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查干湖自然资源十分丰富，这里有狐、兔、獾等野生动物20多种，有国家一级重点保护的东方白鹳、黑鹳、丹顶鹤、白鹤、白头鹤、金雕、白尾海雕、大鸨、中华秋沙鸭等9种。国家二级重点保护的白天鹅、黑脸琵鹭等35种。珍贵鸟类80多种，野生植物200多种，其中药用植物149种。查干湖盛产鲤鱼、鲢鱼、鲫鱼、武昌鱼等15科68种鱼类，年产鲜鱼6000多吨。其中“查干湖胖头鱼”经国家绿色食品认证中心认证为2A级绿色食品、有机食品，远销省内外。
查干湖自然保护区生境以湖、泡、江、河以及沼泽湿地为主，但还有林地、田野、草甸、灌木丛和居民点等，因此，赖以栖息、生存的鸟种也较多。据考察有239种，隶属于16目17科，占吉林省鸟种数（334种）的71.6%。在这239种鸟类中，以水禽类居多，计101种，占区内鸟种数的41.3%，其中包括有鸊鷉目、鹈形目、鹳形目、雁形目、鹤形目、鸥形目及佛法僧目翠鸟科的鸟类；另外，雀形目鸣禽类鸟种也很丰富，计100种，占41.8%；再者是猛禽类23种，占9.6%。
按鸟类居留型来分析，本区鸟类以旅鸟种类居多，计109种，占45.6%；其次是夏候鸟，计97种，占40.6%；这说明本保护区是候鸟的重要繁殖地和迁徙途中的重要停歇地。再者留鸟17种，占7.1%；冬候鸟9种，如鵟、毛腿沙鸡、白腰朱顶雀、北朱雀、铁爪鹀等占3.8%；还有7种游荡鸟，即金雕、大斑啄木鸟、煤山鸟及沼泽山雀等，仅占2.9%。区内这些种鸟类，除了东方白鹳等8种国家I级保护物种，黑脸琵鹭、白琵鹭等35种国家II级保护物种，以黄脚三趾鹑、小沙百灵、小嘴乌鸦、鹪鹡、领岩鹨、沙即鸟和小蝗莺、普通鸦等20种鸟外，均为国家要保护的“三有动物”，计175种，占73.2%。
保护区有哺乳类兽类动物25种，隶属于5目12科。占吉林省兽类总数（81种）的30.9%。在这25种兽类中食肉类动物计5种，占33.3%。包括狼、赤狐、貉、黄鼬及艾鼬。啮齿目种类最丰富，计15种。占区内兽类的60%。包括草原黄鼠、三趾跳鼠、黑线仓鼠、布氏田鼠、麝鼠、草原鼢鼠及巢鼠等。此外有兔形目的草原兔，食虫目的达乌尔猬。有8种为国家要保护的“三有动物”，占区内兽类总数的53.3%。
1986年8月2日，吉林省人民政府〔吉政函（1986）131号文〕批准建立吉林省查干湖自然保护区，列为省级自然保护区。设立吉林省查干湖自然保护区管理局，由前郭县政府领导，吉林省环境保护局负责业务指导。
2004年，吉林省人民政府批准了《吉林查干湖省级自然保护区总体规划》。
2007年4月6日，国务院（国办发[2007]20号）正式批准查干湖自然保护区为国家级自然保护区。
查干湖湿地通过蒸发和植物蒸腾，不断的补充大气中的水汽，对调节吉林省西部半干旱地区气候具有重要作用。湿地大量地吸收大气中的二氧化碳，减缓区域的温室效应，净化环境，促进污染物沉积或被吸附，多样化的厌氧环境，通过多种化学反应可去除污染物。
查干湖特殊的地理环境，大面积的湿地，以及周边的高草丛沼泽、沼泽化草甸、草原，使这里的湿地鸟类和草原鸟类居多。周边林地面积小，依附森林的鸟类较少。众多的鸟类维系着湿地，湿地又为鸟类提供丰富的食物和栖息繁衍场所。因此，吉林查干湖国家级自然保护区具有重要的生态价值和保护意义。
