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藤原佐为是日本平安时代的天才棋士，在宫中作为大君（即天皇）的围棋老师一直下着自己热爱的围棋。在和另一位大君的棋师菅原显忠对弈决定去留时，佐为发现对方作弊，欲揭穿他时却被反咬一口。此举打乱了佐为的思绪，导致他输棋，并被冠以作弊的罪名赶出了京都。没有其他谋生技能的佐为悲愤不已，两天以后便沉水自尽了。（扩展阅读见官方番外藤原佐为《千年放浪》）（据棋魂同好考证，佐为投河地点很可能是鸭川）。
但是，佐为仍未领悟他一直执着追求的“神之一手”，无法安心离去。他对围棋的热爱令他的灵魂附着在了一个棋盘上，就这样度过了近千年的时光。
1836年，在因岛，一个叫做桑原虎次郎的少年感知到了附在棋盘上的佐为灵魂的存在。少年被佐为对围棋的执着感动，答应为佐为下棋。少年即后来日本围棋史上著名的棋圣——本因坊秀策。秀策因染病英年早逝，佐为的灵魂再次沉睡在棋盘中。1998年12月，主角进藤光偶然翻出了他附身的棋盘，才再一次苏醒。
做为灵魂体的佐为，只有进藤光能感知他的存在，他活在进藤光的意识中。虽然深爱围棋，却无法拿起棋子，只能通过进藤光的手，指导进藤光下棋。
在帮助进藤光考完历史之后进藤光同意带佐为去围棋会所下棋。一人一魂在会所遇到了另一位与进藤光同龄的围棋天才塔矢亮，并与他下了一局。虽然只是两目的微弱劣势，但是塔矢亮却明显地感受到对方并未全力以赴，对自己下了一盘指导棋。佐为深不可测的实力震惊了所有会所的客人们，也包括了一直苦无同龄对手的小亮。他在反思棋局的同时，一直期待与光再战一局。在棋院附近，塔矢亮如愿找到了观战少年围棋比赛而因出声指点盘面被赶出来的光，但因为进藤光的失言，使得原本只是期待对手的塔矢亮愤怒得无以复加，在他执意挑战下，二人再战了一局。亮的步步紧逼使得佐为痛下杀手，最终以塔矢亮的惨败收场。
由于佐为的影响，原本对围棋一窍不通且也毫无兴趣的进藤光慢慢喜欢上了围棋，他一直沉睡的围棋天赋渐渐苏醒。升入初中后，小光参加了校际围棋团体赛，佐为与穷追不舍自甘做三将的塔矢亮下了第三局。光在棋局中产生了自己来下的想法并付诸实施，但水平有限的他最后被小亮杀得大败。深感失望的小亮重新坚定了考取职业棋士的决心而不再追逐进藤光的幻影，而光为了让亮再次正视自己考取了院生。佐为成了进藤光的围棋老师兼陪练，两人虽然时有打闹，但在围棋中感到深深的快乐，小光也习惯了有佐为伴随左右的日子。佐为则在指导进藤光的过程中，看着他的成长以及他身边其他热爱围棋的孩子们的成长，深感欣慰。
为了让佐为更无顾虑的下棋，在暑假，进藤光在网络围棋上注册了“sai”（即“佐为”日语假名的罗马拼音）的名字。佐为高超的技艺在网络围棋界掀起了一场风暴，甚至引起了多国职业棋士的重视，其中包括塔矢亮的父亲塔矢行洋和曾经提携过小光的绪方老师。（附注：有趣的是，在现实中的网络围棋世界也确实发生过一次类似的事件，2001年，一个ID为龙飞虎的神秘网络棋士也曾在网络上掀起了无边巨浪，在与包括中韩两国职业棋士，甚至一线棋士的对阵中，龙飞虎未尝败绩，轰动了整个棋界，而其神秘性也是棋友们津津乐道的传奇之一。）
网络围棋风波之后，进藤光托爷爷买来了棋桌和棋子，佐为开始跟小光对弈，在不断的练习中帮助小光提高实力，小光在之后与其他高手的对弈中发挥出的水平让佐为既担心又惊喜：担心的是小光经验不够，惊喜的是他时常能在被逼入绝境时变坏为好的手段。随着时间的流逝，佐为对小光的棋艺慢慢放心，却对自己没有小光就无法跟别人下棋感到悲伤。他渴望着与高手对弈，特别是塔矢行洋。
进藤光成为职业棋士后的第一战是与塔矢亮，但由于塔矢行洋突发心脏病入院，小亮未能参赛。小光去探病时得知行洋会在病房中下网络围棋，为圆佐为夙愿，力邀行洋与sai对弈。这场巅峰之战在网络围棋界引发了轩然大波，无数职业与业余棋手观战。佐为棋高一着，以半目之差取胜，佐为释然的同时，也深深感谢全力以赴的行洋。对局结束之后，从头至尾在一旁观棋的小光却突然点出棋局末尾能够令塔矢行洋反败为胜的一步棋。佐为领悟到，神明让他在人间滞留千年的时光，就是为了让小光看到这一局棋。
就在这局之后，佐为开始发觉自己一直停滞的时间开始流动。作为印证，进藤光发现佐为附身的棋盘上血迹变淡了。佐为预知到他很快就要消失，并屡屡表现出焦虑。他希望能在自己尚在人间的日子里尽量多跟小光下棋，但小光并未放在心上，反而认为佐为在杞人忧天。在一个风和日丽的男孩节（2001年5月5日），在佐为近乎任性的要求下，累极了的小光勉强同意跟他下棋。就在这局对弈中，佐为在小光打盹的空隙消失了。
佐为的突然消失给了小光巨大的打击，他疯狂地跑到任何一个佐为可能去的地方寻找，但是一无所获。他在棋院的资料室里偶然看到了秀策留下的棋谱，明白了佐为真正的实力，哭喊着求神明让时光倒流到两人初次相见的时候。他甚至认为是因为自己想下棋而不让佐为下棋，才导致他消失的。他一度决定再也不下棋了，期盼佐为能原谅自己而回来。直到小光院生时代的好友伊角慎一郎邀请他与自己对局，在对局中小光无意间使出佐为曾经用过的招数，发现原来佐为早已深深融入了自己的棋中。他不禁泪流满面，重新开始下棋，希望在围棋中能再次见到佐为。
在结尾时，佐为出现在进藤光的梦中，他一言不发，只是静静听着小光的叙述，最后微笑着将手中的折扇递给小光，寓意将围棋的衣钵传承给他。梦醒后小光流泪了，他去买了一把折扇握在手中，决定为了自己和佐为的梦想继续奋斗。
本因坊秀策【真实人物】：在棋魂中，是佐为常挂在口中的“虎次郎”（秀策乳名），佐为的第一任宿主，和佐为形影不离度过了26年的时光。（注：附身时间1836年夏-1862年9月3日）虎次郎一生都做佐为的手替佐为下棋，是佐为类似知己的存在。他染病而英年早逝，佐为悲痛不已。在和光一起时，佐为仍时常回想起虎次郎，这让光很不高兴。作为历史人物的本因坊秀策，是日本围棋三圣之一，有“执黑不败”、御城棋十九连胜等等传奇，具体请见词条。
进藤光：佐为的第二任宿主，佐为陪伴光度过了两年半的时光。（注：附身时间1999年12月至2001年5月5日）对光来说，佐为亦师亦友，又似宠物。在佐为消失之后，佐为成为了光心目中类似神明的存在，光更是全力捍卫秀策之名。
塔矢亮：在棋魂前半部分，佐为是亮追逐的目标。后半部分，亮致力于探寻进藤光和sai关系的真相。
塔矢行洋：佐为第二次回到人世宿命的对手，在北斗杯篇中，杨海问为什么秀策的亡灵（指sai）重回人世，行洋答：为了和我下棋。
绪方精次：绪方执着于sai的身份，强烈地想和sai下棋。
清少纳言、紫式部【真实人物】：在棋魂中，佐为说曾教导她们围棋。作为历史人物的清少纳言和紫式部，请见词条。
天童丸：平安时代很喜欢缠着佐为玩的贵族小孩。见番外：藤原佐为《千年放浪》
葵姬：佐为在平安时代的好友。出现在未收录于棋魂动画版75集中的一集动画，情节基本和64集庆长的花器一样。
原作者堀田由美：佐为顽皮、可爱、帅，偶尔会散发出让人害怕的气息。当他出现在阿光的梦里时，表情虽然很沉稳，但在这本素描本里（见右图，图为棋魂完全版漫画最终卷卷末的小畑健老师漫画稿），还是保有顽皮的模样。对阿光来说，佐为亦师亦友，又似……爸爸、妈妈、兄弟般的宠物（笑）。佐为消失时，阿光的失落感之强烈，可想而知。