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元初经略南宋，始作内乡县治所，此前为渚阳镇巡检司所在。元移治后，于成宗大德八年（1304年）利用原渚阳镇（今城关镇）巡检司故址创建。元初移治时确定下来的县署在以后的时代没有改动。
明代的县衙明初按国家所“颁定制”葺修故址，在元代的废墟上重建。初形制并不完备，洪武七年（1374年），县令史惟一在任时方葺修略备。此后，内乡县衙景泰二年（1451年）曾重修，天顺六年（1462年）鼎建后堂，对正统年间的布局稍事增设。成化十五年（1479年）沃颊到任，经此历时14个月的重建，县衙“规模宽广、制度大胜于前”。
明清易代之时，县衙同样遭兵燹不能完存。清初在“芒嫖之余”的旧址逐渐恢复。顺治十八年（1661年）知县张凤翼修县署，康熙五年（1666年）知县马万里修大堂、戒石坊、寅宾馆等，房舍达300余间。康熙十九年（1680年）知县高以永重修二堂及左右夹房，并改“思补”为“琴治”。到康熙中叶，恢复工作仍在进行。因恢复建利用了明代遗留的废墟，明代的布局在清初仍延续并被修志者记录，其后嘉庆、道光年间俱有修葺。此后到咸丰年间，衙署布局建置，包括圮毁的废墟基本维持原状。咸丰七年（1857年）二月十七日，捻军由湖北奔袭内乡，县衙遭焚毁；其后35年，历12任知县都未修复县衙，一直借察院办公。光绪十八年（1892年）钦加同知衔（正五品）章炳焘知内乡县事，在任九年，得以专心修筑，经过两年筹备，于光绪二十年（1894年）展开了对内乡县衙的修建，历时3年得以恢复重建，并得以保存。
民国时期，内乡县衙作为内乡县高行政公署办公场所。
后到1968年，旧衙门仍被用作内乡县高行政机关。1983年，才作为“珍贵历史遗迹”在河南省文物普查中被重新发现。
1985年底前，占用原大堂、二堂、三堂及各堂厢房的文化局、教育局、司法局、公安局、供销社等机构实施搬迁。
1985年底全国早的官署博物馆“内乡县清代县衙博物馆”成立。1996年11月20日，内乡县衙被公布为全国重点文物保护单位。
1997年始，内乡县人民政府决定恢复县衙全貌，至1997年岁末，修建了寅宾馆、后花园等。
1998年秋到2000年4月底，逐步拆除了328间原包围衙署遗迹的建筑，陆续修建了标为县丞衙、主薄衙、仪门、戒石坊、三班院、衙神、狱神、土地祠、吏舍的建筑共计116间，重新以石条铺砌了甬道，重建了照壁等。
2012年采取“政府引导，市场化运作”模式筹资6.9亿元围绕内乡县衙建设县衙历史文化街区，现已初步形成集旅游、购物、住宿、餐饮、休闲、娱乐为一体的旅游服务业集群。
2016年1月4日，宝天曼生态文化旅游区经国家旅游资源规划开发质量评定委员会专家评审，被列入创建国家5A级旅游景区预备名单，内乡县衙国家5A级景区创建进入后的百米冲刺阶段。
2016年12月29日，河南省旅游局向国家旅游局递交了宝天曼生态文化旅游区的申请评定报告书，正在等待近期国家局组织的5A级专家暗访验收工作。
内乡县衙始建于元朝大德八年（1304年），光绪年间，章炳焘（字厚甫，浙江会稽人）受命知内乡县事，重建了县衙。经不断扩建修葺，内乡县衙占地面积47000多平方米，有大小院落18进，房舍260余间。
内乡县衙前部建筑，当时建筑造型要求宏伟壮丽，庭院明朗开阔，象征封建政权至高无上，后部内堂却要求深邃、紧凑，因此东西自成一体，各有宫门宫墙，相对排列，秩序井然。
内乡县衙严格地按《明史》、《清会典》所载的“坐北朝南、左文右武、前堂后邸、监狱居南”的建筑规制一致，分别比附北京故宫的太和、中和、宝和三大殿而建，同时又受其地理位置和其主持营建者、工部下派官员浙江人章炳焘的影响，融长江南北的建筑风格于一体，整个县衙，在建筑布置上，用形体变化、高低起伏的手法，组合成一个整体。在功能上符合封建社会的等级制度。同时达到左右均衡和形体变化的艺术效果。
内乡县衙中轴线上排列着主体建筑大门、大堂、二堂、迎宾厅、三堂，两侧建有庭院和东西账房等，共6组四合院，85间房屋，均为清代建筑。整个建筑布局对称、合理、紧凑，主次分明，高低错落，井然有序，浑然一体。
县衙作为封建社会基层代表，是知县行使权力，也是衙门里官差办公的地方。所谓“民非政不治，政非官不举，官非署不立”之识，统治阶级十分重视对衙署的设置，且有一定的规制：“各省衙署治事之堂为大堂、二堂，外有大门和仪门，宴息之所为内室、群室，吏攒办事之所为科房”。按照明清时期衙署的建筑规制，内乡县衙总平面布局沿中轴线呈“一心三带二区”的空间结构。