃而成，是秦淮风光的精华。临河的贡院街一带则为古色古香的旅游文化商业街。同时按历史上形成的庙会的格局，复建了东市场、西市场。这里供应的传统食品和风味小吃。.每年农历正月初一至十八，举行夫子庙灯会。
经过十多年的努力，先后投资10多个亿，恢复建设了大成殿、明德堂、尊经阁、江南贡院、乌衣巷、王谢古居、吴敬梓故居等20多处、30多万平方米古建筑，亭、台、楼、阁、殿错落有致，再现了明清江南街市风貌和古秦淮河厅、河房景观，六朝、明清文化得到进一步挖掘和展示。形成了小商品、古玩字画、花鸟鱼虫等一批特色鲜明的市场群，成为南京商业中心之一。
1991年，被评为“全国旅游胜地四十佳”，成为享誉海内外的旅游胜地、文化长廊、美食中心、购物乐园。
2016年1月，夫子庙历史文化街区入选第一批江苏省历史文化街区。
2020年2月19日，受新冠肺炎疫情影响关闭了20多天的南京夫子庙景区恢复开放
南京夫子庙灯会是流传于南京地区的特色民俗文化活动，又称"金陵灯会"，主要在每年的春节至元宵节期间举行。南京夫子庙灯会作为一项重要的民俗文化活动，是历代南京民众延续和传承民俗文化的重要空间，长久以来，它已成为秦淮文化的重要组成部分。南京本土和外来的文化艺术贯穿于灯会中，构成其艺术内涵。
夫子庙供应的传统食品和风味小吃不下200种。夫子庙饮食文化源远流长，可以远溯到六朝时期，明清两朝尤盛，各派菜系和小吃争奇壮举胜，风味独具。改革开放以来，市政府对散落民间的风味小吃发掘整理，在继承传统特色的基础上进行创新，形成了以“秦淮八绝”为代表的秦淮风味小吃。
