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2002年12月3日，一封来自普通市民马达的邮件向厦门市委市政府建议“在与马拉松赛程距离相当的环岛路举办一项国际马拉松赛”。12月初，厦门向国家体育总局申办厦门国际马拉松赛，国家体育总局田径运动管理中心的官员随后来厦进行了实地考察。12月30日，厦门得到国家体育总局正式的同意批复。
2003年3月30日，在经过3个月的紧张筹备后，首届厦门国际马拉松赛如期举行。2003年至2007年，厦门国际马拉松赛于每年3月最后一个星期六举行。
厦门国际马拉松赛得到厦门市政府的高度重视，经过仅仅三年的运作，厦门马拉松已打造成中国著名赛事品牌，与创办于1981年的北京国际马拉松赛成“一南一北、春秋交替”之势。
2008年起，厦门国际马拉松赛的比赛时间由3月最后一个星期六提前到1月第一个星期六，使气候条件更适宜于比赛。
2015年，厦门国际马拉松赛对比赛线路进行大调整，并且为进一步提升专业化水平，赛事只设马拉松和半程马拉松两个项目。为满足不同选手参赛需求，组委会于2014年12月13日在海沧大道配套举行了10公里和5公里健康跑，加上11月1日在海沧举办的海峡两岸女子半程马拉松赛，形成了“马拉松长跑季”系列赛事。为调动本地市民热情，在2014年设业余组奖项的基础上，增设厦门市民马拉松奖（以户籍作为界定标准）和配套赛10公里奖项。在该年度赛事中，男子全程马拉松第一名以2:06:19的成绩打破厦门国际马拉松赛赛会记录，同时刷新中国境内马拉松赛事最好成绩。
2016年，厦门国际马拉松赛仅设置马拉松与5公里健康跑两个项目。并于2015年12月12日在海沧举办半程马拉松和10公里健康跑的配套赛事。
2017年，厦门国际马拉松赛首次升级为全员全马赛事，仅设置男女全程马拉松。另于2016年12月10日在厦门海沧独立举办“厦门（海沧）国际半程马拉松赛”。
2018年起，厦门国际马拉松赛正式更名为“厦门马拉松”。
男、女马拉松（42.195公里）、海峡两岸城市马拉松邀请赛
厦门市政道路宽敞，地势平坦，道路两侧绿化带宽阔，不仅符合比赛要求，也便于观众观看比赛，运动员与观众具有良好的互动性。厦门马拉松大部分的赛道是在沿海边的环岛路上，从金门岛隔海相望的厦门国际会议展览中心出发，沿途既有依山傍海、风景如画的环岛路，更有厦门二十名景中的八大景点缀其间，可尽览厦门的天风海韵，堪称世界上最美丽的赛道。
2003年，首届厦门国际马拉松赛举行，当时比赛路线为“厦门国际会展中心—环岛路—厦大白城—演武大桥—民族路—同文路—轮渡码头—鹭江道—湖滨南路—白鹭洲路—厦门会堂—市政府—东渡—湖滨西路—鹭江道—轮渡码头—旧海军码头—同文路—民族路—演武大桥—环岛路—厦门国际会展中心”，后来由于交通和城市发展等因素，几次进行微调，但基本走向都不脱这个雏形。
2004年，厦门国际马拉松赛的比赛路线首次调整：参赛者跑上演武大桥后，不必中途下桥跑进曲折的“民族路—同文路”一段，而是由演武大桥直通鹭江道，返程时同理。筼筜湖周边的赛道，则不走白鹭洲路而改跑湖滨中路，从而在进入湖滨北路时东西分流，全马跑者往西继续竞赛，半马跑者往东向终点冲刺。全马跑者在通过湖滨北路后，需右拐进入东渡路，至中国外运福建有限公司门口折返。经过调整的这条路线，一直沿用至2007年。
2008年，厦门国际马拉松赛的比赛时间提前到1月份，使气候条件更适宜于比赛。而比赛路线再次调整：通过厦大白城后，跑者不上演武大桥，而经大学路、民族路至鹭江道，返程时再经过演武大桥，这样的微调，增加了观众与运动员之间的互动。该线路沿用至2013年。
2014年，厦门国际马拉松赛对比赛线路进行微调，为体现中华历史文化名街和独特闽南骑楼文化，比赛线路首次改跑中山路、思明北路，展现了百年老街的文化底蕴和丰富的赛事内涵。
2015年，厦门国际马拉松赛对比赛线路进行大调整：为配合厦门国际会展中心四期的建设，保障赛事的顺利举办，该年度主会场设在五通灯塔公园正门前，线路主要在环岛路，全程马拉松线路继续采取折返的形式，折返点在厦门大学白城天桥下，半程马拉松线路的终点则设在龙虎山路小白鹭艺术中心。
2016年，厦门国际马拉松赛仅设置马拉松与5公里健康跑两个项目。比赛线路再次调整：全程马拉松首次尝试起、终点不在同一地点：起点回到会展中心，线路主要在环岛路，并且不再经过民族路，改回两度跨越演武大桥，折返点则设在鹭江道信隆城附近，终点为五通灯塔公园。
2017年，厦门国际马拉松赛仅设置全程马拉松项目，赛事起终点回归厦门国际会展中心，折返点设在厦门世侨中心。
2018年，更名后的厦门马拉松对比赛线路也做了调整：折返点从3个减少为2个，在5公里的98金钥匙位置不再右拐进入云顶隧道，而是直接沿着环岛路继续前行；第一折返点约16公里，设在鹭江道第一码头枢纽站正对面；第二折返点36-37公里之间，设在了环岛路观音山旅游度假区。另外，在会展酒店门口的32公里及40-41公里处，跑者不需再经过下穿隧道，而是直接从隧道左右两侧的直行道路通行，减少了因为下坡、上坡给跑者带来的腿部负担。
2019年，厦门马拉松对比赛线路做了调整：删减了环岛东路观音山路段，新增湖滨南路、白鹭洲路、湖滨西路等市中心筼筜湖周边道路以及大学路，可以让跑者更好地感受厦门的人文与城市建设发展，并增强厦门市民与跑者的互动。
2019年比赛线路
厦门国际会展中心（起点）→会展路→会展南路→环岛南路→大学路→演武路→演武大桥→鹭江道→湖滨南路→白鹭洲路（绕人民会堂折返）→白鹭洲路→湖滨南路→湖滨西路（折返）→湖滨西路→鹭江道→演武大桥→环岛南路→会展南路→会展路→厦门国际会展中心（终点）。
比赛时间
2003年至2007年：每年三月的最后一个星期六
2008年至2016年：每年一月的第一个星期六，遇1月1日则顺延一日至1月2日
2017年：1月2日（星期一）
2018年：1月7日（星期日）
2019年：1月6日（星期日）
报名信息
2019年报名信息：
（一）报名时间：2018年8月31日至9月20日18:00；
（二）年龄要求：比赛当年年满20岁（1999年12月31日前出生）；
（三）身体要求：马拉松运动是一项大负荷、高强度、长距离的运动，也是一项高风险的竞技项目，对参赛者身体状况有较高的要求。参赛者应身体健康，并具备长期参加长跑锻炼或训练的基础。有以下身体状况者禁止报名参加比赛：
1、先天性心脏病和风湿性心脏病；
2、高血压和脑血管疾病；
3、心肌炎和其它心脏病；
4、冠状动脉病和严重心律不齐；
5、血糖过高或过低的糖尿病；
6、比赛日前2周患感冒；
7、孕妇；
8、其它不适合运动的疾病。
（四）报名办法：
1、参赛规模3.5万人，报名采用预报名方式，报名人数超过限定名额后，将以抽签方式确定参赛资格；
2、不接受团体报名；
3、报名参赛者可在规定时间内，登录赛事官方网站或关注赛事官方微信号按相关要求进行预报名。报名选手须按照系统要求提交个人近期免冠1寸照一张及个人有效证件正、反面照片一张。
4、可直接获得参赛资格的对象：
（1）组委会特邀选手和境外友好城市选手；
（2）获得厦门马拉松赛永久参赛号选手；
（3）海峡两岸城市马拉松邀请赛选手；
（4）厦马精英级选手，提供2016年1月到2018年5月举办的国际田联金、银、铜标赛事或AIMS相关会员赛事的完赛成绩证书，或者2016年1月1日至2018年6月1日期间在中国田径协会认证为“A类”的赛事可查询到的个人马拉松完赛成绩（截止报名时间内以“中国马拉松信息平台”上可查询到的成绩数据为准），达到“厦马精英级”的选手。
（5）中国马拉松大奖赛暨“我要上奥运”系列活动100名“千人跑团”直通名额及500名“万人跑团”直通名额，采用先报先得方式。
（6）参加由厦门文广体育有限公司运营的路跑赛事中，获得直通资格，且年龄符合马拉松竞赛规程规定的选手。
（7）国外选手。
（8）港、澳、台地区选手。
（9）公益跑200名。选择公益跑的选手采用先报先得方式，无须进行抽签，额满为止。
（10）2018建发厦门马拉松赛报名成功后未参赛选手（须为未领取参赛物资者）。
5、其他报名者需抽签获得参赛资格。
6、为感谢厦门市民和跑者对厦门马拉松的支持和参与，组委会另外安排1500个名额，提供给常住厦门（以身份证或2018年8月31日前取得的居住证为准）的未中签选手作为补录。具体操作办法将在正常报名结束后，视情况公布。
7、不予报名参赛选手
（1）因违反2016建发厦门（海沧）国际半程马拉松赛和2017建发厦门国际马拉松赛有关规则，被组委会处以禁赛处罚的选手；
（2）因违反相关赛事规则，被中国田径协会处以禁赛处罚的选手；
8、累计满10届参加厦门马拉松赛并在关门时间内完赛者（以历届成绩册为准），再次报名参赛时可享受特定的参赛号码。具体申请方式如下：
（1）申请者应先进行赛事注册报名；
（2）请报名者将历届完赛成绩证书及个人有效证件复印件，快递至组委会报名处，或将历届完赛成绩证书及个人有效证件扫描件，以邮件方式发送至报名处邮箱，邮件名请标识为“申请永久号报名-姓名-联系电话”。
（3）提交材料截止时间为：2018年9月20日18:00止。
（五）报名费：
1、中国籍选手（含港、澳、台地区）：每人120元人民币
2、外籍选手：每人50美元。
3、公益跑：每人2000元人民币。
4、特邀运动员、厦门马拉松赛永久参赛号选手、海峡两岸城市马拉松邀请赛选手均免收报名费。
5、中国马拉松大奖赛暨“我要上奥运”系列活动，100名“千人跑团”直通名额免收报名费。
6、经组委会确认获得参赛资格者，报名费将不予退还。
（六）报名方式：
1、登录厦门马拉松赛官网在线报名。
2、登录厦门马拉松赛官方微信号点击赛事报名。
（七）组委会将从获得参赛资格的选手中，抽取200个名额（不含公益名额），享有不超过两人的亲友在终点划定区域，为其颁发完赛奖牌的资格。请选手在报名时，对是否参与抽取此项资格，作出选择。
（八）组委会不鼓励选手在参赛时携带旗帜、拉横幅、标语或佩戴非官方配速气球。有此需求的选手，请在报名时作出选择，其参赛号码会被分配到第三枪发令的最后一个方阵中。如未选择，将不允许携带上述物品进场参赛，请选手予以理解和配合。
（九）正常报名后，通过赞助商等合作伙伴渠道报名的选手，无论其报名成绩如何，其参赛号码会被分配到第三枪的最后一个方阵中。
（十）报名流程：登录官网注册→阅读竞赛规程、报名须知、参赛选手声明、保险声明→填写信息→完成缴费→等待审核、抽签→中签获得参赛资格→未中签者退还报名费。
每年中央电视台四套《海峡两岸》和《中国新闻》栏目播出宣传广告片，厦门电视台、厦门卫视每天滚动播出宣传广告，每年有百家境内外媒体500多名记者参与赛事宣传报道。中央电视台体育频道与厦门电视台进行了全程航拍的现场直播，中央电视台体育频道和全国省级电视台协作网、城市电视台协作网的40个省市电视台以及中国台湾网、马来西亚家娱频道都通过信号传输进行同步直播。
配套活动丰富多彩
赛事安排大量的配套活动，让马拉松贯穿全年。举办马拉松嘉年华、全国重点高校大学生马拉松邀请赛体育用品博览会、摄影大赛、马拉松拉拉队大赛，形象大使选拔赛、马拉松市长论坛，马拉松圣火点燃仪式，国际马拉松会员城市摄影展、化妆马拉松，花车巡游、特技风筝表演、汽车越野赛等配套活动，形成了比赛与配套活动相呼应，市民广泛参与喜庆、热烈气氛，成为广大市民盛大的节日。
拉动城市经济
每届赛事都云集了众多的参赛者、旅游者，带来了巨大的商机，每年给厦门市相关企业带来的各项经营收入超过了2亿元；厦门国际马拉松赛品牌度的不断提高，吸引了众多的企业参与，赞助商借助马拉松充分展示了企业形象。
促进两岸体育交流
台湾、金门、澎湖等地积极组团，通过“小三通”途径参赛，开创两岸体育交流的先河。每年有来自台湾地区的大学生踊跃加入志愿者服务队伍的行列，参与赛事的服务保障。台湾东森电视台、中国台湾网通过信号传输对比赛进行了全程同步直播，台湾TVBS、中天、三立、民视、中视也通过信号传输进行了全程报道。赛事形成了两岸交融互动和共同参与的良好氛围和特色。
1月15日电中国田径协会14日发布对2019厦门马拉松赛中呈现违规行为的追加惩罚通知，涉事5人两年内克制介入中国田径协会所有认证赛事。就在半个月前，田协下发对多起马拉松违规事件处理惩罚环境的传递，为整治乱象连出重手。
