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四川马边大风顶自然保护区是1978年经国务院批准建立的自然保护区。
1994年7月，原林业部确认该保护区为国家级自然保护区。
1996年马边彝族自治县机构编制委员会马确定该保护区机构为副科级事业单位，人员编制15名，事业经费由县财政拨付。
1997年保护区管理机构升级为正科级，属马边县人民政府直属事业单位。
2000年11月完成保护区总体规划，2001年元月6日国家林业局予以批准。
2007年10月完成《四川马边大风顶国家级自然保护区总体规划（修编）》、《四川马边大风顶国家级自然保护区功能区调整综合论证报告》及《国家级自然保护区功能区调整申报书》.
2009年6月2日，国家林业局批准同意保护区功能区调整。
马边大风顶国家级自然保护区位于四川省乐山市马边彝族自治县境内，地理位置为东径103°14ˊ～103°24ˊ、北纬28°25ˊ～28°44′之间。
保护区地质构造属马边西部地区扬子准地台西缘，康滇地轴北段，凉山褶皱带，呈南北纵向平列，构成横断山系的一部分。断裂构造发育，河流切割深，地形起伏大。其中，南部主要出露震旦系、寒武系、奥陶系和志留系11组灰岩、石英砂岩和硅质白云岩等；北部有志留系、二迭系玄武岩和三迭系各组的砂岩、石灰岩、石英质页岩、白云岩等。
保护区属山地地貌，为全国地势的第一阶梯向第二阶梯的过渡地带。地势由西南向东北倾斜，境内峰峦重叠，岭谷相间，山高路险。黄茅埂是大小凉山的分界线，其主峰大风顶海拔4042m。按地貌类型，可分为二个地貌区：一是中山区，即海拔1200m～3500m的地区，山体高大，沟深谷狭，石灰岩分布较多，在流水作用下，岩溶地形发育，溶洞奇特；二是亚高山区，海拔3500m～4042m，这里冷冻时间长，主要分布有亚高山草甸土。
保护区由于地势相差高度大，立体气候明显，气候冬季长而寒冷，夏季短而温凉，四季分明。保护区为深切割的中高山地，地势由中部向东西两侧倾斜，由于本地区处迎风坡向，阻挡了东南季风的运行，强大的东南季风与北方的冷空气在此交汇，形成地形雨、热带雷雨、气旋雨，雨量充沛，为“华西雨屏”、“天漏”的组成之一。
保护区雨日多达240d左右，年降水量1800～2000mm。冬季雨少，1月份最少为平均6.1mm。夏季雨量最多，占全年的62%，其中：8月份最多，平均为275.3mm，最多达486.1mm。入秋后雨量迅速减少，但雨日多，因此，形成冬干春旱、夏洪秋涝的降水特征。降水强度：1d最大雨量205.2mm，3d最大雨量225.0mm；1h最大雨量67.6mm。年降雨量≥1000mm的保证率为75%，≥900mm保证率为85%。4～8月≥600保证率为86%。
保护区多年平均日照为960.8h，仅为可照时数的22%，比同纬度的华东地区偏少50%，是全国低值区之一。一年之内，月季变化也十分明显，夏季日照时间较长，秋冬较少。
保护区内主要河流有大院子河和挖黑河，是岷江流域马边河的发源地之一，河流主要靠降水、溶雪水和地下水补给。其特点是：流程短、落差大，水量充沛，水能蕴藏丰富，河水清澈，具有较大的水电开发潜力。
大院子河：又名高卓营河，源于大风顶主峰摩罗哦觉西南侧，向西南流经觉都至麻咪泽，急转向北，经永红、铁觉、高卓营、白家弯、烟峰，至苏坝乡河口注入马边河。长47km，集雨面积564km，年径流量6.49×108m。主要支流有洛依突比、览郭界依孜曲、马洛口依达、蚂蟥沟、罗城依达、白家弯河等。
挖黑河：又名瓦侯河，源于美姑县北端的依子垭口南侧，约53km，集雨面积488km，年径流量6.16×108m。主要支流有挖皆哈罗、挖黑南河、阿基尔祖等。[3]
受复杂的地形、地理位置和气候条件的影响，使土壤类型形成明显的垂直分布：
山地黄壤：主要分布在海拔1800m以下，成土母质多为沙页岩、玄武岩、黄色粘土岩风化物，黄化为其特征。多数具粘酸瘦性质，尤缺磷，但水热成分较稳定。
黄棕壤：主要分布在海拔1800～2200m，母岩多为各种沙岩、石灰岩、玄武岩、泥岩等，母质为坡残积。质地粘，有胶膜淀积，pH值为5。表层淡紫色，覆着棕色、暗棕色胶膜或铁锰结核，心土层棕色，粘粒聚集多，有的形成粘盘。
棕壤：主要分布在海拔2200～2400m，母岩为灰岩、沙页岩，母质为残坡积。质地轻壤，其典型剖面表上呈黑棕色，心土鲜棕色。pH值为6.8，近中性。
暗棕壤：主要分布在海拔2400～3000m，母岩为灰岩、沙岩、玄武岩等，母质为坡残积。土体表层为黑棕夹灰白色，发育层次不明显，质地轻砾质土壤，酸性土。
灰化土：主要分布在海拔3000～3600m，母质多为坡残积物，呈灰白色，厚250px左右，片状结构，心土呈暗棕黄色，有明显的腐质淀积。pH值4.1～5，酸性土，质地轻砾质中壤。
亚高山草甸土：主要分布在3600m以上，母质为坡残积，厚度大于1500px。草皮层厚250px左右，含有机质7～15%，C/N比大于10，pH值5.4～5.8，呈酸性。质地轻砾质中一重壤。
保护区木本植物有160种，其中乔木有109种，顶极植被为常绿阔叶林。植被尚保持近原始状态，覆被率高，林区面积占总面积的近83%。植被垂直分异明显：
（1）海拔2000米以下为常绿阔叶林带，以樟科为主，壳斗科次之，常见的润楠、油樟、木姜子、峨眉栲、木荷等；
（2）海拔2000～2400米之间为常绿落叶阔叶混交林，常绿树种以包石栎、曼青冈为主，落叶树种有槭、桦、珙桐等；
（3）海拔2400～2800米之间为针阔叶混交林，组成树种为云南铁杉、油麦吊杉、槭、桦、椴以及红豆杉、三尖杉、枫杨、水青树等；
（4）海拔2800～3700米之间为亚高山针叶林带，优势树种为冷杉；
（5）海拔3700米以上为高山灌丛草甸和高山草甸。
药用植物：保护区是药用植物宝库，据调查，共有174科、405属、1619种，其中天麻、黄连、朱砂莲、吴芋、杜仲、黄柏、木瓜、厚朴、乌梅等量大质优，为主要外销药材。
工业用植物：包括木材资源、纤维植物、鞣料植物、香料用油脂植物、染料植物、经济昆虫寄生植物等。
食用植物：包括淀粉植物、蔬菜植物、食用油脂植物、维生素植物、菌类植物、饮料植物、香料植物、蜜源植物等。
野生观赏植物：保护区内观赏植物丰富，其中以杜鹃花属、兰花属等分布广、品种多。据调查，保护区内有30多个兰花品种，其中名贵的有春剑素兰、墨兰、秋素兰、牙黄素兰、大红朱砂兰等。保护区内的杜鹃花约50多种，从春到秋，从河谷到山顶，各种杜鹃依次争艳，把保护区的山山岭岭打扮成花的世界。
竹类资源：区内竹类资源丰富，种类多，面积大。主要有刚竹、水竹、大节竹、方竹、玉山竹、大箭竹、冷箭竹、筇竹、箬竹等。竹林分布范围为海拔1300～3700米的广大区域，其覆盖度一般多达80%以上。竹类种群结构的多样性给大熊猫提供了丰富的食物。
保护区国家级保护植物一级有珙桐、桫椤、连香树等；二级有水青树、木瓜红、银杏、杜仲、篦子三尖杉等；三级有领春木、银鹊树、楠木、麦吊云杉、筇竹、厚朴、大王杜鹃、延龄草、天麻等。
保护区陆生脊椎动物有261种，其中兽类58种、鸟类186种、爬行类10种、两栖类7种、鱼类7种。动物区系特点是：
（1）起源古老，保护区是冰川时期的生物“避难所”，大熊猫等动物才得以保存至今；
（2）动物成分复杂，高山多北方成分，低谷多南方成分，地理分布上的过渡性现象突出；
（3）特有种类多达30多种，如兽类中的大熊猫、鸟类中的四川山鹧鸪、爬行类中的康定滑蜥和美姑脊蛇、两栖类中的大凉疣螈和宝兴树蛙、鱼类中的齐口裂腹鱼和唇跳等。
保护区内野生动物，以横断山脉——喜马拉雅物种为主，代表动物有大熊猫，金丝猴、扭角羚等，其中大熊猫大约30～40只，占小凉山山系大熊猫野生种群的三分之二，主要栖息在皆日依莫、依惹、捏史觉、马依补希沟北面支沟、郭色拉打、戈皆拉打、日别依皆等沟系的有林地区域。此外，保护区内还有四川山鹧鸪、小熊猫、血雉、红腹角雉等许多珍稀保护动物，其中国家一级保护动物9种，有大熊猫、扭角羚、云豹、豹、绿尾虹雉、灰腹角雉、四川山鹧鸪等；二级保护动物38种，有猕猴、短尾猴、小熊猫、金猫、岩羊、斑羚、水鹿、林麝、白腹锦鸡、红腹锦鸡、白鹇、大鲵等。
绿尾虹雉——国家一级保护动物
鸡形目、雉科。体长76～81厘米。雄鸟头顶具向后耸起的冠羽，呈绿色且有蓝紫色金属反光；后颈、颈侧及上背呈金属红铜色；腰后部及尾大部分呈金属绿色；下体纯黑。雌体色较暗，下背白色，尾羽具灰棕色和暗褐色横斑。
绿尾虹雉栖息于海拔4000米左右的高山草甸、灌丛或裸岩，通常一雄一雌活动。清晨或黄昏出来觅食，主食植物嫩叶、嫩茎，尤喜食贝母的球茎。4～5月进入繁殖期，每窝产3～5枚卵，孵化期为25～26天。绿尾虹雉为留鸟。
灰腹角雉——国家一级保护动物
鸡形目、雉科。体长约60厘米。头部黑色，具有橙红及黑色羽冠；颈部红色，上体余部满布白色和栗赤色眼状斑；腹部烟灰色。翅短圆，雄鸟两眼上方各具有一个肉质的角状突。脸及喉部裸皮黄色，喉皮缘淡蓝。
灰腹角雉栖息于海拔3000米左右的山地，常见于森林中的灌木丛中，为留鸟。
小熊猫——国家二级保护动物
食肉目、熊科，又名金狗。外形肥壮似家猫，但较猫肥大；体长40～63厘米，尾长为体长的一半以上。头部短宽，吻部突出，圆脸，颊有白斑，耳大直立向前，身被红褐色长毛，四肢短粗为黑褐色；尾长而粗并杂有环纹。
小熊猫生活在2000米左右的高山丛林中，以河谷、盆地附近的起伏地带为栖息地。早晚外出觅食，白天隐匿于石洞或树洞中休息，多三五成群活动。喜食冷箭竹及大箭竹叶及嫩枝，也吃树叶、果实及小动物。早春3～4月发情，5～7月产仔，妊娠117～122天，每胎产2～3仔，一年后即发育成熟。
两栖爬行动物调查
2005年7月中旬至下旬对四川马边大风顶自然保护区的两栖爬行动物进行了调查。该次调查共采得两栖爬行动物标本17种，隶属于9科3目。结合文献资料，该保护区现已知有两栖爬行动物27种（亚种，隶属于12科4目。其中，两栖动物13种（亚种），隶属于7科2目；爬行动物14种（亚种），隶属于5科2目。该保护区物种组成较丰富，没有古北界的成分，特有种所占比例较高。马边县新纪录9种，大鲵已被收入“濒危野生动植物种国际贸易公约（CITES）”附录I，大凉疣螈和脆蛇蜥已被收入《中国濒危动物红皮书》，大鲵和大凉疣螈是国家Ⅱ级重点保护野生动物。该保护区和四川美姑大风顶自然保护区的两栖爬行动物Sorenson指数为36.7%。
马边大风顶自然保护区是以保护大熊猫、及其生境为主，全面保护其它濒危珍稀物种及其栖息地和森林生态系统，是集物种与生态保护、科学研究、对外交流与合作、科普宣传、水源涵养、生态旅游、持续利用等多功能于一体的综合性国家级自然保护区。
根据《中华人民共和国自然保护区条例》、中华人民共和国国家标准《自然保护区类型与级别划分原则》（GB/T14529-93）、《森林和野生动物类型自然保护区管理办法》的规定，四川马边大风顶国家级自然保护区属于森林和野生动物类型自然保护区。
马边大风顶自然保护区是以保护大熊猫、川金丝猴、羚牛、珙桐、水青树等珍稀濒危野生动植物及其栖息地为主要对象的自然保护区。
（1）保护大熊猫凉山山系种群及其栖息地
（2）保护川金丝猴、羚牛、藏酋猴等其他国家I、II级保护野生动物及其栖息地
（3）保护珙桐、连香树、水青树等国家I、II级保护植物
（4）保护森林生态系统及其生物多样性
马边大风顶自然保护区是以保护大熊猫及其生存环境为主，全面保护其它濒危珍稀物种及其栖息地和森林生态系统，是集物种与生态保护、水源涵养、科普宣传、科学研究、对外交流与合作、生态旅游、持续利用等多功能于一体的综合性国家级自然保护区。
保护区内，植被垂直带谱明显，完整保存了从亚热带常绿阔叶林至高山流石滩稀疏植被等多个不同的生态系统类型，从海拔1800～2500m广泛分布有国家一级保护植物珙桐为建群种的林分，重点保护植物种类繁多。同时，本区内还具有气候、土壤的完整垂直带谱。保护区的野生植物系统充分体现了该保护区保护对象的多样性、典型性、整体性。
保护区的森林面积大、覆盖率高，加之独特的地理气候条件，使其成为川南地区重要的生态屏障，发挥着巨大的森林生态效益，如涵养水源、调节气候、保持水土、净化空气等。特别是保护区水土保持、水源涵养的功能，对保护岷江的水质和流量等都具有重要的作用。
保护区及周边地区沟壑纵横，水流量大，落差大，利用丰富的水能资源建立小电站，既可解决保护区自身用电需要，增加经济收入，也可满足周边居民生产、生活用电，缓解当地居民对保护区及周边地区森林资源的破坏。
马边大风顶国家级自然保护区是中国的重要自然保护区之一，具有较高的保护价值和科学研究价值。保护区在动物地理区系上属东洋界过渡地带，该区域内的大熊猫位于整个大熊猫现代自然分布区狭长条状弧形带的尾端，现有野生大熊猫占整个凉山山系大熊猫总数的2/3，并与相邻的美姑、峨边、雷波等地形成独立的凉山大熊猫野生种群，既是野生大熊猫生存繁衍的重要地带，又具有与邛崃山系和岷山山系不同的特征，成为大熊猫野生种群和遗传多样性保护的关键区域之一。
该保护区的建立，不仅有利于大熊猫、羚牛等珍稀濒危物种以及中亚热带山地生态系统的多样性保护，而且对于研究保护区内气候、土壤、动植物区系的发生和演化，生物多样性的形成和演替，也具有非常重要的意义。
根据有利于保持森林生态系统的完整性，为保护对象创造良好的生存、栖息环境。有利于保护区自然资源和生境的保护管理和持续利用，最大限度地发挥保护区的生态、社会、经济三大效益。有利于保护和科研等基础设施的建设，便于科研活动的开展和对外交流合作的原则对保护区进行功能区划。
根据《中华人民共和国自然保护区条例》第十八条“自然保护区可以分为核心区、缓冲区和实验区”以及“原批准建立自然保护区的人民政府认为必要时，可以在自然保护区的外围划定一定面积的外围保护带。”等规定作为保护区功能区划分的主要依据。同时，结合保护区自然地理特征、生态环境条件、生物物种、植被类型组合的地域分异和利用现状等因素进行功能区的划分。
功能区划分：
（1）核心区是保护区内保存完好的各种原生性生态系统及大熊猫等珍稀濒危动植物集中分布地，栖息环境条件好，区内无人为因素的干扰和影响，其范围包括了保护区的大部分原始林区。
核心区面积20110公顷，占保护区总面积的66.7%。
核心区是保护区的最重要区域，主要任务是保持其生态系统不受人为干扰，在自然状态下进行更新和繁殖，保持其物种多样性，成为所在地区的一个遗传基因库。
核心区禁止任何单位和个人进入。如确因科研需进入核心区时，应事先向保护区管理处提出申请，并经省级以上主管部门批准后，方可在核心区从事相关科学研究工作。
（2）缓冲区位于核心区外围，对核心区起保护与缓冲作用，扩大和延伸被保护物种生存和活动的区域。缓冲区由保护区内部分原生性生态系统、次生生态系统组成。缓冲区内可以进行某些试验性或生产性的科学研究，但需事先向保护区管理处提出申请，经主管部门批准方可。缓冲区内禁止狩猎、经营性采伐和旅游活动。
缓冲区面积5180公顷，包括保护区内大部分采伐迹地，占保护区总面积的17.2%。
（3）实验区实验区位于缓冲区外围，由部分原生或次生生态系统及人工生态系统（包括荒山荒地）组成，是人为活动相对频繁的区域，区内可以在国家法律、法规允许范围内进行植物引种、栽培和动物饲养、驯化等科学试验，开展生态旅游、发展多种经营。
实验区面积4874公顷，包括高山牧场以及生态旅游活动区域，占保护区总面积的16.1%。
（4）外围保护带保护区周边地区森林面积大，珍稀动植物资源丰富。与保护区相邻的觉罗豁林场、中山林场均为原始林区，面积12179公顷，其中森林面积9526公顷，森林覆盖率80.5%，活立木蓄积量达150多万立方米；该区域已纳入天然林保护工程。
保护区周围的永红、高卓营、白家湾、烟峰、沙腔、梅子坝等乡亦有大面积的天然林和天然次生林，森林面积7348公顷，活立木蓄积约57万立方米。
由于保护区周边地区茂密的森林、特殊的环境，使其成为与保护区同等重要的大熊猫等珍稀动植物的栖息地。为了加强对该区域的大熊猫及其栖息环境的保护，形成完整的保护区域，规划将该区域划为外围保护带，北至马边河，东到高卓营河，外围保护带面积共29700公顷，其中国有林场面积12179公顷。
马边—乐山市为二级沥青路面，马边—宜宾市新市镇为砾石路面，马边—凉山州美姑县为砾石路面，交通较为便利。保护区有林区简易公路三条：白家湾保护站—暴风坪—进入保护区内—觉罗豁林场施业区，全长约25km；永红保护站—中山—保护区界，全长约7㎞；永红保护站—麦子坪—保护区界，全长约5㎞。保护区外围保护带有县级公路二条，一条由马边县城—河口—沙匡乡—瓦侯库乡—马边与美姑交界处，全长45km；另一条由马边县城—河口—烟峰乡—白家湾乡—高卓营乡—铁觉乡—永红乡，全长50km。基本能满足自驾车旅游的需要。
截至2013年，保护区内有林区简易公路1条，即白家湾保护站—暴风坪—进入保护区内—原觉罗豁林场施业区，全长约25km，因实施天然林资源保护工程，多年未维修，多处滑坡或被冲毁，已不能满足车辆行驶需求。保护区外围保护带乡村公路主要2条，即马边县城—河口—沙腔乡—瓦侯库—马边大风顶自然保护区与美姑大风顶自然保护区交界处，全长45km，河口—沙腔乡—瓦侯库—马边大风顶自然保护区与美姑大风顶自然保护区交界处为碎石面；另一条由马边县城—河口—烟峰乡—白家湾—高卓营乡—铁觉—永红乡，全长50km，为水泥路面。