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刚果河支流密布，沿途接纳的主要支流，右岸有：卢库加(Lukuga)河、卢阿马(Luama)河、埃利拉(Elila)河、乌林迪(Ulindi)河、洛瓦(Lowa)河、阿鲁维米(Aruwimi)河、伊廷比里(himbiri)河、蒙加拉(Mongala)河、乌班吉(Oubangi)河、桑加(Sangha)河等；右岸左岸有洛马米(Lomami)河、卢隆加(Lulonga)河、鲁基(Ruki)河、开赛(Kasai)河、因基西(Inkisi)河等。
卢库加河、卢阿马河、埃利拉河、乌林迪河和洛瓦河为刚果河上游卢阿拉巴河段的右岸支流，均在刚果民主共和国境内。卢库加河长350千米，流域面积27万平方千米，源自坦噶尼喀湖。
阿鲁维米河是刚果河右岸支流，在刚果民主共和国境内，河长约1300千米，流域面积11.6万平方千米，上游河段称伊图里(1turi)河，发源于艾伯特湖以西的蓝山。
乌班吉河是刚果河右岸最大支流，是刚果民主共和国与中非共和国和刚果共和国的边界河流，由姆博穆(Mbomou)河与韦莱(Uele)河汇流而成。其中姆博穆河全长724千米，流域面积25万平方千米。若从韦莱河源算起，乌班吉河全长2300千米，流域面积77.3万平方千米，多年平均流量7500立方米/秒，径流量2365亿立方米。
桑加河是刚果河的右岸支流，由曼贝雷(Manbere)河与卡代(Kadei)河汇流而成，从卡代河源汁起全长约1300千米，流域面积20万平方千米，流经中非共和国和刚果共和国，部分河段为刚果共和国与喀麦隆的界河，于莫萨卡附近注入刚果河。
洛马米河是刚果河左岸支流，发源于卡坦加高原，河长约1448千米，流域面积11万平方千米，河流深切形成许多瀑布。
卢隆加河是刚果河左岸支流，由洛波里(Lopori)河与马林加(Maringa)河汇流而成，从两河汇口算起河长180千米；从洛波里河源计起全长约1000千米，流域面积7.7万平方千米。河口至巴桑库苏180千米河段全年通航；洛波里河河口至辛巴454千米河段通航；马林加河河口至贝福里408千米河段可通航。
鲁基河是刚果河左岸支流，由布西拉(Buslra)河(源流有楚阿帕(Tsuapa)河、洛梅拉(Lomela)河和萨隆加(Salonga)河)与蒙博约(Momboyo)河(上游段称卢伊拉卡(Luilaka)河)汇流而成。汇口以下于流长105千米，自楚阿帕河河源起至鲁基河的河口全长约1200公里，流域面积17.4万平方千米。以雨水为主要孙给，最大流量发生在每年10-12月和4-6月。鲁基河一布西拉河一楚阿帕河1108千米河段可通航。
开赛河是刚果河左岸最大支流，发源于安哥拉的隆达高原。自河源向东北流，然后向北流(卢奥与卡米通比间为安哥拉与刚果民主共和国的界河)，再向西北流，于夸穆特附近注人刚果河。河流全长1940千米，流域面积90万平方千米，多年平均流量9950立方米/秒，径流量3137亿立方米。
刚果河流域有许多大湖泊，如坦噶尼喀湖、基伍湖、班韦乌卢湖、姆韦鲁湖、利奥波德二世湖<马伊思东贝湖)、通巴湖等。
坦噶尼喀湖是上述湖泊中最大的湖，位于刚果民主共和国、坦桑尼亚、赞比亚和布隆迪边界处，长650千米，宽40-80千米，面积3.4万平方千米，最大水深1470米(仅次于贝加尔湖，深度居世界第二。
刚果河流域地处非洲赤道地区著名的刚果盆地，呈典型的盆状，盆底海拔300-500米，周围为500-1500米的高原和山地。高原山地与盆底之间形成许多陡坡和悬崖，河流在这些地段形成一系列瀑布。例如，刚果河上游的金杜一孔戈洛瀑布群和博约马瀑布；下游的利文斯顿瀑布群。
北起撒哈拉沙漠，南、西至大西洋，东面则与东非各湖区为界的各种不同的地理洼陷中，刚果河流域与众不同。这个流域中各支流呈扇形网沿著同心坡向下流去，这些坡则包围著一个中心洼地。流域本身南北长1900千米以上，西从大西洋东至尼罗-刚果分水线也有相同的距离。
刚果流域的中心部分是一个大洼地，中有第四纪冲积物覆在厚厚的大陆原始沉积物上，主要含砂和砂岩。刚果河体系从其源头至河口有3个不同的部分：刚果上游，刚果中游和刚果下游。
基桑加尼(旧称斯坦利维尔〔Stanleyville〕)恰好位於博约马瀑布的下游(这是一系列7个大瀑布的总称)，标志著可航行的刚果河上游的真正起始点。河的这一中间部分平稳地流过1600千米馀进入离金沙萨约35千米处。河道起初较窄，但很快宽阔起来，之後中游处则有许多岛屿。再由此向前，除了极少数的狭窄部分外，刚果河分成几个通道，中隔成串的小岛。从伊桑吉(Isangi,洛马米〔Lomami〕进入刚果河处)下游的5.5千米宽增加至8-11千米宽——有时，例如在蒙加拉(Mongala)河口就增至13千米。刚果河的中部河道终端是一个狭窄段称水道或走廊。两岸之间不超过0.8-1.6千米，河床加深了，水流亦加快，流经一个深约数百码的河谷流入巴泰凯高原(BatekePlateau)的软砂岩基岩。沿著这条中心河段，刚果河接纳其主要的支流，主要有右岸的乌班吉河和桑加(Sangha)河和左岸的克瓦(Kwa)河。平均流量随後大增，在流入金沙萨时几乎近於其最大流量。
在离开水道时，刚果河分成两个支流形成马莱博湖，该湖标志著刚果河中游的结束。接下来的下游立即出现河道最后一段的第一道瀑布。大瀑布和急流形成两个系列，由相当平静的中心河段所分开。刚果的河口始於马塔迪，这是急流的下游，结束了内陆的刚果河：河口全长134千米，形成安哥拉和刚果（金）的边界线。河口开始较窄，中有河道最深至24米，但是在下游博马(Boma)处渐宽。在这里，河被岛屿所堵塞，分成几个部分，有些地方深不超过7.6米，这就有必要进行疏浚以便远洋轮得以抵达马塔迪。在河口外，刚果水道作为深海底峡谷继续在近海延伸约200千米。
刚果河上游河段年平均降雨量约1300毫米，年平均径流深约200毫米，在全流域属少水区。中游地区气候湿润，年雨量1500-2000毫米，年径流深约500毫米，盆地中心年径流深可达1000毫米，是全流域的多水区。刚果河有较正常的流量，全年有雨水供应。在布拉萨和金沙萨，河的水文变化特征是每年年终为主要最高峰，5月是次要高峰，7月则为大低潮，3和4月则为次低潮。实际上，刚果河下游的水文变化代表了延及赤道两侧20°纬度，约2,250千米距离之内的气候影响。刚果流域大得没有一个单一的气象情势能扰乱其缓慢的水涨水落的运动。但是每年的波动可能有剧烈的变化，当在正常情况下同时到达的各条支流的洪水不同到达时，河水就会暴涨。
全年的湿度一直很高，年降雨量达1700毫米，并且降雨时间相当有规律；即使在最早旱月份，降雨量总计也有75毫米以上。全年温度也一律很高，每日很少有变化。平均温度24℃。
流域的最北部，即在中非共和国境内年降雨量仅200-400毫米，比近赤道之处者少；但是乾旱季节可持续4-5个月，一年只有一次降雨高峰，即在夏季。流域的最南部，在萨巴(Shaba)区域，旱季和湿季的时间长短差不多相等，年降雨量约125毫米。
刚果河支流众多，河网稠密，干流绕行于刚果盆地边缘地带，形成一个向北突出的大弧形，并两次穿越赤道，水量丰富的众多支流从赤道两侧相继汇人，使刚果河常年流量大而稳定，具有典型的赤道多雨区河流的水文特征。平均流量从夏季的3万立方米/秒至冬季的5.7万立方米/秒。从20世纪初所作的连续观测获得的最小流量为2万立方米/秒，而特大洪水流量为8万立方米/秒，平均流量为4.2万立方米/秒。如在金沙萨，刚果河的最大流量与最小流量之比为3:1，是世界大河中流量变化最小的河流之一。但是，由于赤道南北流域范围大小不同，以及支流水量多少和洪水期有异，因而刚果河的水量一年之中仍有涨落，而且上、中、下游的情况有所不同。上游流量最大的时期是9-10月，中下游一年有两次洪峰，第一次在5月，由右岸支流洪水形成；第二次在12月，由左岸支流洪水形成。左岸支流流域面积大，水量也较右岸支流大，故第二次洪水大于第一次洪水。
